[日本語] English
万見
- PDB-5w4l: Crystal structure of the non-neutralizing and ADCC-potent C11-lik... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w4l
タイトルCrystal structure of the non-neutralizing and ADCC-potent C11-like antibody N12-i3 in complex with HIV-1 clade A/E gp120, the CD4 mimetic M48U1, and the antibody N5-i5.
要素
  • (Antibody N12-i3 ...) x 2
  • (Antibody N5-i5 ...) x 2
  • CD4 mimetic peptide M48U1
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 gp120 / Clade A/E 93TH057 / Viral protein / Viral protein-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1 / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI116274 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Targeting the Late Stage of HIV-1 Entry for Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity: Structural Basis for Env Epitopes in the C11 Region.
著者: Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Alsahafi, N. / Van, V. / Orlandi, C. / Ding, S. / Martin, L. / Finzi, A. / Lewis, G.K. / Ray, K. / Pazgier, M.
履歴
登録2017年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_molecule_features / Item: _pdbx_entry_details.compound_details
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
N: CD4 mimetic peptide M48U1
H: Antibody N5-i5 Fab heavy chain
L: Antibody N5-i5 light chain
D: Antibody N12-i3 Fab heavy chain
E: Antibody N12-i3 light chain
A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
M: CD4 mimetic peptide M48U1
F: Antibody N5-i5 Fab heavy chain
I: Antibody N5-i5 light chain
B: Antibody N12-i3 Fab heavy chain
C: Antibody N12-i3 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,30135
ポリマ－280,58512
非ポリマー4,71623
水36020
1
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
N: CD4 mimetic peptide M48U1
H: Antibody N5-i5 Fab heavy chain
L: Antibody N5-i5 light chain
D: Antibody N12-i3 Fab heavy chain
E: Antibody N12-i3 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,76118
ポリマ－140,2926
非ポリマー2,46912
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
M: CD4 mimetic peptide M48U1
F: Antibody N5-i5 Fab heavy chain
I: Antibody N5-i5 light chain
B: Antibody N12-i3 Fab heavy chain
C: Antibody N12-i3 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,54017
ポリマ－140,2926
非ポリマー2,24811
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)311.018, 53.291, 223.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
抗体 , 4種, 8分子 HFLIDBEC

#3: 抗体 Antibody N5-i5 Fab heavy chain


分子量: 23789.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Antibody N5-i5 light chain


分子量: 22943.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Antibody N12-i3 Fab heavy chain


分子量: 24170.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 Antibody N12-i3 light chain


分子量: 23485.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 25分子 GANM

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 42847.676 Da / 分子数: 2 / 変異: H375S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / 細胞株 (発現宿主): GnT1- 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#2: タンパク質・ペプチド CD4 mimetic peptide M48U1


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 3056.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1
#7: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 22分子

#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) ...THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) BY TRANSPLANTING THE GP120-INTERACTIVE REGION OF CD4 ONTO THE SCYLLATOXIN SCAFFOLD, FOLLOWED BY MANY ROUNDS OF ITERATIVE OPTIMIZATION
配列の詳細Author states that the reference sequence from the database represents a truncated version of the ...Author states that the reference sequence from the database represents a truncated version of the full length HIV Env sequence. Numbering of the gp120 is based on the Hxbc2 Env. Chains G and A both have a histidine to serine mutation at position 375 in the structure. Residues 31-43 and 493-511 are the full length N and C-termini of the sequence referenced in the database.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% PEG 2000 MME 0.1 M Tris-HCl pH 8.0 0.1 M KCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日 / 詳細: Rh coated flat bent mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→50 Å / Num. obs: 62153 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.92→3 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.923 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H8W

