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万見
- PDB-5w1g: CR1-07 unliganded Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w1g
タイトルCR1-07 unliganded Fab
要素
  • CR1-07 Fab heavy chain
  • CR1-07 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / antibody / Machupo virus / Junin virus / arenavirus
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Raymond, D.D. / Clark, L.E. / Abraham, J.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI007061 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI109740 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP5OD023084 米国
Other private 米国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Vaccine-elicited receptor-binding site antibodies neutralize two New World hemorrhagic fever arenaviruses.
著者: Clark, L.E. / Mahmutovic, S. / Raymond, D.D. / Dilanyan, T. / Koma, T. / Manning, J.T. / Shankar, S. / Levis, S.C. / Briggiler, A.M. / Enria, D.A. / Wucherpfennig, K.W. / Paessler, S. / Abraham, J.
履歴
登録2017年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CR1-07 Fab heavy chain
L: CR1-07 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4092
ポリマ－48,4092
非ポリマー00
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.770, 137.410, 78.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 148.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-326-

HOH

21H-414-

HOH

31L-404-

HOH

-
要素

#1: 抗体 CR1-07 Fab heavy chain


分子量: 24016.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CR1-07 Fab light chain


分子量: 24392.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.5
詳細: 19% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550, MES pH 6.5 and, 10 mM zinc sulfate heptahydrate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.214 Å / Num. obs: 32753 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.48 % / Biso Wilson estimate: 34.11 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 9.57 / Num. measured all: 146726
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.124.571.0221.6523888541652270.6461.16196.5
2.12-2.264.4980.7332.4621591494348000.7530.83597.1
2.26-2.444.310.4743.7720008483046420.8720.54396.1
2.44-2.684.6250.2766.4520507456244340.9590.31397.2
2.68-2.994.4660.14510.4716919394837880.9850.16595.9
2.99-3.454.3860.08416.1914946356034080.9940.09695.7
3.45-4.224.5130.06720.913145301629130.9950.07696.6
4.22-5.944.4170.05625.059996237122630.9960.06395.4
5.94-44.2144.480.05327.065726137112780.9960.06193.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ収集
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→44.214 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2815 1638 5.01 %RANDOM
Rwork0.2308 31079 --
obs0.2333 32717 97.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 197.21 Å2 / Biso mean: 53.0813 Å2 / Biso min: 18.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→44.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3378 0 0 223 3601
Biso mean---44.87 -
残基数----441
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0002-2.0590.4391340.40842545267996
2.059-2.12550.40211390.34532630276999
2.1255-2.20140.39121350.34492559269499
2.2014-2.28960.35811360.33252590272698
2.2896-2.39380.37051340.31162535266997
2.3938-2.520.34111380.2972618275699
2.52-2.67780.33451370.27012619275698
2.6778-2.88460.31661360.24782566270298
2.8846-3.17480.29891350.23272567270296
3.1748-3.6340.25421370.20082605274299
3.634-4.57770.21331370.16252595273298
4.5777-44.22480.21051400.18032650279099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18330.69520.32782.3449-0.31491.84440.0446-0.016-0.22090.41020.0775-0.02840.14930.5241-0.0320.37490.0528-0.02010.2916-0.04540.342334.483416.536923.1806
21.3047-2.0184-0.82184.0986-0.35323.44310.05570.0876-0.1236-0.1009-0.11690.30030.5-0.76130.11980.3698-0.03440.01380.281-0.0330.288421.391414.933618.6402
32.00090.5717-0.26132.0539-0.69381.92940.1004-0.1109-0.08580.4337-0.03430.0585-0.05240.2325-0.01150.36550.03770.01740.2646-0.03730.22230.130423.342827.3414
