PDB-5wg1: Kelch domain of human Keap1 bound to mutant Nrf2 EAGE peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wg1

タイトル

Kelch domain of human Keap1 bound to mutant Nrf2 EAGE peptide

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1
Nrf2 EAGE mutant peptide

キーワード

TRANSCRIPTION / Scaffold / Peptide-bound

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / negative regulation of response to oxidative stress / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.021 Å

データ登録者

Carolan, J.P. / Lynch, A.J. / Allen, K.N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Interaction Energetics and Druggability of the Protein-Protein Interaction between Kelch-like ECH-Associated Protein 1 (KEAP1) and Nuclear Factor Erythroid 2 Like 2 (Nrf2).
著者: Zhong, M. / Lynch, A. / Muellers, S.N. / Jehle, S. / Luo, L. / Hall, D.R. / Iwase, R. / Carolan, J.P. / Egbert, M. / Wakefield, A. / Streu, K. / Harvey, C.M. / Ortet, P.C. / Kozakov, D. / ...

履歴

登録	2017年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wg1.cif.gz	239.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wg1.ent.gz	192.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wg1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/5wg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/5wg1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wflSC 5wfvC 5whlC 5whoC 5wiyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zf2-d 7k2a-2 7k2g-1 5wfv-2 2z32-d 6sp1-1 7k2h-2 4zy3-2 6zex-d 6v6z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

P: Nrf2 EAGE mutant peptide

ヘテロ分子

75 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

P: Nrf2 EAGE mutant peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.809, 68.649, 77.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.54, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19 分子量: 36899.176 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 320-612 / 変異: E540A, E542A / 由来タイプ: 組換発現詳細: His-tagged variant including mutations for altered crystallographic packing 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: タンパク質・ペプチド	Nrf2 EAGE mutant peptide 分子量: 1022.063 Da / 分子数: 1 / 変異: T80A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Nrf2 EAGE mutant peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.2 - 1.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH = 6.0 - 6.5 PH範囲: 6.0 - 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen stream
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月22日詳細: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1
放射	モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.021→34.32 Å / Num. obs: 46561 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.971 / R_merge(I) obs: 0.1538 / Net I/σ(I): 6.27
反射シェル	解像度: 2.021→2.094 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.3269 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 4570 / CC_1/2: 0.862 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WFL

