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- PDB-5wst: Crystal structure of Myo7a SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wst
タイトルCrystal structure of Myo7a SAH
要素Unconventional myosin-VIIa
キーワードMOTOR PROTEIN / Molecular motor
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment granule localization / pigment granule transport / upper tip-link density / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / stereocilium base / myosin VII complex / inner ear receptor cell differentiation / phagolysosome assembly / equilibrioception / sensory perception of light stimulus ...pigment granule localization / pigment granule transport / upper tip-link density / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / stereocilium base / myosin VII complex / inner ear receptor cell differentiation / phagolysosome assembly / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / mechanoreceptor differentiation / photoreceptor connecting cilium / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / actin filament-based movement / sensory perception / cell projection organization / stereocilium / auditory receptor cell stereocilium organization / lysosome organization / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / spectrin binding / microvillus / inner ear development / cochlea development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / photoreceptor inner segment / visual perception / intracellular protein transport / sensory perception of sound / ADP binding / actin filament binding / melanosome / intracellular protein localization / cell cortex / calmodulin binding / apical plasma membrane / protein domain specific binding / lysosomal membrane / synapse / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin VII N-terminal beta barrel domain / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / Myosin-X FERM PH domain-like / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. ...Myosin VII N-terminal beta barrel domain / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / Myosin-X FERM PH domain-like / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / IQ calmodulin-binding motif / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Kinesin motor domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Unconventional myosin-VIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, J. / Chen, Y. / Deng, Y. / Lu, Q. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Ca(2+)-Induced Rigidity Change of the Myosin VIIa IQ Motif-Single alpha Helix Lever Arm Extension
著者: Li, J. / Chen, Y. / Deng, Y. / Unarta, I.C. / Lu, Q. / Huang, X. / Zhang, M.
履歴
登録2016年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-VIIa
B: Unconventional myosin-VIIa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2382
ポリマ－17,2382
非ポリマー00
水1267
1
A: Unconventional myosin-VIIa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6191
ポリマ－8,6191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Unconventional myosin-VIIa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6191
ポリマ－8,6191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.810, 42.610, 59.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Unconventional myosin-VIIa


分子量: 8618.834 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 866-932 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myo7a, Myo7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97479
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate (pH 4.6), 30%(w/v) PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.46
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 11455 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.618 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→32.554 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 551 4.81 %
Rwork0.1945 --
obs0.201 11446 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.47 Å2 / Biso mean: 40.3804 Å2 / Biso min: 18.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→32.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1182 0 0 7 1189
Biso mean---36.81 -
残基数----141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0671568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.141814
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1009-2.31190.29961310.27872724285595
2.3119-2.64550.28061290.25232705283495
2.6455-3.32940.23031410.20952708284994
3.3294-17.6950.22671470.15992731287893

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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