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- PDB-5wwz: Crystal structure of the KH2 domain of human RNA-binding E3 ubiqu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wwz
タイトルCrystal structure of the KH2 domain of human RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX-3C
要素RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
キーワードRNA BINDING PROTEIN / KH2 / MEX-3C
機能・相同性
機能・相同性情報


chondrocyte hypertrophy / regulation of fat cell differentiation / energy homeostasis / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) ...: / : / : / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yang, L. / Wang, C. / Li, F. / Gong, Q.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The human RNA-binding protein and E3 ligase MEX-3C binds the MEX-3-recognition element (MRE) motif with high affinity
著者: Yang, L. / Wang, C. / Li, F. / Zhang, J. / Nayab, A. / Wu, J. / Shi, Y. / Gong, Q.
履歴
登録2017年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
A: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
C: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7017
ポリマ－29,3173
非ポリマー3844
水72140
1
B: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8682
ポリマ－9,7721
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5860 Å2
手法PISA
2
A: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7721
ポリマ－9,7721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5560 Å2
手法PISA
3
C: RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0604
ポリマ－9,7721
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.321, 83.321, 78.959
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...
21(chain B and (resid 4 through 43 or (resid 44...
31(chain C and (resid 4 through 44 or (resid 45...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...A4 - 29
121(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...A30
131(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...A4 - 81
141(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...A4 - 81
151(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...A4 - 81
161(chain A and (resid 4 through 29 or (resid 30...A4 - 81
211(chain B and (resid 4 through 43 or (resid 44...B4 - 43
221(chain B and (resid 4 through 43 or (resid 44...B44 - 45
231(chain B and (resid 4 through 43 or (resid 44...B4 - 83
241(chain B and (resid 4 through 43 or (resid 44...B4 - 83
251(chain B and (resid 4 through 43 or (resid 44...B4 - 83
261(chain B and (resid 4 through 43 or (resid 44...B4 - 83
311(chain C and (resid 4 through 44 or (resid 45...C4 - 44
321(chain C and (resid 4 through 44 or (resid 45...C45
331(chain C and (resid 4 through 44 or (resid 45...C4 - 82
341(chain C and (resid 4 through 44 or (resid 45...C4 - 82
351(chain C and (resid 4 through 44 or (resid 45...C4 - 82
361(chain C and (resid 4 through 44 or (resid 45...C4 - 82

-
要素

#1: タンパク質 RNA-binding E3 ubiquitin-protein ligase MEX3C / RING finger and KH domain-containing protein 2 / RING finger protein 194 / RING-type E3 ubiquitin ...RING finger and KH domain-containing protein 2 / RING finger protein 194 / RING-type E3 ubiquitin transferase MEX3C


分子量: 9772.222 Da / 分子数: 3 / 断片: KH2 domain, UNP residues 320-396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEX3C, RKHD2, RNF194, BM-013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5U5Q3, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 10139 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 48.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.483 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 70047
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.596.90.5639800.8880.230.6090.439100
2.59-2.697.30.4679850.9190.1840.5030.4799.9
2.69-2.827.20.3319890.9650.1310.3570.448100
2.82-2.967.20.2429950.9780.0960.2610.461100
2.96-3.156.90.1749860.9880.0710.1890.469100
3.15-3.396.60.10610100.9930.0440.1150.491100
3.39-3.737.30.08310100.9960.0320.0890.55100
3.73-4.277.10.05810100.9980.0230.0630.56999.8
4.27-5.386.50.04810470.9980.020.0530.537100
5.38-406.40.03911270.9990.0160.0420.38999.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WWW

5www


解像度: 2.5→37.262 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 468 4.63 %
Rwork0.2263 9639 -
obs0.2284 10107 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.36 Å2 / Biso mean: 56.6324 Å2 / Biso min: 28.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→37.262 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1795 0 20 40 1855
Biso mean--64.07 46.64 -
残基数----237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.432552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7041101
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1036X-RAY DIFFRACTION7.218TORSIONAL
12B1036X-RAY DIFFRACTION7.218TORSIONAL
13C1036X-RAY DIFFRACTION7.218TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4987-2.86010.34161470.248631393286
2.8601-3.6030.32941280.244631953323
3.603-37.26640.23661930.212333053498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.21170.0217-1.68666.61330.19672.8489-0.11660.1827-0.0460.59390.22480.32450.0128-0.3854-0.09620.41970.06030.04850.38090.03820.31743.5681-19.0599-31.6815
22.7982-1.0531.80713.4465-1.67258.6842-0.41120.0241-0.0902-0.3504-0.0006-0.29750.54740.16090.37430.4987-0.01930.2260.35440.01590.4559-2.5907-27.4472-9.2402
37.60491.4020.14990.9562-0.69270.68820.01410.1040.267-0.33780.0171-0.024-0.13260.0657-0.02230.6095-0.00630.02860.3579-0.03610.4028-16.9819-6.3621-16.3708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 314 through 393)B314 - 393
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 314 through 391)A314 - 391
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 314 through 392)C314 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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