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万見
- PDB-5whz: PGDM1400-10E8v4 CODV Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5whz
タイトルPGDM1400-10E8v4 CODV Fab
要素
  • Anti-HIV CODV-Fab Heavy chain
  • Anti-HIV CODV-Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / cross-over dual variable immunoglobin / multifunctional biotherapeutic format / bispecific property / CODV / HIV
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.549 Å
データ登録者Lord, D.M. / Wei, R.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Trispecific broadly neutralizing HIV antibodies mediate potent SHIV protection in macaques.
著者: Xu, L. / Pegu, A. / Rao, E. / Doria-Rose, N. / Beninga, J. / McKee, K. / Lord, D.M. / Wei, R.R. / Deng, G. / Louder, M. / Schmidt, S.D. / Mankoff, Z. / Wu, L. / Asokan, M. / Beil, C. / Lange, ...著者: Xu, L. / Pegu, A. / Rao, E. / Doria-Rose, N. / Beninga, J. / McKee, K. / Lord, D.M. / Wei, R.R. / Deng, G. / Louder, M. / Schmidt, S.D. / Mankoff, Z. / Wu, L. / Asokan, M. / Beil, C. / Lange, C. / Leuschner, W.D. / Kruip, J. / Sendak, R. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Chen, X. / Bailer, R.T. / Wang, K. / Choe, M. / Tartaglia, L.J. / Barouch, D.H. / O'Dell, S. / Todd, J.P. / Burton, D.R. / Roederer, M. / Connors, M. / Koup, R.A. / Kwong, P.D. / Yang, Z.Y. / Mascola, J.R. / Nabel, G.J.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Anti-HIV CODV-Fab Light chain
H: Anti-HIV CODV-Fab Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4012
ポリマ－80,4012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area33170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.226, 151.226, 200.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: 抗体 Anti-HIV CODV-Fab Light chain


分子量: 36878.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Anti-HIV CODV-Fab Heavy chain


分子量: 43522.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: 1.68M ammonium sulfate 0.1M sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.549→59.552 Å / Num. obs: 17034 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 3.55→3.74 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 3.236 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 2423 / Rpim(I) all: 0.77 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IQ9, 4RQQ

5iq9

4rqq


解像度: 3.549→59.552 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2867 838 4.93 %
Rwork0.2394 --
obs0.2417 16983 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 399.15 Å2 / Biso mean: 220.8852 Å2 / Biso min: 95.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.549→59.552 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5169 0 0 0 5169
残基数----677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5537207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042794
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.033110
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.549-3.77130.39411500.34126072757
3.7713-4.06250.42391300.296826422772
4.0625-4.47120.28681540.226726302784
4.4712-5.11780.28241330.212126692802
5.1178-6.44670.29041510.247327012852
6.4467-59.56070.2541200.229928963016
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6297-4.49040.12416.9693-1.4983-0.80660.18390.4137-0.9176-0.60250.17290.9183-0.3783-0.1172-0.35471.5853-0.176-0.321.57040.25681.7903107.0941159.513135.1561
28.3276-4.10412.29077.16390.56636.52330.1066-1.4095-0.40430.01610.83520.3601-0.0037-1.5973-0.92571.1976-0.0359-0.00291.43780.41961.139130.822146.718153.9409
39.2056-5.45873.85986.74534.36672.2262-1.9803-0.13772.1152-0.53990.1863-0.112-1.6302-0.40791.8674.0698-0.0062-0.24962.5246-0.28512.4675126.1853184.4327165.0708
46.5177-4.61782.86557.1229-0.9060.14510.09930.5983-0.3202-0.20640.24090.2867-0.17180.14-0.38381.6486-0.0491-0.0291.54820.10111.0226139.4724151.2285135.4806
53.0253-2.5205-2.05695.8269-0.70311.05260.3307-0.9978-0.00620.03920.0844-0.36550.71960.3748-0.54961.4650.075-0.37461.56910.14591.153116.1593179.8157136.4187
62.36144.8564-0.79769.45234.53412.5252-0.51311.1486-0.41040.4074-0.0285-0.4445-0.3727-2.16340.33173.36890.5290.27012.9692-0.07272.08137.5284174.753173.0239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 2 through 126 )L2 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 127 through 227 )L127 - 227
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 228 through 337 )L228 - 337
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 1 through 139 )H1 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 140 through 307 )H140 - 307
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 308 through 384 )H308 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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