5wfl

解像度: 2.021→34.325 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 27.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2676	1994	4.28 %	Random selection
R_work	0.2319	-	-	-
obs	0.2334	46545	94.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.021→34.325 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4428	0	10	56	4494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4552
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.688	6201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.033	3568
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	662
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0214-2.0719	0.2485	137	0.2411	3096	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0719-2.1279	0.2592	147	0.24	3147	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1279-2.1905	0.2966	138	0.2482	3222	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1905-2.2612	0.3123	138	0.2555	3100	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2612-2.342	0.3034	134	0.2421	3080	X-RAY DIFFRACTION	91
2.342-2.4358	0.2586	140	0.2483	3238	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4358-2.5466	0.3173	147	0.2691	3194	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5466-2.6808	0.2943	142	0.2576	3231	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6808-2.8487	0.2864	150	0.2533	3218	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8487-3.0685	0.3288	135	0.2492	3108	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0685-3.3771	0.2739	143	0.2432	3280	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3771-3.8652	0.2601	149	0.231	3252	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8652-4.8675	0.2166	148	0.1909	3162	X-RAY DIFFRACTION	93
4.8675-34.3294	0.2649	146	0.2266	3223	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0319	0.0781	-0.0259	0.1172	-0.0333	0.0163	0.0019	0.8346	0.5937	-0.3337	0.0204	0.6558	-0.5951	-1.0407	0.051	0.4938	0.249	-0.1562	1.4989	0.724	0.7507	-54.9363	29.9374	48.5141
2	0.3101	-0.1123	0.1411	0.9086	-0.167	0.7769	-0.3868	2.4056	0.0667	0.1846	0.3088	0.4205	0.3574	-1.1336	-0.2307	0.044	-0.2443	-0.1655	1.8817	0.0475	0.5045	-53.8151	16.645	48.5466
3	1.0632	-0.2031	-0.489	1.5891	-0.4402	2.0506	-1.2252	1.4371	-1.1632	-0.1684	0.2536	0.1826	0.8912	-1.0413	-0.4956	0.3887	-0.3795	0.1367	0.9282	-0.2886	0.5817	-37.9098	11.6387	47.6871
4	1.8273	-0.0506	-0.4267	2.8372	0.1206	1.962	-0.5178	1.9226	-0.3742	-0.2614	0.2087	-0.103	0.3736	-0.6578	-0.0467	0.3245	-0.1763	0.0477	0.8829	-0.0381	0.5719	-29.4511	18.7499	42.1532
5	0.7377	-0.0765	-0.6049	0.0676	0.0002	0.5498	0.5227	1.1211	1.2392	-0.0985	0.4386	0.6289	-0.7982	-0.9854	0.7479	0.1925	0.1996	-0.0426	0.9732	0.5439	0.8242	-34.0626	31.4132	45.1255
6	0.2989	0.0211	-0.2951	0.5884	-1.2126	2.6602	0.2567	0.79	0.5014	-0.1287	-0.484	0.0274	-0.7101	-0.1106	-0.7157	0.6959	0.4449	0.2223	0.8573	1.3702	1.3063	-41.1629	37.9336	46.8914
7	0.4661	0.143	0.1419	0.6443	-0.4429	0.8053	0.0745	0.3647	0.2791	0.1513	0.1987	0.2301	-0.2106	-0.6263	0.0014	0.021	-0.2915	0.4276	1.4212	1.0849	0.4603	-50.506	29.5864	48.0249
8	2.5457	0.7028	0.458	2.8546	-0.6368	2.9048	0.0903	0.4583	0.0334	-0.1796	0.0201	0.1741	-0.0586	-0.09	-0.0297	0.2834	0.0004	-0.06	0.281	-0.0572	0.4232	-37.5506	16.8225	-2.7011
9	0.1822	0.2207	0.2859	0.6994	0.3192	1.7426	0.0405	0.178	-0.0099	-0.0482	-0.0552	0.1066	-0.0242	-0.2489	0.0337	0.2322	0.0072	-0.0443	0.3052	-0.0048	0.4069	-42.4115	17.9831	1.6573
10	2.6988	0.5386	1.3803	2.7623	0.5265	2.1282	-0.0515	0.3933	0.246	-0.3706	0.1607	0.0042	-0.1383	-0.2195	0.0442	0.3723	0.0358	-0.0517	0.3493	0.0032	0.4164	-39.895	27.4433	-1.8222
11	0.7596	-0.1726	0.2639	1.3605	-0.068	1.9958	-0.2884	-0.3731	0.1606	0.2501	0.1933	-0.2424	-0.1695	-0.1109	0.0467	0.2868	0.0689	-0.066	0.2911	-0.0094	0.3418	-33.9118	29.9084	10.3178
12	0.8282	-0.4907	0.6754	1.5218	-0.1471	2.2719	-0.2011	-0.4918	0.268	0.2949	0.1913	0.0594	-0.3244	-0.0649	0.0439	0.2934	0.0649	-0.0892	0.2858	-0.008	0.3655	-29.9091	30.5885	13.5856
13	0.3552	0.2286	0.5905	1.489	-0.0288	2.1777	-0.216	-0.1773	0.013	0.3132	0.1	-0.1325	-0.1435	-0.223	0.0121	0.2811	0.0504	-0.1025	0.2697	0.0006	0.3324	-23.2765	21.1578	17.4925
14	0.4145	0.4235	0.6601	1.5916	-0.5868	2.9637	-0.0227	-0.1478	-0.3485	0.1702	-0.151	-0.1577	-0.0224	0.2615	-0.053	0.2524	0.0272	-0.0669	0.2912	0.0513	0.3816	-20.3802	11.0517	15.0685
15	1.7037	-0.0163	0.1903	1.1866	-0.4446	2.7775	-0.19	-0.0432	-0.2786	0.0242	0.1948	-0.0792	0.3898	-0.2873	0.0149	0.2999	-0.0224	-0.0488	0.2758	0.0084	0.3874	-31.2929	7.7588	8.0544
16	0.1316	-0.117	0.3547	1.0606	-0.2411	2.333	0.0754	0.0345	-0.1884	-0.0155	-0.0143	0.0768	0.239	-0.1859	-0.0149	0.2654	-0.0363	-0.0429	0.2533	-0.0036	0.4129	-33.8717	8.0962	3.4671
17	0.5522	0.7072	-0.3448	1.6929	-1.4653	1.5492	0.2354	-0.343	0.0636	0.4049	-0.441	-0.0884	-0.1714	-0.3539	0.0139	0.5447	-0.0296	0.0959	0.6089	0.1009	0.7156	-42.1365	25.3738	63.5358

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 330 through 354 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 355 through 405 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 406 through 486 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 487 through 522 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 523 through 569 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 570 through 595 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 596 through 609 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 325 through 341 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 342 through 377 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 378 through 405 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 406 through 428 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 429 through 475 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 476 through 522 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 523 through 547 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 548 through 569 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 570 through 613 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'P' and (resid 76 through 84 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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