[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6qup: Structural signatures in EPR3 define a unique class of plant carb... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qup | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structural signatures in EPR3 define a unique class of plant carbohydrate receptors | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / LysM Protein / Nitrogen Fixation / Plant Receptor | ||||||
Function / homology | ![]() membrane => GO:0016020 / protein kinase activity / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wong, J.E. / Gysel, K. / Birkefeldt, T.G. / Vinther, M. / Muszynski, A. / Azadi, P. / Laursen, N.S. / Sullivan, J.T. / Ronson, C.W. / Stougaard, J. / Andersen, K.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural signatures in EPR3 define a unique class of plant carbohydrate receptors. Authors: Wong, J.E.M.M. / Gysel, K. / Birkefeldt, T.G. / Vinther, M. / Muszynski, A. / Azadi, P. / Laursen, N.S. / Sullivan, J.T. / Ronson, C.W. / Stougaard, J. / Andersen, K.R. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 190.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 153.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 473.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 473.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ebzS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein / Antibody / Sugars , 3 types, 3 molecules AB![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: Protein | Mass: 23294.600 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 13987.544 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 3 types, 176 molecules ![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 34.76 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M Sodium Citrate pH 5.5, 20% PEG 4000, 18% 2-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.87→72.491 Å / Num. obs: 25177 / % possible obs: 96.94 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 28.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.96 |
Reflection shell | Resolution: 1.87→1.94 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 2151 / % possible all: 81.1 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4EBZ Resolution: 1.871→72.491 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 23.21 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 145.04 Å2 / Biso mean: 45.2955 Å2 / Biso min: 19.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.871→72.491 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|