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- PDB-5wx5: Alkylquinolone synthase Y215V mutant from Evodia rutaecarpa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wx5
タイトルAlkylquinolone synthase Y215V mutant from Evodia rutaecarpa
要素Alkylquinolone synthase
キーワードTRANSFERASE / polyketide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkylquinolone synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetradium ruticarpum (ゴシュユ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.058 Å
データ登録者Matsui, T. / Kodama, T. / Tadakoshi, T. / Morita, H.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: 2-Alkylquinolone alkaloid biosynthesis in the medicinal plant Evodia rutaecarpa involves collaboration of two novel type III polyketide synthases
著者: Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Tadakoshi, T. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H.
履歴
登録2017年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkylquinolone synthase
B: Alkylquinolone synthase
C: Alkylquinolone synthase
D: Alkylquinolone synthase
E: Alkylquinolone synthase
F: Alkylquinolone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,7366
ポリマ－272,7366
非ポリマー00
水00
1
A: Alkylquinolone synthase
B: Alkylquinolone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9122
ポリマ－90,9122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
2
C: Alkylquinolone synthase
D: Alkylquinolone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9122
ポリマ－90,9122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area27190 Å2
手法PISA
3
E: Alkylquinolone synthase
F: Alkylquinolone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9122
ポリマ－90,9122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area26950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.160, 186.160, 139.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 4:239 or resseq 241:395))
21(chain B and (resseq 4:239 or resseq 241:395))
31(chain C and (resseq 4:239 or resseq 241:395))
41(chain D and (resseq 4:239 or resseq 241:395))
51(chain E and (resseq 4:239 or resseq 241:395))
61(chain F and (resseq 4:239 or resseq 241:395))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLU(chain A and (resseq 4:239 or resseq 241:395))AA4 - 23916 - 251
12PROPROLEULEU(chain A and (resseq 4:239 or resseq 241:395))AA241 - 395253 - 407
21SERSERGLUGLU(chain B and (resseq 4:239 or resseq 241:395))BB4 - 23916 - 251
22PROPROLEULEU(chain B and (resseq 4:239 or resseq 241:395))BB241 - 395253 - 407
31SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 4:239 or resseq 241:395))CC4 - 23916 - 251
32PROPROLEULEU(chain C and (resseq 4:239 or resseq 241:395))CC241 - 395253 - 407
41SERSERGLUGLU(chain D and (resseq 4:239 or resseq 241:395))DD4 - 23916 - 251
42PROPROLEULEU(chain D and (resseq 4:239 or resseq 241:395))DD241 - 395253 - 407
51SERSERGLUGLU(chain E and (resseq 4:239 or resseq 241:395))EE4 - 23916 - 251
52PROPROLEULEU(chain E and (resseq 4:239 or resseq 241:395))EE241 - 395253 - 407
61SERSERGLUGLU(chain F and (resseq 4:239 or resseq 241:395))FF4 - 23916 - 251
62PROPROLEULEU(chain F and (resseq 4:239 or resseq 241:395))FF241 - 395253 - 407

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要素

#1: タンパク質
Alkylquinolone synthase


分子量: 45455.977 Da / 分子数: 6 / 変異: Y215V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tetradium ruticarpum (ゴシュユ) / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: A0A1X8XLG0*PLUS
配列の詳細The sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. ...The sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. This sequence has already been deposited to GenBank as LC208544. Residues from MET (-11) to SER 0 are expression tags. This structure is Y215V mutant.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M Sodium citrate, 1.99 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月16日
放射モノクロメーター: Si(1111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.03
反射解像度: 3.058→50 Å / Num. obs: 52842 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 3.058→3.24 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.567
最高解像度最低解像度
Rotation46.54 Å3.2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WX4

5wx4


解像度: 3.058→46.54 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.28
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 2643 5 %Random
Rwork0.1824 ---
obs0.1848 52842 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 188.9 Å2 / Biso mean: 53.3934 Å2 / Biso min: 20.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.058→46.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18216 0 0 0 18216
残基数----2352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05225158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.21111274
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A11464X-RAY DIFFRACTION4.553TORSIONAL
12B11464X-RAY DIFFRACTION4.553TORSIONAL
13C11464X-RAY DIFFRACTION4.553TORSIONAL
14D11464X-RAY DIFFRACTION4.553TORSIONAL
15E11464X-RAY DIFFRACTION4.553TORSIONAL
16F11464X-RAY DIFFRACTION4.553TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.0582-3.11380.38961360.261825712707
3.1138-3.17370.31191380.244326272765
3.1737-3.23850.32441380.24126272765
3.2385-3.30890.29851380.220926202758
3.3089-3.38580.27971380.216426242762
3.3858-3.47050.24571380.201526182756
3.4705-3.56430.29161380.200526112749
3.5643-3.66910.26451370.189526202757
3.6691-3.78750.25781390.185926322771
3.7875-3.92280.22821360.178325942730
3.9228-4.07970.23061420.174326812823
4.0797-4.26530.19581370.163126162753
4.2653-4.490.1751400.153126532793
4.49-4.7710.18771390.148626382777
4.771-5.13890.18831390.152326452784
5.1389-5.65530.23311400.174726672807
5.6553-6.47160.24851410.189226652806
6.4716-8.14610.20421420.167927012843
8.1461-45.85920.21121470.172427882935

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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