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- PDB-5wlf: Crystal structure of the apo PPS PHD finger -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wlf
タイトルCrystal structure of the apo PPS PHD finger
要素Protein partner of snf, isoform A
キーワードHYDROLASE / Epigenetic / PHD / Histone / trimethylated
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用 / small nuclear ribonucleoprotein complex / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / hydrolase activity / DNA-templated transcription / chromatin / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily ...Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein partner of snf, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Klein, B.J. / Kutateladze, T.G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106416 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM101664 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100907 米国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)T32AA007464 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: A Unique pH-Dependent Recognition of Methylated Histone H3K4 by PPS and DIDO.
著者: Tencer, A.H. / Gatchalian, J. / Klein, B.J. / Khan, A. / Zhang, Y. / Strahl, B.D. / van Wely, K.H.M. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein partner of snf, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4204
ポリマ－7,1971
非ポリマー2233
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, HSQC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.020, 41.060, 26.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein partner of snf, isoform A


分子量: 7197.483 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 908-966 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: pps, CG6525, Dmel_CG6525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9VG78, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.3 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 25% PEG 3,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.27 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→26.124 Å / Num. obs: 9642 / % possible obs: 80.1 % / 冗長度: 9.3 % / Net I/σ(I): 53.02

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L7X

4l7x


解像度: 1.4→26.124 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1602 960 10.01 %
Rwork0.1357 --
obs0.1381 9593 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→26.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数477 0 8 64 549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.882693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.233312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08769
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00889
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.47380.18981370.12791229X-RAY DIFFRACTION100
1.4738-1.56620.15761370.11921239X-RAY DIFFRACTION100
1.5662-1.68710.13111370.11211232X-RAY DIFFRACTION100
1.6871-1.85680.1581370.11871231X-RAY DIFFRACTION100
1.8568-2.12540.14031360.12911234X-RAY DIFFRACTION99
2.1254-2.67730.16611410.14621253X-RAY DIFFRACTION99
2.6773-26.12890.17271350.15691215X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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