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万見
- PDB-5w1m: MACV GP1 CR1-07 Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w1m
タイトルMACV GP1 CR1-07 Fab complex
要素
  • CR1-07 Fab heavy chain
  • CR1-07 Fab light chain
  • Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fab / antibody / Machupo virus / arenavirus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / blood microparticle / immune response ...host cell Golgi membrane / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / blood microparticle / immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Immunoblobulin light chain / Ig-like domain-containing protein / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Machupo virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.91 Å
データ登録者Raymond, D.D. / Clark, L.E. / Abraham, J.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI007061 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI109740 米国
Other privateBurroughs Wellcome 米国
Other privateWilliam Randolph Hearst Foundation and Brigham and Womens Hospital 米国
Other privateHarvard Medical School DICP 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Vaccine-elicited receptor-binding site antibodies neutralize two New World hemorrhagic fever arenaviruses.
著者: Clark, L.E. / Mahmutovic, S. / Raymond, D.D. / Dilanyan, T. / Koma, T. / Manning, J.T. / Shankar, S. / Levis, S.C. / Briggiler, A.M. / Enria, D.A. / Wucherpfennig, K.W. / Paessler, S. / Abraham, J.
履歴
登録2017年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CR1-07 Fab light chain
B: CR1-07 Fab heavy chain
C: CR1-07 Fab light chain
D: CR1-07 Fab heavy chain
E: CR1-07 Fab light chain
F: CR1-07 Fab heavy chain
G: CR1-07 Fab light chain
H: CR1-07 Fab heavy chain
Q: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
R: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
S: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
T: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,98117
ポリマ－264,14412
非ポリマー1,8375
水00
1
A: CR1-07 Fab light chain
B: CR1-07 Fab heavy chain
R: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4604
ポリマ－66,0363
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CR1-07 Fab light chain
D: CR1-07 Fab heavy chain
T: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2574
ポリマ－66,0363
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: CR1-07 Fab light chain
F: CR1-07 Fab heavy chain
Q: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6415
ポリマ－66,0363
非ポリマー6052
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: CR1-07 Fab light chain
H: CR1-07 Fab heavy chain
S: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6234
ポリマ－66,0363
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.970, 206.970, 238.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 QRST

#3: タンパク質
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / MACV GP1


分子量: 17454.875 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 87-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Machupo virus (ウイルス) / 遺伝子: GPC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8AZ57

-
抗体 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: 抗体
CR1-07 Fab light chain


分子量: 24289.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0KKI6
#2: 抗体
CR1-07 Fab heavy chain


分子量: 24291.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6N089

-
糖 , 4種, 5分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.74 %
結晶化温度: 297 K / 手法: batch mode / pH: 5.5 / 詳細: 1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.91→49.12 Å / Num. obs: 46832 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8.073 % / Biso Wilson estimate: 145.49 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.329 / Rrim(I) all: 0.351 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 7.72 / Num. measured all: 378092 / Scaling rejects: 193
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.91-4.158.1168.380.5259863762173760.2158.9496.8
4.15-4.438.2492.6251.2557007693769110.4952.79799.6
4.43-4.788.2381.5322.1553993658165540.7511.63399.6
4.78-5.248.1980.8713.4950412617361490.8810.92999.6
5.24-5.848.1660.6524.4244300546454250.9220.69699.3
5.84-6.738.0950.4276.3139740494349090.9570.45699.3
6.73-8.217.9470.17212.9233344423741960.9930.18499
8.21-11.457.5430.04733.424884334132990.9990.0598.7
11.45-49.127.2280.02946.8914549209320130.9990.03196.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WFO

2wfo


解像度: 3.91→49.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.424 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.636
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2332 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.249 46614 98.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 108.13 Å2 / Biso mean: 33.45 Å2 / Biso min: 11.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--28.4685 Å20 Å20 Å2
2---28.4685 Å20 Å2
3---56.937 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.81 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.91→49.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18299 0 120 0 18419
Biso mean--30 --
残基数----2360
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6391SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3163HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18911HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2438SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20068SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d18911HARMONIC20.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg25686HARMONIC21.33
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.05
LS精密化 シェル解像度: 3.91→4.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 153 5.03 %
Rwork0.2586 2888 -
all0.2586 3041 -
obs--88.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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