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- PDB-5wb2: US28 bound to engineered chemokine CX3CL1.35 and nanobodies -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wb2
タイトルUS28 bound to engineered chemokine CX3CL1.35 and nanobodies
要素
  • CX3CL1 protein
  • Envelope protein US28, nanobody 7 fusion protein
  • nanobody B1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / chemokine receptor / engineered proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis / synapse pruning ...CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis / synapse pruning / positive regulation of microglial cell migration / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of neuron migration / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / CCR chemokine receptor binding / microglial cell proliferation / positive regulation of actin filament bundle assembly / leukocyte migration involved in inflammatory response / C-C chemokine receptor activity / integrin activation / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / leukocyte chemotaxis / angiogenesis involved in wound healing / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cell-matrix adhesion / neuron remodeling / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of apoptotic signaling pathway / regulation of neurogenesis / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of cell-substrate adhesion / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neutrophil chemotaxis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of cell migration / response to ischemia / cell projection / cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / calcium-mediated signaling / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / cell-cell adhesion / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of neuron projection development / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / integrin binding / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / neuron projection / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / viral envelope / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / host cell plasma membrane / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CX3C chemokine domain / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins ...CX3C chemokine domain / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / G-protein coupled receptor homolog US28 / Fractalkine / CX3CL1 protein / Envelope protein US28
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jude, K.M. / Burg, J.S. / Tsutsumi, N. / Miles, T.F. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097015 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Viral GPCR US28 can signal in response to chemokine agonists of nearly unlimited structural degeneracy.
著者: Miles, T.F. / Spiess, K. / Jude, K.M. / Tsutsumi, N. / Burg, J.S. / Ingram, J.R. / Waghray, D. / Hjorto, G.M. / Larsen, O. / Ploegh, H.L. / Rosenkilde, M.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2017年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年1月1日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein US28, nanobody 7 fusion protein
B: CX3CL1 protein
D: nanobody B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,40111
ポリマ－74,9413
非ポリマー2,4608
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area28810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.170, 128.940, 127.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#2: タンパク質 CX3CL1 protein / engineered chemokine CX3CL1.35


分子量: 8631.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CX3CL1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6I9S9, UniProt: P78423*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 AD

#1: 抗体 Envelope protein US28, nanobody 7 fusion protein / US28 protein


分子量: 52158.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス), (組換発現) Lama glama (ラマ)
遺伝子: US28 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q80KM9, UniProt: P69333*PLUS
#3: 抗体 nanobody B1


分子量: 14151.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 8分子

#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: MES pH 6.0, 50 mM lithium sulfate, 35-39% PEG300, 1% 1,2,3-heptanetriol in monoolein:cholesterol (9:1)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03323 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03323 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 10361 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 65.336 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rpim(I) all: 0.0289 / Net I/σ(I): 5.24
反射 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.261 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 762 / CC1/2: 0.506 / Rrim(I) all: 1.395 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSMay 1, 2016データ削減
XSCALEMay 1, 2016データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4XT1

4xt1


解像度: 3.5→45.374 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.28
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2962 1041 10.08 %random selection
Rwork0.252 ---
obs0.2563 10332 99.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→45.374 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4755 0 152 0 4907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7016848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1162923
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5002-3.68470.33011470.321310X-RAY DIFFRACTION100
3.6847-3.91540.37361510.29871298X-RAY DIFFRACTION99
3.9154-4.21750.351410.27861287X-RAY DIFFRACTION100
4.2175-4.64160.26561580.22811314X-RAY DIFFRACTION100
4.6416-5.31240.29351510.22381321X-RAY DIFFRACTION99
5.3124-6.68960.33491440.27571343X-RAY DIFFRACTION99
6.6896-45.37730.23711490.22621418X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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