PDB-5woz: NMR solution structure of Rtt103 (RTT) protein using two 4D-spectra

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5woz

タイトル

NMR solution structure of Rtt103 (RTT) protein using two 4D-spectra

要素

Regulator of Ty1 transposition protein 103

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / RNA polymerase II core binder

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / transposable element silencing / mRNA 3'-end processing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II complex binding / site of double-strand break / chromatin / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / na

データ登録者

Evangelidis, T. / Nerli, S. / Sgourakis, N.G. / Tripsianes, K.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Automated NMR resonance assignments and structure determination using a minimal set of 4D spectra.
著者: Evangelidis, T. / Nerli, S. / Novacek, J. / Brereton, A.E. / Karplus, P.A. / Dotas, R.R. / Venditti, V. / Sgourakis, N.G. / Tripsianes, K.

履歴

登録	2017年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5woz.cif.gz	434.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5woz.ent.gz	361.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5woz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5woz_validation.pdf.gz	322.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5woz_full_validation.pdf.gz	356.1 KB	表示
XML形式データ	5woz_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	5woz_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/5woz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/5woz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wotC 5woxC 5woyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dpw-7 7dhf-4 2y1q-d 3ey6-d 4edl-3 1khy-2 4p15-d 4lkt-4 5s30-1 1khy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30327NMR solution structure of Rtt103 (RTT) protein using two 4D-spectra

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulator of Ty1 transposition protein 103

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Regulator of Ty1 transposition protein 103 分子量: 16132.574 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 5-131 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RTT103, YDR289C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05543

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	4D HC(CC TOCSY(CO))NH
1	2	1	isotropic	1	4D 13C,15N edited HMQC-NOESY-HSQC
1	3	1	isotropic	1	4D 13C,13C edited HMQC-NOESY-HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution 内容: 0.8 mM [U-13C; U-15N] Rtt103 (RTT) protein, 95% H2O/5% D2O Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 0.8 mM / 構成要素: Rtt103 (RTT) protein / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態	イオン強度: 35 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software

名称	開発者	分類
4D-CHAINS	Evangelidis and Tripsianes	chemical shift assignment
CS-ROSETTA	Shen, Vernon, Baker and Bax	精密化
CS-ROSETTA	Shen, Vernon, Baker and Bax	データ解析
Sparky	Goddard	peak picking
CS-ROSETTA	Shen, Vernon, Baker and Bax	structure calculation

精密化

手法: na / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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