4h8w


解像度: 2.92→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 70.063 / SU ML: 0.574 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.496 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29191 3079 5 %RANDOM
Rwork0.23132 ---
obs0.23426 59072 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.496 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20.88 Å2
2---1.9 Å2-0 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.92→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18756 0 296 20 19072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01919575
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0217495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.96526623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97340894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.09552439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49724.573772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.51153097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8561580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.23041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02121480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4933.1049848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4933.1049847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8754.64612247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8754.64612248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7323.2339726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7323.2339727
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3454.83114376
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.8659.34276894
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.8659.34176895
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.921→2.997 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 206 -
Rwork0.359 3589 -
obs--82.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4827-0.2817-0.87162.68390.81452.2346-0.1371-0.36040.24090.41070.149-0.14370.03680.1203-0.01190.12760.05-0.1170.0603-0.05410.2134-30.7614-9.993968.8756
21.9394-0.36140.52083.0989-1.42882.1231-0.0419-0.2646-0.20130.29820.1590.4886-0.0386-0.2316-0.11710.06570.02970.02350.06470.00850.5112-78.2667-38.108657.6641
31.6493-1.1295-1.04453.06291.15863.5596-0.14670.15820.0428-0.63660.0636-0.0692-0.0030.18920.08310.2508-0.06510.00710.0520.00240.176-31.43-26.420435.2494
41.26120.4551-0.02224.08252.59645.24860.12480.5524-0.3516-0.6583-0.48790.8353-0.488-1.03910.36310.99130.01750.03770.8832-0.16050.8516-28.0862-47.70053.2294
52.3576-1.01210.01993.2749-1.06044.02130.07980.62840.0688-0.8337-0.1545-0.1196-0.0632-0.13910.07470.29360.0088-0.05450.17920.00150.4023-62.571-21.38528.0565
60.5272-0.28041.01410.2159-0.56281.9617-0.27270.43660.11490.2053-0.0726-0.2979-0.54460.82640.34541.7282-0.0524-0.00031.43040.18771.5224-56.95132.5796-2.2682
70.82490.82690.50366.27021.29763.187-0.07220.151-0.0768-0.00280.1599-0.07430.30490.1428-0.08760.06890.00910.03270.04130.01280.2575-29.7393-46.185344.1112
80.7594-1.0586-0.61912.58730.2426.3308-0.19520.0741-0.191-0.317-0.1966-0.47730.37850.81650.39180.9276-0.04460.15460.5611-0.00070.7081-15.6375-54.38512.5959
91.6685-0.2693-1.22234.37510.37012.34830.2150.09180.585-0.51110.1540.0456-0.48280.1611-0.3690.27070.04020.01710.12090.06920.6362-67.7897-1.781835.7415
102.53410.55162.74480.40911.47146.3856-0.3320.09380.1691-0.25630.18250.1008-0.947-0.13320.14961.2936-0.0355-0.13210.79430.08020.9012-71.23366.71984.4987
115.7084-3.30130.95333.5802-0.23750.64990.01280.2052-0.41640.0438-0.09480.2680.21210.07250.0820.25280.0584-0.05970.2105-0.0150.201314.2437-48.342458.4607
122.6504-1.74010.3293.5785-0.69960.77790.33760.47250.4254-0.3635-0.344-0.2758-0.28070.03040.00650.30930.1011-0.00740.41790.11850.5046-112.35951.637428.5618
134.1034-1.41420.89331.8631-0.1731.7172-0.4532-1.20340.06920.53210.38420.1413-0.0991-0.22420.0690.47690.1549-0.13760.38520.03530.321322.014-45.074474.6769
142.2481-1.98790.2043.7756-1.46661.0493-0.00950.14340.0874-0.00150.22150.2467-0.1983-0.2735-0.2120.21950.0992-0.07330.32720.05420.4729-126.4522-0.827639.7381
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G31 - 492
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 492
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4H114 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5F1 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6F114 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7L3 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8L108 - 209
9X-RAY DIFFRACTION9I3 - 107
10X-RAY DIFFRACTION10I108 - 209
11X-RAY DIFFRACTION11D1 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12B1 - 212
13X-RAY DIFFRACTION13E2 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14C1 - 211

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る