PDB-5wbl: Crystal structure of the Arabidopsis thaliana Raptor in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wbl

タイトル

Crystal structure of the Arabidopsis thaliana Raptor in complex with the TOS peptide of human PRAS40

要素

Proline-rich AKT1 substrate 1
Regulatory-associated protein of TOR 1

キーワード

PROTEIN BINDING / Raptor / TOS

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of shoot apical meristem identity / TORC1 complex / embryo development ending in seed dormancy / MTOR signalling / negative regulation of cell size / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of TOR signaling / AKT phosphorylates targets in the cytosol / protein kinase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Pavletich, N.P. / Jiang, X.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Mechanisms of mTORC1 activation by RHEB and inhibition by PRAS40.
著者: Haijuan Yang / Xiaolu Jiang / Buren Li / Hyo J Yang / Meredith Miller / Angela Yang / Ankita Dhar / Nikola P Pavletich /

要旨: The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) controls cell growth and metabolism in response to nutrients, energy levels, and growth factors. It contains the atypical kinase mTOR and the ...

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wbl.cif.gz	439.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wbl.ent.gz	359.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wbl_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wbl_full_validation.pdf.gz	459 KB	表示
XML形式データ	5wbl_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	5wbl_validation.cif.gz	48.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7086C 7087C 5wbhC 5wbiSC 5wbjC 5wbkC 5wbuC 5wbyC 6bcuC 6bcxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wbk-d 5wbj-d 5wbi-d 5ef5-1 3fgc-d 6adb-2 9598 5he3-d 3cik-d 6ada-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (2)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulatory-associated protein of TOR 1

T: Proline-rich AKT1 substrate 1

144 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.100, 113.100, 151.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Regulatory-associated protein of TOR 1 / Protein RAPTOR 1 / Protein RAPTOR 1B / AtRaptor1b 分子量: 141855.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: RAPTOR1, RAPTOR1B, At3g08850, T16O11.22 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q93YQ1
#2: タンパク質・ペプチド	Proline-rich AKT1 substrate 1 / 40 kDa proline-rich AKT substrate 分子量: 1739.813 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 124-139 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96B36

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.82 % / Mosaicity: 1.392 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: tacsimate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.35→80 Å / Num. obs: 22827 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 1.175 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 115461

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.35-3.47	4.8	0.758	2209	2209	0.77	0.377	0.85	1.17	97.6
3.47-3.61	4.9	0.52	2203		0.875	0.253	0.581	1.186	97.4
3.61-3.77	4.9	0.388	2239		0.925	0.19	0.434	1.196	97.9
3.77-3.97	4.9	0.264	2237		0.96	0.129	0.295	1.181	98.4
3.97-4.22	5	0.178	2271		0.982	0.087	0.199	1.169	98.1
4.22-4.55	5	0.116	2262		0.991	0.056	0.129	1.187	98.7
4.55-5	5.2	0.084	2288		0.995	0.04	0.093	1.194	98.8
5-5.73	5.3	0.083	2316		0.995	0.039	0.092	1.207	99.5
5.73-7.22	5.2	0.07	2335		0.997	0.033	0.078	1.203	99.3
7.22-80	5.4	0.033	2467		0.999	0.015	0.037	1.071	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WBI

5wbi

解像度: 3.35→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / SU B: 71.877 / SU ML: 0.478 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.611 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26562	787	3.9 %	RANDOM
R_work	0.20508	-	-	-
obs	0.2074	19535	89.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 115.087 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.41 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.35→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8332	0	0	0	8332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	8522
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.344	1.96	11573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.977	3	18513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.669	5	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.458	23.703	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.783	15	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.409	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.946	3.908	4235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.944	3.908	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.096	7.813	5278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.096	7.813	5279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.605	4.01	4287
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.605	4.009	4285
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.693	7.957	6295
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.166	89.716	9420
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.166	89.723	9421
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.35→3.434 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.411	48	-
R_work	0.388	1193	-
obs	-	-	76.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5334	-0.1565	-0.9343	2.2353	-0.1819	3.6146	-0.1784	-0.4329	-0.1924	0.1214	0.0454	-0.0013	0.0632	0.1088	0.1329	0.2147	0.0392	0.1528	0.2051	-0.0313	0.1548	-42.28	-64.792	38.128
2	5.7247	-3.4731	-1.1467	6.4269	0.7748	2.7199	0.2232	0.4317	-0.133	-0.1654	-0.1829	-0.3143	0.3067	0.011	-0.0404	0.3544	0.0121	0.1837	0.1872	0.0175	0.1847	-28.768	-61.233	19.461
3	4.0432	2.0168	0.7636	6.3489	2.1234	4.3603	-0.3093	0.037	-0.1558	-0.0683	0.0107	-0.2176	0.21	-0.2268	0.2987	0.4388	0.0382	0.1973	0.115	0.0554	0.335	-22.965	-39.746	18.496
4	5.8132	0.588	1.6999	5.0462	0.0959	3.4055	0.0103	0.0526	-0.4656	0.1479	-0.1383	-0.3113	0.1806	0.4343	0.1279	0.2418	0.1013	0.051	0.1156	0.1084	0.2818	-13.141	-23.745	27.042
5	4.4324	-1.9732	-1.2669	5.7743	0.2122	3.8622	-0.025	-0.6687	0.0653	0.49	0.0897	-0.5258	-0.1892	0.1488	-0.0647	0.2591	-0.0189	0.0052	0.2055	0.1241	0.1997	-14.701	-2.575	31.615
6	3.0381	0.0332	0.3804	3.457	-1.0749	4.0915	-0.0299	0.5751	-0.1489	-0.4449	0.1056	0.3476	0.2824	-0.7253	-0.0757	0.0664	-0.0245	-0.0273	0.4634	0.0827	0.1077	-27.743	15.369	0.489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	106 - 303
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	372 - 404
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	100 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	304 - 371
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	405 - 437
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	438 - 534
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	95 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	3	T	126 - 133
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	90 - 94
10	X-RAY DIFFRACTION	4	A	535 - 599
11	X-RAY DIFFRACTION	4	A	966 - 978
12	X-RAY DIFFRACTION	5	A	75 - 89
13	X-RAY DIFFRACTION	5	A	609 - 865
14	X-RAY DIFFRACTION	5	A	957 - 965
15	X-RAY DIFFRACTION	6	A	985 - 1339
16	X-RAY DIFFRACTION	6	A	61 - 74

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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