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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wzm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human secreted phospholipase A2 group IIE | ||||||
![]() | Group IIE secretory phospholipase A2 | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hou, S. / Xu, J. / Xu, T. / Liu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for functional selectivity and ligand recognition revealed by crystal structures of human secreted phospholipase A2 group IIE 著者: Hou, S. / Xu, T. / Xu, J. / Qu, L. / Xu, Y. / Chen, L. / Liu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13758.875 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.2M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→43.82 Å / Num. obs: 13175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.239 / Rrim(I) all: 0.648 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.09 Å2 / Biso mean: 28.801 Å2 / Biso min: 14.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→43.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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