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- PDB-5xnb: Crystal structure of the IcmS-IcmW-DotL complex of the Legionella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xnb
タイトルCrystal structure of the IcmS-IcmW-DotL complex of the Legionella type IVb secretion system
要素
  • DotL
  • IcmS protein
  • IcmW
キーワードPROTEIN BINDING / Binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type IVb secretion, IcmS, effector-recruitment / : / Type IVb secretion, IcmS, effector-recruitment / IcmW / TraD/TraG, TraM recognition site / TraM recognition site of TraD and TraG / : / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DotL / IcmS protein / IcmW / Type 4 adapter protein IcmW / Type 4 coupling protein DotL
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.594 Å
データ登録者Xu, J. / Xu, D. / Zhu, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370722 中国
National Natural Science Foundation of China81530068 中国
National Natural Science Foundation of China81322024 中国
National Natural Science Foundation of China81561130162 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of The IcmS-IcmW Complex in the Legionella Type IVb Secretion System
著者: Xu, J. / Xu, D. / Wan, M. / Yin, L. / Wang, X. / Wu, L. / Liu, Y. / Liu, X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.
履歴
登録2017年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DotL
B: IcmS protein
C: IcmW
D: DotL
E: IcmS protein
F: IcmW
G: DotL
H: IcmS protein
I: IcmW
J: DotL
K: IcmS protein
L: IcmW
M: DotL
N: IcmS protein
O: IcmW
P: DotL
Q: IcmS protein
R: IcmW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,46123
ポリマ－256,41418
非ポリマー1,0465
水5,116284
1
A: DotL
B: IcmS protein
C: IcmW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9454
ポリマ－42,7363
非ポリマー2091
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
2
D: DotL
E: IcmS protein
F: IcmW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9454
ポリマ－42,7363
非ポリマー2091
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area17850 Å2
手法PISA
3
G: DotL
H: IcmS protein
I: IcmW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9454
ポリマ－42,7363
非ポリマー2091
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
4
J: DotL
K: IcmS protein
L: IcmW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9454
ポリマ－42,7363
非ポリマー2091
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
5
M: DotL
N: IcmS protein
O: IcmW


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7363
ポリマ－42,7363
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
6
P: DotL
Q: IcmS protein
R: IcmW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9454
ポリマ－42,7363
非ポリマー2091
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7960 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area17460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.862, 135.862, 125.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
DotL / IcmO protein


分子量: 12632.252 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 661-773 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: dotL, icmO / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O54524, UniProt: Q5ZYC6*PLUS
#2: タンパク質
IcmS protein / Protein of uncharacterised function (DUF3773) / Type IV secretion protein IcmS


分子量: 12753.623 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: icmS, A9P85_02475, ERS240541_02334, ERS240560_01730, ERS253249_00859, lpymg_00458, PtVF89_00590
プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O54636
#3: タンパク質
IcmW / IcmW protein


分子量: 17349.844 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: icmW / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48800, UniProt: Q5ZS31*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M MgCl2 and 0.05 M KBr

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→33.27 Å / Num. obs: 79957 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.839 % / Biso Wilson estimate: 43.98 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.55
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.59-2.753.7410.7372.01127130.6620.8698
2.75-2.943.8860.4633.2122300.8210.537100
2.94-3.173.890.2795.21112980.9260.32399.9
3.17-3.483.8660.1549.02104280.9780.17999.9
3.48-3.883.840.08815.0494350.9910.10299.7
3.88-4.483.8390.06120.683040.9960.07199.8
4.48-5.473.8420.05522.5970610.9960.06499.9
5.47-7.693.8060.05522.1754450.9970.06499.8
7.69-33.273.8140.02937.1130430.9990.03498.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.594→33.27 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 29.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2821 4008 5.02 %
Rwork0.2227 --
obs0.2256 79888 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / Bsol: 31.125 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 118.86 Å2 / Biso mean: 46.03 Å2 / Biso min: 11.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0079 Å20 Å20 Å2
2--2.0079 Å2-0 Å2
3---5.3913 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.594→33.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17266 0 70 284 17620
Biso mean--53.44 33.66 -
残基数----2196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71323781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033071
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6626760
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5942-2.62470.36531170.32792428254591
2.6247-2.65670.4311360.34626112747100
2.6567-2.69030.41691660.316125862752100
2.6903-2.72570.33541330.290126822815100
2.7257-2.7630.31021280.279726312759100
2.763-2.80250.36381350.271626452780100
2.8025-2.84430.29151450.261525952740100
2.8443-2.88870.28891200.242426742794100
2.8887-2.9360.34361350.256625912726100
2.936-2.98660.32851560.258426132769100
2.9866-3.04090.33471560.257326222778100
3.0409-3.09940.33451350.263426172752100
3.0994-3.16260.33161510.258126182769100
3.1626-3.23130.32951510.2526052756100
3.2313-3.30640.31881290.258426832812100
3.3064-3.3890.33011340.248625812715100
3.389-3.48050.29731360.235726692805100
3.4805-3.58280.30471320.219926342766100
3.5828-3.69830.26451370.20762611274899
3.6983-3.83030.25021340.199226122746100
3.8303-3.98340.26831400.20672620276099
3.9834-4.16440.2471270.20226182745100
4.1644-4.38350.24891480.193526512799100
4.3835-4.65750.24681240.185726252749100
4.6575-5.0160.23461430.190126492792100
5.016-5.51870.28631330.212126032736100
5.5187-6.31250.27631470.244326032750100
6.3125-7.93530.25891510.197626292780100
7.9353-33.27310.18231290.16182574270398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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