+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5woy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR solution structure of Enzyme I (nEIt) protein using two 4D-spectra | ||||||
要素 | Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / na | ||||||
データ登録者 | Evangelidis, T. / Nerli, S. / Sgourakis, N.G. / Tripsianes, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Automated NMR resonance assignments and structure determination using a minimal set of 4D spectra. 著者: Evangelidis, T. / Nerli, S. / Novacek, J. / Brereton, A.E. / Karplus, P.A. / Dotas, R.R. / Venditti, V. / Sgourakis, N.G. / Tripsianes, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5woy.cif.gz | 750.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5woy.ent.gz | 631.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5woy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5woy_validation.pdf.gz | 461 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5woy_full_validation.pdf.gz | 564 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5woy_validation.xml.gz | 56.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5woy_validation.cif.gz | 64 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/5woy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/5woy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5wotC 5woxC 5wozC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27297.273 Da / 分子数: 1 / 断片: PEP-utilizers residues 1-248 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (バクテリア) 株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: PtsA, TTE2334 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8R7R4, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.8 mM [U-13C; U-15N] Enzyme I (nEIt) protein, 95% H2O/5% D2O Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
---|---|
試料 | 濃度: 1.8 mM / 構成要素: Enzyme I (nEIt) protein / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N] |
試料状態 | イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: na / ソフトェア番号: 2 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |