PDB-5w2p: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w2p

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA in complex with 6U5

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / BETA KETOACYL SYNTHASE I /

LIPID SYNTHESIS (脂質代謝) /

FATTY ACID BIOSYNTHESIS (脂肪酸の合成)

機能・相同性

機能・相同性情報

meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Capodagli, G.C. / Neiditch, M.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: Synergistic Lethality of a Binary Inhibitor of Mycobacterium tuberculosis KasA.
著者: Kumar, P. / Capodagli, G.C. / Awasthi, D. / Shrestha, R. / Maharaja, K. / Sukheja, P. / Li, S.G. / Inoyama, D. / Zimmerman, M. / Ho Liang, H.P. / Sarathy, J. / Mina, M. / Rasic, G. / Russo, R. ...

履歴

登録	2017年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w2p.cif.gz	177.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w2p.ent.gz	138.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/5w2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/5w2p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5w2oC 5w2qC 5w2sC 4c6uS 2wgd 2wge 2wgf 2wgg 4c6v 4c6w 4c6x 4c6z 4c70 4c71 4c72 4c73 5ld8 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1j3n-d 3o04-2 1tqy-3 4c6x-d 6y2j-4 1tqy-4 4b7v-d 4c6u-1 2wgf-1 2vb8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (8) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.298, 77.298, 145.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-666- HOH
2	1	A-722- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / Beta-ketoacyl-ACP synthase 1 / KAS 1 分子量: 45788.625 Da / 分子数: 1 / 変異: M24V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman) (結核菌) 株: ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman / 遺伝子: kasA, ERDMAN_2470 発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: H8ESN0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

#1: タンパク質

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / Beta-ketoacyl-ACP synthase 1 / KAS 1

分子量: 45788.625 Da / 分子数: 1 / 変異: M24V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman) (結核菌)
株: ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman / 遺伝子: kasA, ERDMAN_2470
発現宿主:

Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: H8ESN0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

-
非ポリマー , 6種, 171分子

#2: 化合物	ChemComp-6U5 / ~{N}-(1-methylindazol-6-yl)butane-1-sulfonamide 分子量: 267.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇N₃O₂S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物	ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン / TCEP 分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅O₆P
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 200mM NaCl, 8% Isopropanol, 1mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride (TCEP HCl)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1808 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月25日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1808 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34892 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 1.191 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 219551

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	6.1	0.627	1732	0.831	0.266	0.686	1.123	99.3
2.03-2.07	6.2	0.483		0.879	0.204	0.528	1.12	98.9
2.07-2.11	6.2	0.434		0.884	0.183	0.474	1.147	97.7
2.11-2.15	6.2	0.36		0.931	0.151	0.393	1.173	97.8
2.15-2.2	6.2	0.292		0.947	0.122	0.319	1.182	99.8
2.2-2.25	6.3	0.271		0.952	0.114	0.296	1.228	98.3
2.25-2.31	6.3	0.216		0.968	0.09	0.235	1.256	98.8
2.31-2.37	6.3	0.174		0.981	0.072	0.189	1.253	99
2.37-2.44	6.2	0.153		0.984	0.064	0.167	1.289	99.7
2.44-2.52	6.3	0.123		0.99	0.051	0.134	1.314	99.5
2.52-2.61	6.3	0.099		0.994	0.041	0.108	1.236	99.5
2.61-2.71	6.3	0.089		0.994	0.037	0.097	1.217	99.6
2.71-2.84	6.3	0.073		0.995	0.03	0.08	1.247	99.3
2.84-2.99	6.3	0.065		0.995	0.027	0.07	1.325	99.4
2.99-3.17	6.4	0.053		0.996	0.022	0.058	1.289	99.4
3.17-3.42	6.4	0.041		0.997	0.017	0.044	1.314	98.9
3.42-3.76	6.5	0.034		0.998	0.014	0.037	1.2	99.3
3.76-4.31	6.4	0.03		0.999	0.013	0.032	1.066	99.5
4.31-5.43	6.4	0.027		0.999	0.011	0.029	0.958	98.3
5.43-50	6.2	0.026		0.999	0.011	0.029	0.9	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4C6U

4c6u

解像度: 2→39.224 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1856	1989	5.71 %
R_work	0.1573	-	-
obs	0.1589	34833	98.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.02 Å² / B_iso mean: 41.7764 Å² / B_iso min: 21.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→39.224 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3024	0	71	163	3258
B_iso mean	-	-	57	42.7	-
残基数	-	-	-	-	414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3164
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.821	4300
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	569
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.968	2539

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.983-2.0326	0.2307	120	0.2011	1988	2108	85
2.0326-2.0876	0.2149	144	0.1867	2317	2461	98
2.0876-2.149	0.2066	140	0.179	2318	2458	98
2.149-2.2184	0.2194	143	0.1783	2315	2458	99
2.2184-2.2976	0.2292	142	0.1764	2327	2469	99
2.2976-2.3896	0.2356	144	0.1772	2356	2500	99
2.3896-2.4984	0.2325	145	0.1784	2381	2526	99
2.4984-2.63	0.209	143	0.1799	2345	2488	100
2.63-2.7948	0.2093	147	0.1798	2380	2527	99
2.7948-3.0105	0.2068	142	0.1747	2356	2498	99
3.0105-3.3133	0.2148	145	0.1702	2391	2536	99
3.3133-3.7924	0.1808	143	0.152	2402	2545	99
3.7924-4.7767	0.1401	141	0.1264	2423	2564	99
4.7767-39.2312	0.1547	150	0.1422	2545	2695	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7878	-0.177	0.1835	0.2394	-0.2799	1.0447	0.3646	0.0561	0.133	-0.0672	-0.1619	0.2106	0.3237	-0.1174	0.0892	0.2894	-0.0804	-0.0039	0.2092	0.0017	0.4825	22.486	-13.6304	-16.5889
2	0.1222	-0.0422	0.111	0.0288	-0.039	0.0739	0.1923	0.224	-0.51	0.4371	-0.0157	0.0471	0.3692	0.3201	0.004	0.4847	-0.0771	-0.0122	0.2344	0.0615	0.3403	36.2138	-23.337	-5.5671
3	0.0046	-0.0211	-0.0274	0.0517	0.0476	0.0495	0.0885	0.198	0.032	0.0945	-0.1273	-0.2214	0.429	0.391	-0.0036	0.3927	0.0032	-0.1092	0.5345	0.2034	0.6198	58.0962	-13.6875	-7.8903
4	0.2606	-0.0774	-0.1412	0.1424	0.2333	0.3355	0.223	-0.1905	-0.3302	0.5189	-0.2911	-0.5817	0.2511	0.3351	-0.1752	0.4429	-0.0724	-0.1554	0.4076	0.1066	0.3904	53.9105	-11.3642	-6.9111
5	0.1939	0.2096	0.1862	0.2077	0.2484	0.2311	0.1258	0.1712	-0.022	-0.2148	-0.3732	-0.1496	0.5819	0.169	-0.0143	0.4945	0.1608	0.0384	0.3318	0.0516	0.3241	48.3947	-18.6862	-26.9764
6	0.341	0.1451	-0.5658	0.2122	-0.4528	1.2399	0.2712	-0.1819	-0.0202	-0.455	-0.4902	0.0977	0.8601	0.679	-0.1326	0.5465	0.0544	-0.0681	-0.0104	-0.0836	0.2948	34.1732	-21.3324	-25.8942
7	0.1479	-0.0296	-0.2249	0.4891	-0.3076	0.2799	0.1518	-0.0563	0.0418	-0.2796	-0.2235	0.0855	0.1457	0.0152	-0.01	0.3379	0.0302	-0.0785	0.2213	-0.0365	0.2958	34.8352	-9.5084	-28.3029
8	0.0322	-0.0187	-0.032	0.0685	-0.0366	0.0224	0.3422	-0.0866	-0.6624	0.1158	0.0782	-0.5604	-0.0104	0.4154	0.0078	0.4542	0.0291	-0.0209	0.5828	0.1245	0.6352	59.8326	-2.8162	-33.9874
9	0.2996	0.1237	0.0191	1.759	-0.574	0.411	0.1393	-0.0167	0.05	-0.1486	-0.1649	0.1471	0.1702	-0.008	0.0139	0.3141	0.0281	-0.0314	0.183	-0.0323	0.252	33.2786	-7.7946	-26.219
10	0.3174	0.0154	-0.2404	0.064	-0.0228	0.0998	0.1991	-0.0829	0.2338	0.437	-0.0409	-0.4316	-0.0166	0.0129	0.0082	0.5178	-0.1671	-0.0894	0.3663	0.0436	0.4115	50.7083	-3.0253	-5.2839
11	0.213	-0.1195	0.0517	0.3581	-0.0178	0.0132	-0.0276	-0.1939	-0.0362	0.1225	-0.2794	-0.1639	0.0064	0.2554	-0.2226	0.9834	-0.2691	-0.3539	0.5992	0.2825	0.1877	48.7649	-15.0402	5.1328
12	0.6213	-0.0073	-0.0378	1.277	-0.8691	0.458	0.2488	-0.0652	-0.1703	0.4983	-0.2051	0.1251	0.0842	0.0983	0.0255	0.4413	-0.1073	0.0108	0.2743	-0.0045	0.2701	36.0735	-10.533	-6.3684
13	0.172	-0.1589	0.0898	0.1973	-0.12	0.0583	0.0999	-0.1897	-0.4571	-0.2607	0.1092	1.0068	0.291	-0.3077	0.2668	0.459	-0.1792	-0.159	0.2815	-0.0679	0.6959	16.5702	-21.6113	-21.273
14	0.0666	-0.0876	0.1834	0.2785	-0.4188	0.3248	0.1176	-0.0962	0.0072	0.5906	-0.0662	0.3304	-0.2063	0.0748	0.0041	0.4863	-0.0908	0.1165	0.2561	-0.0603	0.2888	29.3791	5.0341	-8.3992
15	0.0062	0.0116	0.0218	0.0091	0.0037	0.0052	0.1131	-0.2228	0.3014	0.4723	-0.1345	0.3535	-0.1799	-0.178	0	0.4298	-0.0187	0.205	0.2939	-0.0157	0.5266	18.6796	0.6064	-9.2659
16	0.2684	-0.008	-0.083	0.2637	-0.2012	0.4069	0.2559	-0.1741	0.1061	0.8995	-0.173	0.3962	-0.0351	-0.0422	0.0631	0.5798	-0.1351	0.1611	0.2703	-0.0144	0.3706	26.3403	-4.1487	-2.1876
17	0.0052	0.0006	-0.0152	0.0167	-0.0077	0.0075	0.1108	-0.3256	0.2271	0.2381	0.1141	0.3099	-0.1875	-0.2075	0	0.6288	-0.0834	0.2507	0.3162	-0.0867	0.4797	21.3662	-1.2564	2.6378
18	0.1382	-0.0884	0.2104	0.1745	-0.1985	0.1445	0.1991	-0.1995	0.0292	0.3368	-0.1348	0.1989	0.0037	0.1293	-0.005	0.4368	-0.1174	0.0381	0.2364	0.0086	0.2843	31.1712	-14.553	-6.2576
19	0.1615	0.0658	-0.0167	0.4519	0.292	0.2241	0.2592	-0.486	0.0857	0.7956	-0.1733	-0.0089	0.0235	-0.1359	0.0415	0.9903	-0.2183	0.0978	0.374	0.0182	0.3127	34.9093	-7.5642	9.4362
20	0.2332	-0.2665	0.1846	0.4592	0.0294	0.5382	0.1562	-0.1107	-0.0116	0.4636	-0.0925	0.3992	-0.0469	-0.1531	-0.0891	0.459	-0.1616	0.1412	0.2188	-0.0007	0.3445	25.0345	-10.8745	-4.2233

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:27)	A	3 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 28:43)	A	28 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 44:53)	A	44 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 54:65)	A	54 - 65
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 66:83)	A	66 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 84:102)	A	84 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 103:122)	A	103 - 122
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 123:136)	A	123 - 136
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 137:202)	A	137 - 202
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 203:220)	A	203 - 220
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 221:225)	A	221 - 225
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 226:251)	A	226 - 251
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 252:264)	A	252 - 264
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 265:288)	A	265 - 288
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 289:296)	A	289 - 296
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 297:325)	A	297 - 325
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 326:333)	A	326 - 333
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 334:369)	A	334 - 369
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 370:381)	A	370 - 381
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 382:416)	A	382 - 416

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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