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- PDB-5wwq: Crystal structure of human NSun6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wwq
タイトルCrystal structure of human NSun6
要素Putative methyltransferase NSUN6
キーワードTRANSFERASE / RNA modification / m5C methyltransferase / NSun
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA C5-cytosine methylation / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / RNA methylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / tRNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / : / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (cytosine(72)-C(5))-methyltransferase NSUN6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.815 Å
データ登録者Liu, R.J. / Long, T. / Wang, E.D.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China31270775 中国
National Natural Science Foundation of China81471113 中国
National Natural Science Foundation of China91440204 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2017
タイトル: Structural basis for substrate binding and catalytic mechanism of a human RNA:m5C methyltransferase NSun6
著者: Liu, R.J. / Long, T. / Li, J. / Li, H. / Wang, E.D.
履歴
登録2017年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative methyltransferase NSUN6
B: Putative methyltransferase NSUN6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8102
ポリマ-105,8102
非ポリマー00
00
1
A: Putative methyltransferase NSUN6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9051
ポリマ-52,9051
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative methyltransferase NSUN6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9051
ポリマ-52,9051
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.965, 71.877, 219.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1THRTHRchain AAA2 - 4692 - 469
2CYSCYSchain BBB2 - 4662 - 466

-
要素

#1: タンパク質 Putative methyltransferase NSUN6 / NOL1/NOP2/Sun and PUA domain-containing protein 1 / NOL1/NOP2/Sun domain family member 6


分子量: 52905.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSUN6, NOPD1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q8TEA1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.6
詳細: 2% Dioxane, 0.1M Bicine, 18% (w/v) PEG 8000, 10 mM Yttrium(III) chloride hexahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 26419 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 24.5 % / Net I/σ(I): 15.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
SCALEPACKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J2B, 2yxl
解像度: 2.815→37.406 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2667 1207 5.12 %
Rwork0.2285 --
obs0.2303 23578 89.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.41 Å2 / Biso mean: 54.2703 Å2 / Biso min: 19.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.815→37.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6846 0 0 0 6846
残基数----887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6569431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0231080
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6112647
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A4072X-RAY DIFFRACTION7.245TORSIONAL
12B4072X-RAY DIFFRACTION7.245TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8153-2.9280.2993810.27231679176061
2.928-3.06120.35391100.27211947205771
3.0612-3.22250.31441200.26832186230680
3.2225-3.42430.2871410.26272467260890
3.4243-3.68850.3091590.24652720287999
3.6885-4.05920.2611350.234627792914100
4.0592-4.64570.22791540.193827882942100
4.6457-5.84950.25081470.209728342981100
5.8495-37.40960.24061600.213929713131100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 54.3381 Å / Origin y: 33.7716 Å / Origin z: 135.1311 Å
111213212223313233
T0.334 Å20.0429 Å2-0.0509 Å2-0.2671 Å20.0149 Å2--0.3451 Å2
L0.3847 °20.171 °20.2355 °2-0.5115 °20.2473 °2--2.0084 °2
S-0.0398 Å °-0.0119 Å °0.1326 Å °0.2423 Å °-0.0385 Å °-0.0238 Å °-0.3847 Å °-0.1427 Å °0.0704 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 469
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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