PDB-6lh7: Crystal Structure of Vibrio cholerae Methionine Aminopeptidase wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lh7

タイトル

Crystal Structure of Vibrio cholerae Methionine Aminopeptidase with Partially Occupied Metals

要素

Methionine aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / peta-bread fold / metallo enzyme / MetAP

機能・相同性

機能・相同性情報

methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.473 Å

データ登録者

Pillalamarri, V. / Addlagatta, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Methionine aminopeptidases with short sequence inserts within the catalytic domain are differentially inhibited: Structural and biochemical studies of three proteins from Vibrio spp.
著者: Pillalamarri, V. / Reddy, C.G. / Bala, S.C. / Jangam, A. / Kutty, V.V. / Addlagatta, A.

履歴

登録	2019年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lh7.cif.gz	147.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lh7.ent.gz	109.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lh7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lh7_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lh7_full_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示
XML形式データ	6lh7_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	6lh7_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/6lh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/6lh7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k26SC 6ksgC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ksg-2 6k26-1 6k26-2 6ksg-1 6apj-2 3p8z-2 3nre-1 5ec8-1 5ioh-1 5z44-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methionine aminopeptidase

B: Methionine aminopeptidase

ヘテロ分子

67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methionine aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methionine aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.702, 50.293, 131.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.241, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methionine aminopeptidase / MetAP / Peptidase M 分子量: 33573.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: map, VC_2261 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KPV1, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.41 % 解説: Rhomboid shaped crystals are observed within 12 hours
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.1 M Hepes pH-7.3 , 10% PEG 3350, 5% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9536 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9536 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→49.31 Å / Num. obs: 108944 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 684923 / Scaling rejects: 38

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.47-1.5	6	0.676	31658	5255	0.841	0.294	0.739	2.7	97.7
8.07-49.31	5.6	0.029	4032	716	0.999	0.013	0.032	46.6	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.503

	最高解像度	最低解像度
Rotation	48.18 Å	1.67 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.3	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0257	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6K26

6k26

解像度: 1.473→48.226 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.016 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1765	5364	4.925 %
R_work	0.1518	-	-
all	0.153	-	-
obs	-	108924	99.646 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.882 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.755 Å²	-0 Å²	0.026 Å²
2-	-	0.544 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.198 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.473→48.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4378	0	30	550	4958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.883	1.644	6425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.51	1.579	10461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.624	5	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.056	22.669	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.782	15	880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.751	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	883
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	2255
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.177	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.311	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.467	1.419	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.463	1.418	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.069	2.127	2899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.071	2.128	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.831	1.804	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.805	1.803	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.26	2.57	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.252	2.57	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.113	18.307	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.072	17.836	5189

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.473-1.511	0.23	392	0.219	7478	X-RAY DIFFRACTION	98.1419
1.511-1.553	0.225	338	0.202	7421	X-RAY DIFFRACTION	99.4616
1.553-1.598	0.221	370	0.184	7189	X-RAY DIFFRACTION	99.0046
1.598-1.647	0.181	342	0.167	7074	X-RAY DIFFRACTION	99.7847
1.647-1.701	0.194	341	0.165	6786	X-RAY DIFFRACTION	99.8599
1.701-1.761	0.185	356	0.154	6591	X-RAY DIFFRACTION	99.9712
1.761-1.827	0.184	317	0.149	6397	X-RAY DIFFRACTION	99.9851
1.827-1.902	0.175	310	0.144	6149	X-RAY DIFFRACTION	100
1.902-1.986	0.166	342	0.142	5888	X-RAY DIFFRACTION	99.9839
1.986-2.083	0.164	302	0.138	5617	X-RAY DIFFRACTION	99.9156
2.083-2.196	0.167	279	0.14	5343	X-RAY DIFFRACTION	99.9111
2.196-2.329	0.163	259	0.132	5070	X-RAY DIFFRACTION	99.9625
2.329-2.49	0.161	256	0.131	4804	X-RAY DIFFRACTION	99.9408
2.49-2.689	0.167	235	0.134	4410	X-RAY DIFFRACTION	99.957
2.689-2.946	0.173	222	0.145	4141	X-RAY DIFFRACTION	99.9084
2.946-3.293	0.148	212	0.14	3696	X-RAY DIFFRACTION	99.9744
3.293-3.802	0.182	170	0.15	3273	X-RAY DIFFRACTION	99.7104
3.802-4.656	0.155	151	0.141	2805	X-RAY DIFFRACTION	99.7974
4.656-6.58	0.208	110	0.188	2180	X-RAY DIFFRACTION	99.7387
6.58-48.226	0.256	60	0.21	1248	X-RAY DIFFRACTION	98.941

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