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- PDB-5wx7: Alkyldiketide-CoA synthase W332G mutant from Evodia rutaecarpa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wx7
タイトルAlkyldiketide-CoA synthase W332G mutant from Evodia rutaecarpa
要素Alkyldiketide-CoA synthase
キーワードTRANSFERASE / polyketidesynthase
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Alkyldiketide-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetradium ruticarpum (ゴシュユ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.904 Å
データ登録者Matsui, T. / Kodama, T. / Tadakoshi, T. / Morita, H.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: 2-Alkylquinolone alkaloid biosynthesis in the medicinal plant Evodia rutaecarpa involves collaboration of two novel type III polyketide synthases
著者: Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Tadakoshi, T. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H.
履歴
登録2017年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyldiketide-CoA synthase
B: Alkyldiketide-CoA synthase
C: Alkyldiketide-CoA synthase
D: Alkyldiketide-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,56512
ポリマ－176,1114
非ポリマー3,4548
水15,241846
1
A: Alkyldiketide-CoA synthase
B: Alkyldiketide-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7836
ポリマ－88,0552
非ポリマー1,7274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25330 Å2
手法PISA
2
C: Alkyldiketide-CoA synthase
D: Alkyldiketide-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7836
ポリマ－88,0552
非ポリマー1,7274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area25690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.760, 83.870, 136.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Alkyldiketide-CoA synthase


分子量: 44027.695 Da / 分子数: 4 / 変異: W332G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tetradium ruticarpum (ゴシュユ) / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: A0A1X8XLG2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. ...The sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. This sequence has already been deposited to GenBank as LC208543. Residues from MET (-11) to SER 0 are expression tags. This structure is W332G mutant.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1 M MES, 0.2 M lithium sulfate, 25%(w/v) PEG3350, 10 mM CoASH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.03
反射解像度: 1.9→47.248 Å / Num. obs: 118399 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.409 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 11.81 / Num. measured all: 403637
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.9-2.023.2880.5192.360.819198.4
2.02-2.163.4290.3313.810.902199.6
2.16-2.333.4830.2085.980.956199.6
2.33-2.553.3220.1378.240.977199.6
2.55-2.853.540.09312.090.99199.7
2.85-3.293.3610.0617.550.995199.5
3.29-4.033.5460.04226.20.997199.4
4.03-5.683.3520.03530.750.997199
5.68-47.2483.3690.03232.60.998198.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.33 Å47.25 Å
Translation7.33 Å47.25 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WX3

5wx3


解像度: 1.904→47.248 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.89
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2342 6104 5.16 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.1999 118397 99.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.96 Å2 / Biso mean: 31.5046 Å2 / Biso min: 18.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.904→47.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11516 0 212 846 12574
Biso mean--48.56 33.45 -
残基数----1482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94616227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1454411
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9044-1.93720.37352860.34215431571792
1.9372-1.97240.30982950.31155605590095
1.9724-2.01040.31962950.29235590588595
2.0104-2.05140.32672960.27895625592195
2.0514-2.0960.29262950.275613590895
2.096-2.14480.29522960.25825629592595
2.1448-2.19840.28492930.2455559585295
2.1984-2.25780.24562970.24495643594095
2.2578-2.32430.29742950.2425608590395
2.3243-2.39930.2522970.23265634593195
2.3993-2.4850.26962950.22585621591695
2.485-2.58450.26532960.22725618591495
2.5845-2.70210.24622970.225642593995
2.7021-2.84460.24922960.2135619591595
2.8446-3.02280.26442960.20455632592895
3.0228-3.25610.21312970.18655645594295
3.2561-3.58370.21612970.17035645594295
3.5837-4.10190.20142990.14955667596695
4.1019-5.16680.17522980.13825676597494
5.1668-45.38850.20553040.17215759606394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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