PDB-5w1g: CR1-07 unliganded Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w1g

タイトル

CR1-07 unliganded Fab

要素

CR1-07 Fab heavy chain
CR1-07 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / antibody / Machupo virus / Junin virus / arenavirus

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Raymond, D.D. / Clark, L.E. / Abraham, J.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	AI007061	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	AI109740	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	DP5OD023084	米国
Other private		米国
Other private		米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Vaccine-elicited receptor-binding site antibodies neutralize two New World hemorrhagic fever arenaviruses.
著者: Clark, L.E. / Mahmutovic, S. / Raymond, D.D. / Dilanyan, T. / Koma, T. / Manning, J.T. / Shankar, S. / Levis, S.C. / Briggiler, A.M. / Enria, D.A. / Wucherpfennig, K.W. / Paessler, S. / Abraham, J.

履歴

登録	2017年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w1g.cif.gz	256.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w1g.ent.gz	220.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5w1g_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w1g_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	5w1g_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	5w1g_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5w1kC 5w1mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pw1-d 3hzy-d 3ggw-2 4glr-1 3ikc-2 4xcf-d 1clz-d 4m6o-d 1q9o-2 3ijh-1 3hzv-d 2g5b-1 6q1e-d 6l8t-3 5mub-3 4npy-2 6vl8-4 2r2b-d 3okl-d 2g5b-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: CR1-07 Fab heavy chain

L: CR1-07 Fab light chain

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.770, 137.410, 78.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 148.660, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-326- HOH
2	1	H-414- HOH
3	1	L-404- HOH

#1: 抗体	CR1-07 Fab heavy chain 分子量: 24016.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CR1-07 Fab light chain 分子量: 24392.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 詳細: 19% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550, MES pH 6.5 and, 10 mM zinc sulfate heptahydrate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→44.214 Å / Num. obs: 32753 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.48 % / B_iso Wilson estimate: 34.11 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_rim(I) all: 0.138 / Χ²: 0.945 / Net I/σ(I): 9.57 / Num. measured all: 146726

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.12	4.57	1.022	1.65	23888	5416	5227	0.646	1.161	96.5
2.12-2.26	4.498	0.733	2.46	21591	4943	4800	0.753	0.835	97.1
2.26-2.44	4.31	0.474	3.77	20008	4830	4642	0.872	0.543	96.1
2.44-2.68	4.625	0.276	6.45	20507	4562	4434	0.959	0.313	97.2
2.68-2.99	4.466	0.145	10.47	16919	3948	3788	0.985	0.165	95.9
2.99-3.45	4.386	0.084	16.19	14946	3560	3408	0.994	0.096	95.7
3.45-4.22	4.513	0.067	20.9	13145	3016	2913	0.995	0.076	96.6
4.22-5.94	4.417	0.056	25.05	9996	2371	2263	0.996	0.063	95.4
5.94-44.214	4.48	0.053	27.06	5726	1371	1278	0.996	0.061	93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ収集
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→44.214 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2815	1638	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2308	31079	-	-
obs	0.2333	32717	97.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 197.21 Å² / B_iso mean: 53.0813 Å² / B_iso min: 18.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→44.214 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3378	0	0	223	3601
B_iso mean	-	-	-	44.87	-
残基数	-	-	-	-	441

