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- PDB-5wdf: Crystal structure of 10E8v4-5R+100cF Fab in complex with HIV-1 gp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wdf
タイトルCrystal structure of 10E8v4-5R+100cF Fab in complex with HIV-1 gp41 peptide
要素
  • 10E8v4-5R+100cF Fab heavy chain
  • FA10E8v4-5R+100cF FAB light chain
  • HIV-1 gp41 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 neutralizing antibody / MPER / 10E8
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Surface-Matrix Screening Identifies Semi-specific Interactions that Improve Potency of a Near Pan-reactive HIV-1-Neutralizing Antibody.
著者: Kwon, Y.D. / Chuang, G.Y. / Zhang, B. / Bailer, R.T. / Doria-Rose, N.A. / Gindin, T.S. / Lin, B. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / Pegu, A. / Schmidt, S.D. / Asokan, M. / Chen, X. / ...著者: Kwon, Y.D. / Chuang, G.Y. / Zhang, B. / Bailer, R.T. / Doria-Rose, N.A. / Gindin, T.S. / Lin, B. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / Pegu, A. / Schmidt, S.D. / Asokan, M. / Chen, X. / Choe, M. / Georgiev, I.S. / Jin, V. / Pancera, M. / Rawi, R. / Wang, K. / Chaudhuri, R. / Kueltzo, L.A. / Manceva, S.D. / Todd, J.P. / Scorpio, D.G. / Kim, M. / Reinherz, E.L. / Wagh, K. / Korber, B.M. / Connors, M. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2017年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 10E8v4-5R+100cF Fab heavy chain
L: FA10E8v4-5R+100cF FAB light chain
A: 10E8v4-5R+100cF Fab heavy chain
B: FA10E8v4-5R+100cF FAB light chain
P: HIV-1 gp41 peptide
Q: HIV-1 gp41 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7586
ポリマ－100,7586
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.284, 60.953, 70.149
Angle α, β, γ (deg.)103.08, 107.46, 100.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 10E8v4-5R+100cF Fab heavy chain


分子量: 25169.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 1GHG1 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 FA10E8v4-5R+100cF FAB light chain


分子量: 22879.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLC2 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 gp41 peptide


分子量: 2330.745 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG3350, 10% iso-propanol, 0.1M Ammonium citrate, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 18005 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5iq9

5iq9


解像度: 3.1→45.121 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 32.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2811 743 5.16 %
Rwork0.2468 --
obs0.2486 14394 93.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.121 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6558 0 0 0 6558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6059160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9013946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1002-3.33950.31361330.2942605X-RAY DIFFRACTION88
3.3395-3.67540.33011450.27842753X-RAY DIFFRACTION94
3.6754-4.20690.31021530.27032811X-RAY DIFFRACTION96
4.2069-5.2990.26631530.23312770X-RAY DIFFRACTION95
5.299-45.12590.25841590.22772712X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.31311.677-0.07497.24872.34452.81780.2944-0.44020.51640.5676-0.0510.88710.04470.1632-0.21620.49590.08480.19520.6346-0.01860.65-25.75711.3504-57.5304
22.1528-0.08790.23243.90273.21266.48660.74730.61250.6783-0.8985-0.2724-0.1541-0.4124-0.3565-0.43471.51110.0190.13170.90360.03610.60332.073524.8336-46.7704
37.93881.5547-0.06676.86460.46367.31590.11450.5876-0.7379-0.20.0652-0.730.46880.7975-0.15530.52630.2638-0.00770.58450.03920.5954-9.2501-8.807-63.8539
47.497-2.6618-2.42777.81486.74745.6987-0.0648-0.028-0.23380.48540.4693-0.3729-0.35440.8742-0.30980.96730.12320.09520.87640.01130.652610.687710.9146-43.6433
57.3282.84510.47484.94660.73043.08380.11190.09390.88760.25750.06510.0418-0.50380.1388-0.08280.6110.15920.08710.5001-0.00360.8937-15.317927.044-73.5315
67.28992.47743.33262.03886.84027.3411-0.01120.04290.047-0.2933-0.03570.44421.4234-0.41450.24541.26410.09590.17110.7210.13930.6816-40.17691.9423-83.9871
76.15791.35451.9494.72611.41896.3502-0.33380.51380.0026-0.74970.1942-0.11090.66710.15420.04430.7770.17090.15040.54690.07310.6067-3.704114.9972-85.3766
82.9323-1.9129-2.03676.53915.07265.18290.03750.79590.2201-0.41560.1101-0.0868-0.2789-1.0039-0.16421.4256-0.08630.08520.97510.05180.59-31.73281.276-99.6112
92.156-0.51761.78842.2905-1.82082.38990.7929-0.4918-0.21890.7233-0.39192.6479-0.4485-1.9391-0.34960.8390.13330.13191.0368-0.15671.2606-34.6315-20.5956-64.4719
105.59073.4389-6.38626.467-4.89767.5055-1.5731-0.43711.9315-0.39580.07680.3915-1.58731.71830.2870.6367-0.2934-0.26551.15250.20471.76596.592938.7679-75.0498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:114 )H1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 115:213 )H115 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN L AND RESID 2:109 )L2 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 110:209 )L110 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 1:114 )A1 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 115:210 )A115 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 3:109 )B3 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 110:209 )B110 - 209
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN P AND RESID 668:684 )P668 - 684
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN Q AND RESID 669:684 )Q669 - 684

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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