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万見
- PDB-5wj7: Crystal Structure of Amino Acids 1733-1797 of Human Beta Cardiac ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wj7
タイトルCrystal Structure of Amino Acids 1733-1797 of Human Beta Cardiac Myosin Fused to Xrcc4
要素DNA repair protein XRCC4,Myosin-7
キーワードActin/DNA Binding Protein / Myosin / Xrcc4 / Coiled-Coil / Actin-DNA Binding Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FHA domain binding / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / immunoglobulin V(D)J recombination / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / muscle myosin complex ...FHA domain binding / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / immunoglobulin V(D)J recombination / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / muscle myosin complex / muscle filament sliding / transition between fast and slow fiber / regulation of the force of heart contraction / myosin filament / adult heart development / protein localization to site of double-strand break / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / myosin II complex / myosin complex / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / sarcomere organization / microfilament motor activity / cellular response to lithium ion / myofibril / 2-LTR circle formation / skeletal muscle contraction / response to X-ray / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / ATP metabolic process / cardiac muscle contraction / stress fiber / striated muscle contraction / muscle contraction / regulation of heart rate / sarcomere / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Z disc / double-strand break repair via nonhomologous end joining / actin filament binding / double-strand break repair / site of double-strand break / calmodulin binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #370 / DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal / Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1 / XRCC4, N-terminal domain superfamily / DNA repair protein XRCC4 / : / : / : / XRCC4 N-terminal domain / XRCC4 coiled-coil ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #370 / DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal / Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1 / XRCC4, N-terminal domain superfamily / DNA repair protein XRCC4 / : / : / : / XRCC4 N-terminal domain / XRCC4 coiled-coil / XRCC4 C-terminal region / XRCC4-like, N-terminal domain superfamily / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Beta Complex / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-7 / DNA repair protein XRCC4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Andreas, M.P. / Ajay, G. / Gellings, J. / Rayment, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R21 HL111237 米国
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Design considerations in coiled-coil fusion constructs for the structural determination of a problematic region of the human cardiac myosin rod.
著者: Andreas, M.P. / Ajay, G. / Gellings, J.A. / Rayment, I.
履歴
登録2017年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.22017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein XRCC4,Myosin-7
B: DNA repair protein XRCC4,Myosin-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1912
ポリマ－45,1912
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area22340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.032, 71.506, 173.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein XRCC4,Myosin-7 / X-ray repair cross-complementing protein 4 / Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform ...X-ray repair cross-complementing protein 4 / Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac muscle beta isoform / MyHC-beta


分子量: 22595.488 Da / 分子数: 2
断片: UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1733-1797
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC4, MYH7, MYHCB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q13426, UniProt: P12883
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% (w/v) Methyl-Ether PEG 5K, 300 mM glycine, 100 mM triethanolamine pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→100 Å / Num. obs: 21429 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 53.6
反射 シェル解像度: 2.43→2.47 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 7.86 / Num. unique obs: 1036 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
REFMAC5.6精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IK9

1ik9


解像度: 2.5→39.243 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 982 5 %
Rwork0.2034 --
obs0.2058 19647 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.243 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3104 0 0 145 3249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3724231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6771939
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.63180.31751390.25472643X-RAY DIFFRACTION100
2.6318-2.79670.29691360.24932604X-RAY DIFFRACTION100
2.7967-3.01250.30311390.24412622X-RAY DIFFRACTION100
3.0125-3.31560.31821380.22432637X-RAY DIFFRACTION100
3.3156-3.7950.26461410.20292665X-RAY DIFFRACTION100
3.795-4.77990.19931420.16512694X-RAY DIFFRACTION100
4.7799-39.24790.19691470.18182800X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0479-2.39020.9015.2135-0.24372.94930.12680.1228-0.0723-0.212-0.15940.23670.1796-0.23710.03960.1946-0.06030.01020.2015-0.00140.188-1.2249-3.7801-12.7005
20.3111-0.02630.40140.14280.88562.4670.00430.08350.0302-0.00440.0710.03290.00970.3098-0.08030.2645-0.04390.01170.22110.0750.34813.2936-13.013-48.2226
33.5895-1.5521-0.9446.52581.46695.6920.26330.5071-0.2807-0.6441-0.3062-0.22960.49140.35940.02630.44480.143-0.02580.34480.01510.301620.1317-33.2194-21.3586
40.2899-0.20410.67160.0608-0.52853.4343-0.16080.0960.1202-0.014-0.0865-0.0933-0.74130.03570.32740.32630.0342-0.02520.36410.01380.30492.8002-14.3139-61.1326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 0 through 93 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 94 through 1795 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 0 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 1794 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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