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- PDB-5wzx: Structural basis for a pentacyclic oleanane-type triterpenoid as ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wzx
タイトルStructural basis for a pentacyclic oleanane-type triterpenoid as a ligand of FXR
要素
  • Bile acid receptor
  • SRC2-3 peptide from Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / FXR ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid ...regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / : / toll-like receptor 9 signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / bile acid metabolic process / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / bile acid binding / cell-cell junction assembly / bile acid signaling pathway / cellular response to fatty acid / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of cholesterol metabolic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of interleukin-17 production / intracellular glucose homeostasis / locomotor rhythm / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / aryl hydrocarbon receptor binding / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts / fatty acid homeostasis / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / Notch signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / transcription coregulator binding / response to progesterone / cholesterol homeostasis / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Circadian Clock / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to lipopolysaccharide / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / cell differentiation / receptor complex / nuclear body / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / innate immune response / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7VX / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Nuclear receptor coactivator 2 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Lu, Y. / Li, Y.
引用ジャーナル: Mol. Pharmacol. / 年: 2018
タイトル: Identification of an Oleanane-Type Triterpene Hedragonic Acid as a Novel Farnesoid X Receptor Ligand with Liver Protective Effects and Anti-inflammatory Activity
著者: Lu, Y. / Zheng, W. / Lin, S. / Guo, F. / Zhu, Y. / Wei, Y. / Liu, X. / Jin, S. / Jin, L. / Li, Y.
履歴
登録2017年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid receptor
B: Bile acid receptor
C: SRC2-3 peptide from Nuclear receptor coactivator 2
D: SRC2-3 peptide from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4309
ポリマ－56,2794
非ポリマー1,1525
水68538
1
A: Bile acid receptor
C: SRC2-3 peptide from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8506
ポリマ－28,1392
非ポリマー7114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
2
B: Bile acid receptor
D: SRC2-3 peptide from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5803
ポリマ－28,1392
非ポリマー4411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.561, 86.075, 177.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Bile acid receptor / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H ...Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 / Retinoid X receptor-interacting protein 14 / RXR-interacting protein 14


分子量: 26674.658 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 258-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H4, BAR, FXR, HRR1, RIP14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RI1
#2: タンパク質・ペプチド SRC2-3 peptide from Nuclear receptor coactivator 2


分子量: 1464.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-7VX / (4aR,6aR,6aS,6bS,8aS,9R,12aR,14bR)-2,2,6a,6b,9,12a-hexamethyl-10-oxidanylidene-1,3,4,5,6,6a,7,8,8a,9,11,12,13,14b-tetradecahydropicene-4a-carboxylic acid


分子量: 440.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H44O3
#4: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, 10% w/v Polyethylene glycol 6000, 5% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→88.65 Å / Num. obs: 10710 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 7.9 % / Net I/σ(I): 1.52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dct

3dct


解像度: 2.95→88.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 21.722 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.504
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2625 514 4.8 %RANDOM
Rwork0.2082 ---
obs0.2108 10194 86.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 192.52 Å2 / Biso mean: 85.867 Å2 / Biso min: 41.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.19 Å2-0 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→88.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3664 0 82 38 3784
Biso mean--106.42 65.77 -
残基数----445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193822
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8392.0015180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12138672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4115437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.80324.837184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.69215713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6011520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02838
LS精密化 シェル解像度: 2.951→3.028 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 12 -
Rwork0.364 189 -
all-201 -
obs--22.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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