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- PDB-5wpb: Crystal structure of fragment 3-(3-(pyridin-2-ylmethoxy)quinoxali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wpb
タイトルCrystal structure of fragment 3-(3-(pyridin-2-ylmethoxy)quinoxalin-2-yl)propanoic acid bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain
要素Histone deacetylase 6
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / HISTONE DEACETYLASE / HDAC / HDAC6 / FRAGMENT SCREENING / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process / cellular response to topologically incorrect protein / polyubiquitinated misfolded protein transport / negative regulation of aggrephagy / response to misfolded protein / positive regulation of protein oligomerization / type 2 mitophagy / negative regulation of protein-containing complex disassembly / peroxidase inhibitor activity / regulation of autophagy of mitochondrion ...negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process / cellular response to topologically incorrect protein / polyubiquitinated misfolded protein transport / negative regulation of aggrephagy / response to misfolded protein / positive regulation of protein oligomerization / type 2 mitophagy / negative regulation of protein-containing complex disassembly / peroxidase inhibitor activity / regulation of autophagy of mitochondrion / erythrocyte enucleation / tubulin deacetylation / Cilium Assembly / protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of protein localization / collateral sprouting / deacetylase activity / Transcriptional regulation by RUNX2 / tubulin deacetylase activity / lysosome localization / negative regulation of microtubule depolymerization / cilium disassembly / ATPase inhibitor activity / misfolded protein binding / protein deacetylation / positive regulation of type 2 mitophagy / dendritic spine morphogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / cytoplasmic ubiquitin ligase complex / aggresome assembly / regulation of androgen receptor signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / regulation of fat cell differentiation / cellular response to misfolded protein / histone deacetylase activity / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / aggresome / microtubule associated complex / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Notch-HLH transcription pathway / axonal transport of mitochondrion / negative regulation of gene expression, epigenetic / regulation of microtubule-based movement / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / histone deacetylase complex / cell leading edge / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / dynein complex binding / positive regulation of epithelial cell migration / cilium assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / regulation of macroautophagy / HSF1 activation / alpha-tubulin binding / negative regulation of protein-containing complex assembly / beta-tubulin binding / negative regulation of proteolysis / multivesicular body / axon cytoplasm / inclusion body / transcription corepressor binding / regulation of autophagy / actin filament organization / ubiquitin binding / regulation of protein stability / Late endosomal microautophagy / Hsp90 protein binding / intracellular protein transport / caveola / beta-catenin binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / protein destabilization / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / tau protein binding / histone deacetylase binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Chaperone Mediated Autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / Aggrephagy / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / cellular response to heat / actin binding / microtubule binding / microtubule / perikaryon / ciliary basal body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / axon / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 ...Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B8P / Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Harding, R.J. / Tempel, W. / Ferreira de Freitas, R. / Franzoni, I. / Ravichandran, M. / Lautens, M. / Santhakumar, V. / Schapira, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. ...Harding, R.J. / Tempel, W. / Ferreira de Freitas, R. / Franzoni, I. / Ravichandran, M. / Lautens, M. / Santhakumar, V. / Schapira, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Small Molecule Antagonists of the Interaction between the Histone Deacetylase 6 Zinc-Finger Domain and Ubiquitin.
著者: Harding, R.J. / Ferreira de Freitas, R. / Collins, P. / Franzoni, I. / Ravichandran, M. / Ouyang, H. / Juarez-Ornelas, K.A. / Lautens, M. / Schapira, M. / von Delft, F. / Santhakumar, V. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2017年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,13422
ポリマ－11,3221
非ポリマー81221
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.850, 43.740, 55.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6 / HD6


分子量: 11321.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC6, KIAA0901, JM21 / プラスミド: PET28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9UBN7, histone deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-B8P / 3-{3-[(pyridin-2-yl)methoxy]quinoxalin-2-yl}propanoic acid


分子量: 309.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N3O3
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2M Na-formate, 0.2M Na-acetate pH4.6, 5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月7日 / 詳細: A200
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→29.85 Å / Num. obs: 14896 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 69.9 / Num. measured all: 100583 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.55-1.586.40.0837060.9960.0360.09195.6
8.49-29.855.30.02111110.0090.02397.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化解像度: 1.55→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.952 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.066
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY Ligand (B8P: 3-{3-[(pyridin-2-yl)methoxy]quinoxalin-2-yl}propanoic acid) occupancy was approximated by ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY Ligand (B8P: 3-{3-[(pyridin-2-yl)methoxy]quinoxalin-2-yl}propanoic acid) occupancy was approximated by manually setting B8P occupancy at 0.1 intervals and then performing cycles of Refmac refinement. The ligand occupancy which brought the B-factors of Tyr1184-OG and B8P-O2 closest in value after refinement, was determined to be the approximate occupancy. This is modelled as alternate conformation A. Residual density observed following ligand modelling and refinement may represent an alternative binding mode in which the quinoxaline ring makes pi-stacking interactions with Arg1155 and Trp1182 (as seen in comparable structures 5KH3, 5KH7, 5kH9 and 5WBN).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1621 722 4.8 %RANDOM
Rwork0.1427 ---
obs0.1437 14173 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 39.19 Å2 / Biso mean: 9.957 Å2 / Biso min: 5.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2--0.76 Å2-0 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数775 0 43 93 911
Biso mean--15.12 22.45 -
残基数----102
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.019847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.9041165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09131635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3765104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84124.57135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.50415111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02172
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.157 55 -
Rwork0.133 981 -
all-1036 -
obs--96.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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