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万見
- PDB-5wf6: Agonist bound human A2a adenosine receptor with S91A mutation at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wf6
タイトルAgonist bound human A2a adenosine receptor with S91A mutation at 2.90 A resolution
要素Human A2a adenosine receptor T4L chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / human A2a adenosine receptor / S91A / GPCR-T4L chimera / LCP / agonist / UK432097 / Activation microswitch / allosteric Na-site mutant / GPCR signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / NGF-independant TRKA activation ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / : / negative regulation of vascular permeability / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / synaptic transmission, cholinergic / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / membrane depolarization / asymmetric synapse / axolemma / cellular defense response / prepulse inhibition / phagocytosis / viral release from host cell by cytolysis / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / peptidoglycan catabolic process / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / excitatory postsynaptic potential / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / locomotory behavior / astrocyte activation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / blood coagulation / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / cell-cell signaling / lysozyme activity / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / host cell cytoplasm / calmodulin binding / defense response to bacterium / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / lipid binding / glutamatergic synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / apoptotic process / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-UKA / Endolysin / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者White, K.L. / Eddy, M.T. / Gao, Z. / Han, G.W. / Hanson, M.A. / Lian, T. / Deary, A. / Patel, N. / Jacobson, K.A. / Katritch, V. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural Connection between Activation Microswitch and Allosteric Sodium Site in GPCR Signaling.
著者: White, K.L. / Eddy, M.T. / Gao, Z.G. / Han, G.W. / Lian, T. / Deary, A. / Patel, N. / Jacobson, K.A. / Katritch, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human A2a adenosine receptor T4L chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6743
ポリマ－56,5401
非ポリマー1,1342
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.783, 78.226, 86.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Human A2a adenosine receptor T4L chimera / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 56540.059 Da / 分子数: 1 / 変異: R1012G, C1054T, C1097A, I1137R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S91A mutation
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P29274, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-UKA / 6-(2,2-diphenylethylamino)-9-[(2R,3R,4S,5S)-5-(ethylcarbamoyl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]-N-[2-[(1-pyridin-2-ylpiperidin-4-yl)carbamoylamino]ethyl]purine-2-carboxamide / UK-432097


分子量: 777.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H47N11O6 / コメント: アゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM sodium citrate pH 5, 24-27% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 400, 30-80 mM MgCl 2 , 5% (v/v) Jeffamine M-600 pH 7 (Hampton)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→44.88 Å / Num. obs: 13000 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 74.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2614: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3EML

3eml


解像度: 2.9→29.487 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2877 660 5.14 %
Rwork0.2525 --
obs0.2544 12850 91.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3405 0 66 2 3473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4834844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3692110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003632
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9002-3.12390.3387950.33582073X-RAY DIFFRACTION78
3.1239-3.43780.3761350.30252454X-RAY DIFFRACTION93
3.4378-3.93430.29831300.2672557X-RAY DIFFRACTION97
3.9343-4.9530.2981510.25472510X-RAY DIFFRACTION96
4.953-29.48850.261490.22752596X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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