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0002-2.059	0.439	134	0.4084	2545	2679	96
2.059-2.1255	0.4021	139	0.3453	2630	2769	99
2.1255-2.2014	0.3912	135	0.3449	2559	2694	99
2.2014-2.2896	0.3581	136	0.3325	2590	2726	98
2.2896-2.3938	0.3705	134	0.3116	2535	2669	97
2.3938-2.52	0.3411	138	0.297	2618	2756	99
2.52-2.6778	0.3345	137	0.2701	2619	2756	98
2.6778-2.8846	0.3166	136	0.2478	2566	2702	98
2.8846-3.1748	0.2989	135	0.2327	2567	2702	96
3.1748-3.634	0.2542	137	0.2008	2605	2742	99
3.634-4.5777	0.2133	137	0.1625	2595	2732	98
4.5777-44.2248	0.2105	140	0.1803	2650	2790	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1833	0.6952	0.3278	2.3449	-0.3149	1.8444	0.0446	-0.016	-0.2209	0.4102	0.0775	-0.0284	0.1493	0.5241	-0.032	0.3749	0.0528	-0.0201	0.2916	-0.0454	0.3423	34.4834	16.5369	23.1806
2	1.3047	-2.0184	-0.8218	4.0986	-0.3532	3.4431	0.0557	0.0876	-0.1236	-0.1009	-0.1169	0.3003	0.5	-0.7613	0.1198	0.3698	-0.0344	0.0138	0.281	-0.033	0.2884	21.3914	14.9336	18.6402
3	2.0009	0.5717	-0.2613	2.0539	-0.6938	1.9294	0.1004	-0.1109	-0.0858	0.4337	-0.0343	0.0585	-0.0524	0.2325	-0.0115	0.3655	0.0377	0.0174	0.2646	-0.0373	0.222	30.1304	23.3428	27.3414
4	1.185	1.3942	-0.2544	4.9201	-2.3101	2.5236	0.1978	-0.09	-0.1642	0.1225	-0.1221	0.3368	0.2651	0.2274	-0.1311	0.3455	0.0407	0.0093	0.2726	-0.0564	0.2658	26.0898	14.3707	21.125
5	1.1135	0.5482	-0.2804	1.694	-0.4619	1.2011	-0.0037	0.0065	-0.0352	0.0416	-0.0557	0.112	-0.0158	0.2108	0.0693	0.22	-0.0225	0.0272	0.2415	-0.0386	0.241	30.741	22.8695	15.1033
6	3.375	-3.851	-2.1706	8.0425	1.2493	3.9119	-0.4141	0.2807	-0.3069	0.7267	-0.0314	0.6213	-0.5069	-0.155	0.3022	0.3311	0.0148	-0.087	0.3001	-0.0042	0.3368	27.3579	-7.3788	29.95
7	2.7381	0.0304	-2.593	1.6969	-0.4536	2.5717	0.2983	0.1288	0.1943	-0.4863	0.4485	0.2031	0.2367	0.5344	-0.6005	0.3933	0.0287	0.0034	0.4107	0.0147	0.289	32.7815	-19.9501	11.3124
8	1.4705	-0.1658	-0.2047	1.3347	0.3368	1.8525	-0.219	-0.0309	0.0184	-0.0201	0.0964	-0.1282	-0.0889	0.16	0.156	0.3098	-0.0212	-0.0077	0.2487	-0.0049	0.2557	32.8081	-11.3829	14.7454
9	0.3583	0.2156	0.6088	2.8745	1.3783	1.5227	-0.0522	-0.0939	0.0733	-0.1671	-0.0132	-0.3918	-0.339	0.5112	0.0612	0.3883	-0.0241	-0.045	0.3903	0.0026	0.3031	37.0068	-6.3741	25.8126
10	0.6122	0.5328	0.8307	4.9587	4.5654	4.4105	0.1384	-0.3785	-0.1968	0.3303	0.084	-0.2984	0.7429	-0.3019	-0.1631	0.4367	-0.0649	-0.0008	0.5168	0.038	0.2678	37.9567	-25.5788	13.6306
11	2.0523	-1.08	-0.6907	6.9811	4.2943	4.2178	-0.0728	-0.1385	-0.2279	-0.1129	0.0603	-0.0161	0.5121	-0.1445	0.1363	0.3479	-0.1025	-0.0281	0.3051	0.0619	0.2606	13.1384	14.5193	5.2948
12	2.8411	-2.2125	-2.4418	3.5102	2.7929	4.2911	0.38	0.4392	-0.0591	-0.2237	-0.3351	-0.1085	-0.0455	-0.4067	-0.0235	0.3716	0.0631	-0.0484	0.3334	0.014	0.2845	15.643	15.3964	-2.4646
13	2.0661	3.6322	-0.8894	6.5309	-1.6146	0.4049	0.0356	-0.0462	0.402	0.2592	-0.0523	0.1464	-0.6145	0.0624	-0.0876	0.5332	-0.0064	0.0888	0.2789	0.0014	0.3879	18.5984	37.5007	3.6553
14	4.2758	0.826	-0.5994	4.0887	-0.3313	2.7713	0.3847	0.0878	0.2867	0.1685	-0.1474	-0.2588	0.283	0.4152	-0.1291	0.2599	0.0592	-0.0019	0.2708	-0.0419	0.1807	26.4094	18.3257	5.3991
15	1.7852	-0.6507	-0.176	2.5655	0.4782	1.8582	0.1414	-0.0874	-0.2392	-0.2183	0.1413	-0.1096	-0.0609	0.1404	-0.2301	0.2407	0.0063	0.0029	0.3543	-0.0127	0.3341	23.0976	20.3927	-3.7596
16	1.4287	-0.5905	-0.5075	3.5199	2.1754	3.3497	0.1838	0.0613	-0.069	0.1119	0.0171	-0.029	0.342	0.0962	-0.1416	0.2542	0.0334	-0.0024	0.247	0.0008	0.2735	20.9372	16.1292	6.1061
17	2.2954	1.8024	-0.7865	2.3934	0.5624	1.6939	-0.0133	0.4055	0.0401	-0.305	0.0234	-0.2449	-0.1517	-0.117	0.0543	0.459	0.0019	0.0338	0.3068	0.0058	0.2194	22.1683	-8.6035	-5.2925
18	1.984	0.0514	-0.4467	2.7562	-1.7567	4.672	-0.158	-0.3465	-0.025	0.288	-0.1093	0.2362	-0.4745	0.1427	0.1134	0.2947	0.0779	0.0321	0.3296	0.0276	0.2948	26.3879	-23.039	17.3388
19	1.2443	0.6753	-0.1977	3.0703	-1.1843	2.7074	-0.1675	-0.0921	0.016	-0.2108	0.0773	0.3239	-0.2278	-0.3663	0.0652	0.3198	0.0306	0.0088	0.3676	-0.0225	0.3257	16.6793	-14.8944	7.1702
20	0.6454	-0.0473	0.3312	1.9147	-1.2668	2.8093	0.019	-0.1648	0.0095	0.0495	0.0147	0.1461	0.0523	-0.0205	-0.0043	0.2533	0.0334	0.0258	0.2977	0.005	0.2329	20.1218	-21.3968	8.3613

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain H and resid 2:36)	H	2 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain H and resid 37:49)	H	37 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain H and resid 50:87)	H	50 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain H and resid 88:99)	H	88 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain H and resid 100:122)	H	100 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain H and resid 123:132)	H	123 - 132
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain H and resid 133:152)	H	133 - 152
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain H and resid 153:209)	H	153 - 209
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain H and resid 210:219)	H	210 - 219
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain H and resid 220:227)	H	220 - 227
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain L and resid 1:13)	L	1 - 13
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain L and resid 14:27)	L	14 - 27
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain L and resid 28:39)	L	28 - 39
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain L and resid 40:58)	L	40 - 58
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain L and resid 59:86)	L	59 - 86
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain L and resid 87:113)	L	87 - 113
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain L and resid 114:123)	L	114 - 123
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain L and resid 124:143)	L	124 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain L and resid 144:174)	L	144 - 174
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain L and resid 175:221)	L	175 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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