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万見
- PDB-5w3r: SH2B1 SH2 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w3r
タイトルSH2B1 SH2 Domain
要素SH2B adapter protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH2B1 / SH2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA biosynthetic process / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Signaling by Leptin / lamellipodium assembly / Prolactin receptor signaling / positive regulation of SMAD protein signal transduction / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of mitotic nuclear division / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...regulation of DNA biosynthetic process / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Signaling by Leptin / lamellipodium assembly / Prolactin receptor signaling / positive regulation of SMAD protein signal transduction / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of mitotic nuclear division / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / intracellular signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SH2B adapter protein 1 / SH2B1, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / Pleckstrin homology domain. ...SH2B adapter protein 1 / SH2B1, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENOL / PHOSPHATE ION / SH2B adapter protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.386 Å
データ登録者McKercher, M.A. / Wuttke, D.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1121842 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2018
タイトル: Diversity in peptide recognition by the SH2 domain of SH2B1.
著者: McKercher, M.A. / Guan, X. / Tan, Z. / Wuttke, D.S.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH2B adapter protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0425
ポリマ－12,6641
非ポリマー3774
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.010, 52.750, 60.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SH2B adapter protein 1 / Pro-rich / PH and SH2 domain-containing signaling mediator / PSM / SH2 domain-containing protein 1B


分子量: 12664.433 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 Domain (UNP residues 519-628) / 変異: E583A, E584A, W593H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SH2B1, KIAA1299, SH2B / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NRF2
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル


分子量: 94.111 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG 3350, potassium sulfate, phenol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.386→52.75 Å / Num. all: 19492 / Num. obs: 19492 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 12.07 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.083 / Net I/av σ(I): 4 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 127670
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.39-1.465.90.3252.30.1430.3560.32598.1
1.46-1.556.90.223.30.090.2380.2299.2
1.55-1.666.80.1584.30.0640.1710.15899.5
1.66-1.796.80.1215.40.050.1310.12199.8
1.79-1.966.80.0916.60.0370.0990.09199.9
1.96-2.196.70.0717.90.0290.0770.071100
2.19-2.536.60.0697.50.0290.0750.06999.9
2.53-3.16.30.0747.30.0320.0810.074100
3.1-4.386.10.0786.80.0340.0850.078100
4.38-52.756.20.06770.0290.0740.06799.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.03 Å30.36 Å
Translation5.03 Å30.36 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Solved using a previous poor-resolution unpublished structure, which, in turn, was solved using 2HDV as a model

2hdv


解像度: 1.386→30.365 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1678 972 5 %
Rwork0.1443 --
obs0.1455 19445 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.2 Å2 / Biso mean: 18.5265 Å2 / Biso min: 6.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.386→30.365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数885 0 44 125 1054
Biso mean--41.96 25.48 -
残基数----114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9751290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005167
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.148335
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.386-1.45910.22451340.1652546268098
1.4591-1.55050.19051360.12932579271599
1.5505-1.67020.1571360.12942592272899
1.6702-1.83830.17791390.126426272766100
1.8383-2.10420.14381390.125526522791100
2.1042-2.65080.16161410.145826712812100
2.6508-30.37230.171470.158828062953100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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