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Yorodumi- PDB-4zdq: Crystal Structure of 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidyly... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zdq | ||||||
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Title | Crystal Structure of 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase (IspD) from Burkholderia thailandensis complexed with CTP | ||||||
Components | 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / isoprenoid biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia thailandensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2024 Title: Crystal structure and biophysical characterization of IspD from Burkholderia thailandensis and Mycobacterium paratuberculosis. Authors: Pierce, P.G. / Hartnett, B.E. / Laughlin, T.M. / Blain, J.M. / Mayclin, S.J. / Bolejack, M.J. / Myers, J.B. / Higgins, T.W. / Dranow, D.M. / Sullivan, A. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / ...Authors: Pierce, P.G. / Hartnett, B.E. / Laughlin, T.M. / Blain, J.M. / Mayclin, S.J. / Bolejack, M.J. / Myers, J.B. / Higgins, T.W. / Dranow, D.M. / Sullivan, A. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Hagen, T.J. / Horn, J.R. / Myler, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zdq.cif.gz | 357.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zdq.ent.gz | 290.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zdq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4zdq_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4zdq_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4zdq_validation.xml.gz | 34.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4zdq_validation.cif.gz | 46.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ys8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 25821.379 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: ButhA.00168.a.A1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia thailandensis (bacteria) / Strain: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / Gene: ispD, BTH_I2089 / Plasmid: ButhA.00168.a.A1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q2SWT6, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase |
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-Non-polymers , 6 types, 203 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-CAD / | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.05 Details: ButhA.00168.a.A1.PW33338 at 30.46 mg/ml mixed 1:1 with JCSG+(e11): 10.73% PEG-8000, 80mM Sodium Cacodylate/ HCl, pH=6.04, 160mM Calcium acetate, 20% glycerol. Apo crystals were soaked with ...Details: ButhA.00168.a.A1.PW33338 at 30.46 mg/ml mixed 1:1 with JCSG+(e11): 10.73% PEG-8000, 80mM Sodium Cacodylate/ HCl, pH=6.04, 160mM Calcium acetate, 20% glycerol. Apo crystals were soaked with 1mM MgCl2, CTP, and D-erythritol-4-phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 8, 2015 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 41718 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 31.72 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.951 / Net I/σ(I): 13.44 / Num. measured all: 159992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4YS8 Resolution: 2.3→26.932 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 159.49 Å2 / Biso mean: 41.7333 Å2 / Biso min: 15.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→26.932 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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