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- PDB-5vwv: Bak core latch dimer in complex with Bim-BH3 - Cubic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vwv
タイトルBak core latch dimer in complex with Bim-BH3 - Cubic
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • Bcl-2-like protein 11
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 Family / Activator
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / B cell negative selection / BAK complex / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / B cell negative selection / BAK complex / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / response to fungus / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / ear development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / regulation of organ growth / meiosis I / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / tube formation / mammary gland development / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / myeloid cell homeostasis / Bcl-2 family protein complex / cellular response to glucocorticoid stimulus / NRAGE signals death through JNK / porin activity / thymocyte apoptotic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of proteolysis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / positive regulation of cell cycle / heat shock protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of mitochondrial membrane potential / FLT3 Signaling / endomembrane system / intrinsic apoptotic signaling pathway / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / release of cytochrome c from mitochondria / cell-matrix adhesion / epithelial cell proliferation / post-embryonic development / response to gamma radiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / apoptotic signaling pathway / kidney development / response to hydrogen peroxide / establishment of localization in cell / cellular response to mechanical stimulus / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / microtubule binding / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
trifluoroacetic acid / Bcl-2-like protein 11 / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.897 Å
データ登録者Brouwer, J.M. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1058331 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1113133 オーストラリア
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Conversion of Bim-BH3 from Activator to Inhibitor of Bak through Structure-Based Design.
著者: Brouwer, J.M. / Lan, P. / Cowan, A.D. / Bernardini, J.P. / Birkinshaw, R.W. / van Delft, M.F. / Sleebs, B.E. / Robin, A.Y. / Wardak, A. / Tan, I.K. / Reljic, B. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / ...著者: Brouwer, J.M. / Lan, P. / Cowan, A.D. / Bernardini, J.P. / Birkinshaw, R.W. / van Delft, M.F. / Sleebs, B.E. / Robin, A.Y. / Wardak, A. / Tan, I.K. / Reljic, B. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / Call, M.J. / Smith, B.J. / Dewson, G. / Lessene, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,67811
ポリマ－22,0642
非ポリマー6149
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
2
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,35522
ポリマ－44,1274
非ポリマー1,22818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation13_455y-1/4,x+1/4,-z+1/41
Buried area14470 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.404, 139.404, 139.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-437-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 19037.320 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-186 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3026.411 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 141-165 / 変異: W147R, Y163T / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521

-
非ポリマー , 5種, 195分子

#3: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid


分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.96 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18 % glycerol, 21.6 % PEG (poly-ethylene glycol) 1500 and 0.5 % ethyl acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月12日
放射モノクロメーター: ADSC QUANTUM 315r / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.897→42.032 Å / Num. obs: 37157 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 47.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2162 / Net I/σ(I): 24.26
反射 シェル解像度: 1.898→1.966 Å / 冗長度: 47 % / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 3647 / CC1/2: 0.497 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.897→42.032 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1771 1996 5.37 %
Rwork0.1568 --
obs0.1579 37157 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.897→42.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1554 0 38 186 1778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7552188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.589950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8974-1.94480.30141390.29042462X-RAY DIFFRACTION100
1.9448-1.99740.26931390.24782455X-RAY DIFFRACTION100
1.9974-2.05620.28531410.22652461X-RAY DIFFRACTION100
2.0562-2.12260.22761390.20732465X-RAY DIFFRACTION100
2.1226-2.19840.22511410.1682471X-RAY DIFFRACTION100
2.1984-2.28640.161400.1592466X-RAY DIFFRACTION100
2.2864-2.39050.15321420.15622492X-RAY DIFFRACTION100
2.3905-2.51650.18081410.15142487X-RAY DIFFRACTION100
2.5165-2.67420.18061420.15072493X-RAY DIFFRACTION100
2.6742-2.88060.17661420.14482493X-RAY DIFFRACTION100
2.8806-3.17040.16811440.15132540X-RAY DIFFRACTION100
3.1704-3.62890.15011440.13632539X-RAY DIFFRACTION100
3.6289-4.57120.16081470.12972580X-RAY DIFFRACTION100
4.5712-42.04220.16781550.16172757X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9887-3.11340.60242.2619-1.20577.0027-0.46180.8847-2.1062-0.7168-0.9307-0.82461.48371.72991.32740.77510.22180.21720.7773-0.0411.126915.61699.795136.4117
27.17592.94220.56782.03452.06635.15950.1957-0.0660.02160.3056-0.198-0.0320.0897-0.1260.070.13810.07020.02510.228-0.02010.234913.728528.9185146.0283
35.349-3.688-1.62454.61912.05712.6544-0.0865-0.2024-0.12720.24410.00190.03930.17540.27560.07810.24360.02970.00770.2941-0.00160.293615.16430.2519152.541
48.0554-5.14610.15964.1541-1.01071.48890.24690.49240.7712-0.2376-0.249-0.5009-0.12690.1273-0.01330.2309-0.00470.02990.2558-0.00120.267312.195836.5061138.7494
54.0803-1.1416-1.02132.48731.32493.19490.10470.3995-0.0513-0.1335-0.10190.1391-0.0442-0.22340.00990.16520.0449-0.00850.20870.0360.19611.00832.7051141.0201
69.82321.0417-6.40346.1405-1.63114.8485-0.09650.1431-0.41330.08-0.13580.45350.7188-0.4790.13710.2626-0.02580.00720.2046-0.02410.2751-10.596336.0408167.9171
72.0596-0.82870.12646.08251.43392.7941-0.0873-0.28520.04010.73240.02190.65760.0403-0.31160.05170.29980.02530.13220.3045-0.00510.304-16.627346.7169179.9949
85.5166-5.6378-5.13187.57064.37635.62490.58551.07160.4984-0.9585-0.3335-0.3949-0.23650.1013-0.22280.35630.03760.03990.54240.06980.25654.716334.5216129.52
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 53 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 100 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 101 through 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 150 through 164 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 165 through 186 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 141 through 165 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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