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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wx4 | ||||||
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タイトル | Alkylquinolone synthase from Evodia rutaecarpa | ||||||
![]() | alkylquinolone synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / polyketidesynthase | ||||||
機能・相同性 | ![]() biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Matsui, T. / Kodama, T. / Tadakoshi, T. / Morita, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 2-Alkylquinolone alkaloid biosynthesis in the medicinal plant Evodia rutaecarpa involves collaboration of two novel type III polyketide synthases 著者: Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Tadakoshi, T. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 235.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45520.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | The sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. ...The sequence database references for this protein does not currently exist in the UniProt database. This sequence has already been deposited to GenBank as LC208544. Residues from MET (-11) to SER 0 are expression tags. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, 0.2 M Magnesium chloride, 10%(w/v) PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 69341 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3WD8 解像度: 2.203→38.738 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.44
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.07 Å2 / Biso mean: 33.888 Å2 / Biso min: 19.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.203→38.738 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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