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- PDB-6mqf: Myotoxin II from Bothrops moojeni complexed with Acetylsalicylic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mqf
タイトルMyotoxin II from Bothrops moojeni complexed with Acetylsalicylic acid
要素Basic phospholipase A2 homolog 2
キーワードTOXIN / Aspirin / Acetylsalicylic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / defense response to fungus / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium ...calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / defense response to fungus / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID / Basic phospholipase A2 homolog myotoxin II
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops moojeni (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.693 Å
データ登録者Salvador, G.H.M. / Fontes, M.R.M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Search for efficient inhibitors of myotoxic activity induced by ophidian phospholipase A2-like proteins using functional, structural and bioinformatics approaches.
著者: Salvador, G.H.M. / Cardoso, F.F. / Gomes, A.A. / Cavalcante, W.L.G. / Gallacci, M. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.22024年11月20日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software
Item: _software.classification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic phospholipase A2 homolog 2
B: Basic phospholipase A2 homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4197
ポリマ－27,8242
非ポリマー5955
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area12460 Å2
2
A: Basic phospholipase A2 homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1713
ポリマ－13,9121
非ポリマー2582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Basic phospholipase A2 homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2494
ポリマ－13,9121
非ポリマー3363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.553, 65.540, 55.121
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog 2 / svPLA2 homolog / M-VI / MjTX-II / Myotoxin II


分子量: 13912.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 組織: Venom gland / 参照: UniProt: Q9I834
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-AIN / 2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID / ACETYLSALICYLIC ACID / ASPIRIN / アスピリン


分子量: 180.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O4 / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG4000, Isopropanol, Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→55.06 Å / Num. obs: 29583 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.47 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.69-1.783.10.3821279341040.8850.2570.4633.289.8
5.35-55.063.40.04233099810.9790.0270.0530.595.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.69 Å55.06 Å
Translation1.69 Å55.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.12精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
autoPROC1.0.5data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B80

6b80


解像度: 1.693→18.884 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1441 4.88 %
Rwork0.1786 --
obs0.1805 29545 94.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.18 Å2 / Biso mean: 25.2438 Å2 / Biso min: 9.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.693→18.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1908 0 38 314 2260
Biso mean--39.1 33.77 -
残基数----244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131995
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2162683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9461198
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6931-1.75360.28921290.23692634276389
1.7536-1.82380.27431350.232759289492
1.8238-1.90670.22561500.18612749289993
1.9067-2.00710.25271410.20262762290393
2.0071-2.13270.25771550.17622806296195
2.1327-2.29710.22781390.19322827296694
2.2971-2.52780.24541440.17982873301796
2.5278-2.89240.21781560.17772877303396
2.8924-3.63990.19191450.16782889303496
3.6399-18.88530.18481470.162928307596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33820.4393-0.46950.9947-0.32431.5038-0.0685-0.0115-0.02760.02540.0051-0.1512-0.0221-0.00320.0520.08210.0041-0.01870.12910.00140.138710.826-73.36150.748
21.0535-0.0712-0.55170.4350.27420.5429-0.12080.0283-0.1114-0.1592-0.0688-0.345-0.2370.30880.11780.1749-0.0158-0.00870.22220.0460.210318.401-65.91436.597
30.73330.6665-0.19230.76730.07451.2806-0.15680.1227-0.055-0.01560.0514-0.01540.1154-0.16790.05760.07840.0070.00390.14150.00760.14486.456-76.42150.26
41.1957-0.0863-0.08952.0195-0.74752.2273-0.0355-0.0489-0.05940.313-0.0501-0.0409-0.3809-0.00410.04360.1871-0.013-0.00360.1346-0.00110.11046.985-73.34674.965
51.3267-0.1513-1.82440.42250.84494.1997-0.29220.0654-0.09670.3319-0.0214-0.05920.5589-0.0080.11220.30530.05630.0510.14760.01870.21559.492-86.66783.281
61.2651-0.30030.06882.4257-0.1411.9404-0.0668-0.0630.1290.7395-0.0544-0.073-0.4441-0.0068-0.01150.34520.00020.01730.1514-0.01590.12586.637-73.36980.802
72.0127-0.56850.0072.18210.14392.44330.0598-0.0959-0.02790.3208-0.1719-0.1565-0.6120.12880.15230.2488-0.0677-0.03780.1860.03240.17411.519-66.21565.756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:61 )A1 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 67:79 )A67 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 80:122 )A80 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 1:53 )B1 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 57:79 )B57 - 79
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 80:107 )B80 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 108:122 )B108 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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