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- PDB-5wdm: An ultra-stable single-chain insulin analog resists thermal inact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wdm
タイトルAn ultra-stable single-chain insulin analog resists thermal inactivation and exhibits biological signaling duration equivalent to the native protein
要素Single-chain insulin analog
キーワードHORMONE / single chain / hexamer / designed insulin
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to oxygen-containing compound / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion ...cellular response to oxygen-containing compound / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / alpha-beta T cell activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / activation of protein kinase B activity / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / Insulin receptor recycling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of brown fat cell differentiation / NPAS4 regulates expression of target genes / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / positive regulation of cell differentiation / Regulation of insulin secretion / wound healing / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / negative regulation of protein catabolic process / regulation of synaptic plasticity / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / cognition / vasodilation / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / cell-cell signaling / regulation of protein localization / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protease binding / secretory granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily ...Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Yee, V.C. / Aldabbagh, K. / Peng, Y.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: An ultra-stable single-chain insulin analog resists thermal inactivation and exhibits biological signaling duration equivalent to the native protein.
著者: Glidden, M.D. / Aldabbagh, K. / Phillips, N.B. / Carr, K. / Chen, Y.S. / Whittaker, J. / Phillips, M. / Wickramasinghe, N.P. / Rege, N. / Swain, M. / Peng, Y. / Yang, Y. / Lawrence, M.C. / ...著者: Glidden, M.D. / Aldabbagh, K. / Phillips, N.B. / Carr, K. / Chen, Y.S. / Whittaker, J. / Phillips, M. / Wickramasinghe, N.P. / Rege, N. / Swain, M. / Peng, Y. / Yang, Y. / Lawrence, M.C. / Yee, V.C. / Ismail-Beigi, F. / Weiss, M.A.
履歴
登録2017年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-chain insulin analog
B: Single-chain insulin analog
C: Single-chain insulin analog
D: Single-chain insulin analog
E: Single-chain insulin analog
F: Single-chain insulin analog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1766
ポリマ－39,1766
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.382, 85.771, 45.696
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLNGLNchain AAA4 - 574 - 57
2GLNGLNchain BBB4 - 574 - 57
3HISHISchain CCC5 - 575 - 57
4GLNGLNchain DDD4 - 574 - 57
5GLNGLNchain EEE4 - 574 - 57
6HISHISchain FFF5 - 575 - 57

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要素

#1: タンパク質
Single-chain insulin analog


分子量: 6529.333 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A6XGL2, UniProt: P01308*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 15% PEG 8000, and 0.1 M Tris HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→38.22 Å / Num. obs: 7718 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 63.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.309

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSOct 15データ削減
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GUJ

1guj


解像度: 2.803→38.22 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 36.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3142 743 9.66 %
Rwork0.251 --
obs0.2572 7694 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 178.83 Å2 / Biso mean: 71.1315 Å2 / Biso min: 5.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.803→38.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2155 0 0 0 2155
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0982956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.202766
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1612X-RAY DIFFRACTION16.249TORSIONAL
12B1612X-RAY DIFFRACTION16.249TORSIONAL
13C1612X-RAY DIFFRACTION16.249TORSIONAL
14D1612X-RAY DIFFRACTION16.249TORSIONAL
15E1612X-RAY DIFFRACTION16.249TORSIONAL
16F1612X-RAY DIFFRACTION16.249TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8029-3.01930.38661760.29321328150497
3.0193-3.3230.36911540.27931393154799
3.323-3.80340.31591250.262114021527100
3.8034-4.79050.30991410.237514051546100
4.7905-38.22380.28381470.23914231570100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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