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- PDB-5wzm: Crystal structure of human secreted phospholipase A2 group IIE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wzm
タイトルCrystal structure of human secreted phospholipase A2 group IIE
要素Group IIE secretory phospholipase A2
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / phospholipase A2 activity / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / low-density lipoprotein particle remodeling ...Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / phospholipase A2 activity / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / low-density lipoprotein particle remodeling / phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / inflammatory response / calcium ion binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Group IIE secretory phospholipase A2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hou, S. / Xu, J. / Xu, T. / Liu, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis for functional selectivity and ligand recognition revealed by crystal structures of human secreted phospholipase A2 group IIE
著者: Hou, S. / Xu, T. / Xu, J. / Qu, L. / Xu, Y. / Chen, L. / Liu, J.
履歴
登録2017年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group IIE secretory phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,36713
ポリマ－13,7591
非ポリマー60812
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.510, 60.460, 63.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-335-

HOH

21A-403-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Group IIE secretory phospholipase A2 / sPLA2-IIE / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase 2E


分子量: 13758.875 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G2E / プラスミド: pGAPZaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q9NZK7, phospholipase A2
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.2M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS propane pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.82 Å / Num. obs: 13175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.239 / Rrim(I) all: 0.648 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREPモデル構築
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→43.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 3.372 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.136
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 647 4.9 %RANDOM
Rwork0.1847 ---
obs0.1867 12500 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.09 Å2 / Biso mean: 28.801 Å2 / Biso min: 14.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.65 Å2-0 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数955 0 26 105 1086
Biso mean--40.08 35.84 -
残基数----121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191010
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.9641367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04632123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9235122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.23222.17446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8415166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.739159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02247
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 60 -
Rwork0.238 880 -
all-940 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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