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- PDB-5vwy: Bak core latch dimer in complex with Bim-h3Pc-RT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vwy
タイトルBak core latch dimer in complex with Bim-h3Pc-RT
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • Bcl-2-like protein 11
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 Family / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


dynorphin receptor activity / neuropeptide binding / neuropeptide signaling pathway / sensory perception of pain / toxin activity / neuron projection / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
T-superfamily conotoxin / chi-Conotoxin or t superfamily / Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Kappa-type opioid receptor / Chi-conotoxin PnID
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.555 Å
データ登録者Brouwer, J.M. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1058331 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1113133 オーストラリア
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Conversion of Bim-BH3 from Activator to Inhibitor of Bak through Structure-Based Design.
著者: Brouwer, J.M. / Lan, P. / Cowan, A.D. / Bernardini, J.P. / Birkinshaw, R.W. / van Delft, M.F. / Sleebs, B.E. / Robin, A.Y. / Wardak, A. / Tan, I.K. / Reljic, B. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / ...著者: Brouwer, J.M. / Lan, P. / Cowan, A.D. / Bernardini, J.P. / Birkinshaw, R.W. / van Delft, M.F. / Sleebs, B.E. / Robin, A.Y. / Wardak, A. / Tan, I.K. / Reljic, B. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / Call, M.J. / Smith, B.J. / Dewson, G. / Lessene, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3743
ポリマ－22,2792
非ポリマー951
水2,486138
1
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7486
ポリマ－44,5584
非ポリマー1902
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area12040 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area16690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.890, 37.540, 69.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 19037.320 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-186 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3241.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 141-166 / 変異: W147R, Y163T / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 15.8 % PEG 8000, 50 mM potassium dihydrogen phosphate, and 22.7 % glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.555→32.45 Å / Num. obs: 21962 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06555 / Net I/σ(I): 13.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.555→32.45 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1998 9.1 %
Rwork0.175 --
obs0.1787 21962 93.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.555→32.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1452 0 5 138 1595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1382021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.434871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5554-1.59430.4062990.3663991X-RAY DIFFRACTION65
1.5943-1.63740.35811110.3041086X-RAY DIFFRACTION72
1.6374-1.68550.26111450.25631401X-RAY DIFFRACTION94
1.6855-1.73990.27971450.23871484X-RAY DIFFRACTION97
1.7399-1.80210.29091440.2241462X-RAY DIFFRACTION96
1.8021-1.87430.22471460.20241457X-RAY DIFFRACTION96
1.8743-1.95960.22391500.20561472X-RAY DIFFRACTION98
1.9596-2.06290.23731460.17831493X-RAY DIFFRACTION98
2.0629-2.19210.19281450.1611510X-RAY DIFFRACTION98
2.1921-2.36130.19671540.16381492X-RAY DIFFRACTION98
2.3613-2.59880.21181440.15861497X-RAY DIFFRACTION99
2.5988-2.97470.21031540.16171509X-RAY DIFFRACTION99
2.9747-3.74690.19251530.15451541X-RAY DIFFRACTION99
3.7469-32.45660.19841620.15661569X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7982-1.1475-0.31352.45293.2265.4198-0.1376-0.026-0.11810.49720.201-0.36140.2630.5202-0.13560.11650.0079-0.00940.16180.01260.1208-4.292813.732214.7633
26.6098-4.92793.68423.6895-2.70153.8532-0.71060.17150.80931.28960.2778-0.5455-0.73150.22350.46960.58410.0131-0.1020.4313-0.03110.3182-7.884624.566125.1403
34.8315-4.3843.71614.3033-2.1867.2099-0.4058-0.7772-0.21530.94091.0696-0.99422.09672.8889-0.58360.61680.2469-0.23260.7747-0.0791.09112.837617.453118.9594
44.4028-4.34650.29997.4808-2.03964.26080.04510.08430.6037-0.1238-0.1155-0.7991-0.22560.45680.01530.1172-0.04180.01280.17720.01290.1828-3.545819.27518.3108
58.88752.5956-5.96216.2799-4.52787.41090.2738-0.33760.50780.3736-0.01880.2686-0.5450.0287-0.30850.20650.0418-0.01570.1456-0.05090.1666-22.173122.823316.3912
64.62590.410.69483.77282.63992.04170.0768-0.6179-0.22730.6530.0290.07980.6519-0.3264-0.10780.22150.00370.02930.18850.03030.1689-21.0197.253322.5959
77.7353-0.66832.69193.7992.53553.02210.00880.0414-0.17090.0922-0.0043-0.01650.3037-0.28430.01540.1017-0.01060.00930.0754-0.01990.1113-20.04275.94795.5355
82.04430.95351.3491.86751.60889.04570.0762-0.27660.00030.1873-0.10220.0002-0.3051-0.16120.05740.09840.00340.00990.09190.0110.1041-14.756515.804917.4693
92.3442-1.65380.93686.4443-3.91543.52610.13430.3824-0.0811-1.05070.05960.2330.6543-0.1835-0.2220.2976-0.0545-0.02940.2042-0.03760.1567-12.29298.007443.4933
103.2714-0.478-0.767.31712.63853.370.1142-0.3082-0.11340.3393-0.17660.02690.1697-0.26250.07990.1116-0.03390.00940.19750.04710.0956-13.70158.471663.2936
119.12563.2213-6.55493.4736-3.00316.56430.0399-0.0869-0.06440.0199-0.01870.18130.1024-0.1793-0.04360.10220.0018-0.03370.08340.00970.1078-23.425215.45259.178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 82 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 83 through 100 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 101 through 118 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 119 through 124 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 125 through 144 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 145 through 164 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 165 through 186 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 141 through 165 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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