41.1851.3942-0.25444.9201-2.31012.52360.1978-0.09-0.16420.1225-0.12210.33680.26510.2274-0.13110.34550.04070.00930.2726-0.05640.265826.089814.370721.125
51.11350.5482-0.28041.694-0.46191.2011-0.00370.0065-0.03520.0416-0.05570.112-0.01580.21080.06930.22-0.02250.02720.2415-0.03860.24130.74122.869515.1033
63.375-3.851-2.17068.04251.24933.9119-0.41410.2807-0.30690.7267-0.03140.6213-0.5069-0.1550.30220.33110.0148-0.0870.3001-0.00420.336827.3579-7.378829.95
72.73810.0304-2.5931.6969-0.45362.57170.29830.12880.1943-0.48630.44850.20310.23670.5344-0.60050.39330.02870.00340.41070.01470.28932.7815-19.950111.3124
81.4705-0.1658-0.20471.33470.33681.8525-0.219-0.03090.0184-0.02010.0964-0.1282-0.08890.160.1560.3098-0.0212-0.00770.2487-0.00490.255732.8081-11.382914.7454
90.35830.21560.60882.87451.37831.5227-0.0522-0.09390.0733-0.1671-0.0132-0.3918-0.3390.51120.06120.3883-0.0241-0.0450.39030.00260.303137.0068-6.374125.8126
100.61220.53280.83074.95874.56544.41050.1384-0.3785-0.19680.33030.084-0.29840.7429-0.3019-0.16310.4367-0.0649-0.00080.51680.0380.267837.9567-25.578813.6306
112.0523-1.08-0.69076.98114.29434.2178-0.0728-0.1385-0.2279-0.11290.0603-0.01610.5121-0.14450.13630.3479-0.1025-0.02810.30510.06190.260613.138414.51935.2948
122.8411-2.2125-2.44183.51022.79294.29110.380.4392-0.0591-0.2237-0.3351-0.1085-0.0455-0.4067-0.02350.37160.0631-0.04840.33340.0140.284515.64315.3964-2.4646
132.06613.6322-0.88946.5309-1.61460.40490.0356-0.04620.4020.2592-0.05230.1464-0.61450.0624-0.08760.5332-0.00640.08880.27890.00140.387918.598437.50073.6553
144.27580.826-0.59944.0887-0.33132.77130.38470.08780.28670.1685-0.1474-0.25880.2830.4152-0.12910.25990.0592-0.00190.2708-0.04190.180726.409418.32575.3991
151.7852-0.6507-0.1762.56550.47821.85820.1414-0.0874-0.2392-0.21830.1413-0.1096-0.06090.1404-0.23010.24070.00630.00290.3543-0.01270.334123.097620.3927-3.7596
161.4287-0.5905-0.50753.51992.17543.34970.18380.0613-0.0690.11190.0171-0.0290.3420.0962-0.14160.25420.0334-0.00240.2470.00080.273520.937216.12926.1061
172.29541.8024-0.78652.39340.56241.6939-0.01330.40550.0401-0.3050.0234-0.2449-0.1517-0.1170.05430.4590.00190.03380.30680.00580.219422.1683-8.6035-5.2925
181.9840.0514-0.44672.7562-1.75674.672-0.158-0.3465-0.0250.288-0.10930.2362-0.47450.14270.11340.29470.07790.03210.32960.02760.294826.3879-23.03917.3388
191.24430.6753-0.19773.0703-1.18432.7074-0.1675-0.09210.016-0.21080.07730.3239-0.2278-0.36630.06520.31980.03060.00880.3676-0.02250.325716.6793-14.89447.1702
200.6454-0.04730.33121.9147-1.26682.80930.019-0.16480.00950.04950.01470.14610.0523-0.0205-0.00430.25330.03340.02580.29770.0050.232920.1218-21.39688.3613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 2:36)H2 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 37:49)H37 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resid 50:87)H50 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4(chain H and resid 88:99)H88 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5(chain H and resid 100:122)H100 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6(chain H and resid 123:132)H123 - 132
7X-RAY DIFFRACTION7(chain H and resid 133:152)H133 - 152
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resid 153:209)H153 - 209
9X-RAY DIFFRACTION9(chain H and resid 210:219)H210 - 219
10X-RAY DIFFRACTION10(chain H and resid 220:227)H220 - 227
11X-RAY DIFFRACTION11(chain L and resid 1:13)L1 - 13
12X-RAY DIFFRACTION12(chain L and resid 14:27)L14 - 27
13X-RAY DIFFRACTION13(chain L and resid 28:39)L28 - 39
14X-RAY DIFFRACTION14(chain L and resid 40:58)L40 - 58
15X-RAY DIFFRACTION15(chain L and resid 59:86)L59 - 86
16X-RAY DIFFRACTION16(chain L and resid 87:113)L87 - 113
17X-RAY DIFFRACTION17(chain L and resid 114:123)L114 - 123
18X-RAY DIFFRACTION18(chain L and resid 124:143)L124 - 143
19X-RAY DIFFRACTION19(chain L and resid 144:174)L144 - 174
20X-RAY DIFFRACTION20(chain L and resid 175:221)L175 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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