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- PDB-1tuj: Solution structure of the honey bee general odorant binding prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tuj
タイトルSolution structure of the honey bee general odorant binding protein ASP2 in complex with trimethylsilyl-d4 propionate
要素odorant binding protein ASP2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ALPHA HELIX / COMPLEX / TSP / ODORANT-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-TRIMETHYLSILYL-PROPIONATE-2,2,3,3,-D4 / Odorant binding protein ASP2
類似検索 - 構成要素
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法溶液NMR / automatic NOE assignment using ARIA, CNS
データ登録者Lescop, E. / Briand, L. / Pernollet, J.-C. / Guittet, E.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the honey bee general odorant binding protein ASP2 in complex with trimethylsilyl-d4 propionate
著者: Lescop, E. / Briand, L. / Pernollet, J.-C. / Guittet, E.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2001
タイトル: 1H, 13C and 15N chemical shift assignment of the honeybee odorant-binding protein ASP2
履歴
登録2004年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: odorant binding protein ASP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8632
ポリマ－13,7141
非ポリマー1491
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1see article

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要素

#1: タンパク質 odorant binding protein ASP2


分子量: 13713.742 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-123 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
遺伝子: ASP2 / プラスミド: pNatASP2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q9U9J5
#2: 化合物 ChemComp-TSD / 3-TRIMETHYLSILYL-PROPIONATE-2,2,3,3,-D4


分子量: 149.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9O2Si
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2223D 13C-separated NOESY
1332D NOESY
141HNHA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using classical triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM ASP2 U-15N; 30mM TSP; 0.1mM sodium azide; 100mM sodium phosphate buffer90% H2O/10% D2O
21mM ASP2 U-15N,U-13C; 30mM TSP; 0.1mM sodium azide; 100mM sodium phosphate buffer100% D2O
31mM ASP2 unlabelled; 30mM TSP; 0.1mM sodium azide; 100mM sodium phosphate buffer100% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16ambient 308 K
28ambient 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター製造業者: Bruker / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipe2.1Delaglio解析
NMRView5.0.4Johnsonデータ解析
CNS1.1Brunger構造決定
ARIA1.2Linge, Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, Nilges精密化
精密化手法: automatic NOE assignment using ARIA, CNS / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 2471 restraints, 2348 are NOE-derived distance constraints, 86 dihedral angle restraints, 37 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: see article
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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