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Yorodumi- PDB-6qup: Structural signatures in EPR3 define a unique class of plant carb... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qup | ||||||
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Title | Structural signatures in EPR3 define a unique class of plant carbohydrate receptors | ||||||
Components |
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Keywords | PLANT PROTEIN / LysM Protein / Nitrogen Fixation / Plant Receptor | ||||||
Function / homology | Function and homology information membrane => GO:0016020 / protein kinase activity / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Lotus japonicus (plant) Lama glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.871 Å | ||||||
Authors | Wong, J.E. / Gysel, K. / Birkefeldt, T.G. / Vinther, M. / Muszynski, A. / Azadi, P. / Laursen, N.S. / Sullivan, J.T. / Ronson, C.W. / Stougaard, J. / Andersen, K.R. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: Structural signatures in EPR3 define a unique class of plant carbohydrate receptors. Authors: Wong, J.E.M.M. / Gysel, K. / Birkefeldt, T.G. / Vinther, M. / Muszynski, A. / Azadi, P. / Laursen, N.S. / Sullivan, J.T. / Ronson, C.W. / Stougaard, J. / Andersen, K.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qup.cif.gz | 190.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qup.ent.gz | 153.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qup.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6qup_validation.pdf.gz | 473.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6qup_full_validation.pdf.gz | 473.5 KB | Display | |
Data in XML | 6qup_validation.xml.gz | 14.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6qup_validation.cif.gz | 20.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/6qup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/6qup | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ebzS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Antibody / Sugars , 3 types, 3 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23294.600 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lotus japonicus (plant) / Gene: LYS3 / Cell line (production host): Sf9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: D3KU53 |
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#2: Antibody | Mass: 13987.544 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Cell line (production host): LOBSTR / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) |
#3: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 3 types, 176 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 34.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M Sodium Citrate pH 5.5, 20% PEG 4000, 18% 2-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.87→72.491 Å / Num. obs: 25177 / % possible obs: 96.94 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 28.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.96 |
Reflection shell | Resolution: 1.87→1.94 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 2151 / % possible all: 81.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4EBZ Resolution: 1.871→72.491 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 23.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 145.04 Å2 / Biso mean: 45.2955 Å2 / Biso min: 19.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.871→72.491 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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