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Yorodumi- PDB-4z3x: Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in comp... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4z3x | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in complex with 1-Monoenoyl-CoA | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / aromatics / reductase / Benzoyl-CoA / anaerobic | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationoxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Geobacter metallireducens GS-15 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Weinert, T. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Huwiler, S.G. / Boll, M. / Ermler, U. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2015Title: Structural basis of enzymatic benzene ring reduction. Authors: Weinert, T. / Huwiler, S.G. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Hellwig, P. / Stark, H.J. / Biskup, T. / Weber, S. / Cotelesage, J.J. / George, G.N. / Ermler, U. / Boll, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4z3x.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4z3x.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4z3x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4z3x_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4z3x_full_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | |
| Data in XML | 4z3x_validation.xml.gz | 129.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 4z3x_validation.cif.gz | 179.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3x | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4z3wC ![]() 4z3yC ![]() 4z3zC ![]() 4z40C ![]() 1aorS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
-Protein , 2 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 73895.477 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter metallireducens GS-15 (bacteria)Gene: bamB-1, Gmet_2087 / Production host: Geobacter metallireducens GS-15 (bacteria) / References: UniProt: Q39TV8#2: Protein | Mass: 20133.945 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter metallireducens GS-15 (bacteria)Gene: bamC-1, Gmet_2086 / Production host: Geobacter metallireducens GS-15 (bacteria) / References: UniProt: Q39TV9 |
|---|
-Non-polymers , 9 types, 1195 molecules 














| #3: Chemical | ChemComp-SF4 / #4: Chemical | ChemComp-MTE / #5: Chemical | ChemComp-W / #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-UNL / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-4KX / #10: Chemical | ChemComp-PG4 / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.1 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 8% PEG 4000, 0.2 M LiCl, 2 mM DTT, 0.2 M Tris pH 8.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.25 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2010 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.25 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.85→88.071 Å / Num. all: 330481 / Num. obs: 306743 / % possible obs: 92.8 % / Redundancy: 2.6 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 5.46 |
| Reflection shell | Resolution: 1.85→1.96 Å / Redundancy: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 1.384 / Mean I/σ(I) obs: 0.47 / % possible all: 66.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1AOR Resolution: 1.85→88.071 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.26 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→88.071 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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