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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mtm
タイトルCrystal structure of the tail fiber gp53 from Acinetobacter baumannii bacteriophage AP22
要素Putative tail fiber protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Lectin fold / Tail fiber / receptor binding / bacterial cell surface / baseplate periphery
機能・相同性Immunoglobulin-like - #3940 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / BROMIDE ION / SULFITE ION / Putative tail fiber protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter bacteriophage AP22 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.368 Å
データ登録者Sycheva, L.V. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the putative tail fiber protein gp53 from the Acinetobacter baumannii bacteriophage AP22
著者: Sycheva, L.V. / Shneider, M.M. / Popova, A.V. / Ziganshin, R.K. / Volozhantsev, N. / Miroshnikov, K.A. / Leiman, P.G.
履歴
登録2013年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative tail fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,07028
ポリマ－17,1071
非ポリマー1,96327
水2,684149
1
A: Putative tail fiber protein
ヘテロ分子

A: Putative tail fiber protein
ヘテロ分子

A: Putative tail fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,21184
ポリマ－51,3213
非ポリマー5,89081
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area20650 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.200, 51.200, 302.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-324-

NA

21A-327-

SO3

31A-502-

HOH

41A-525-

HOH

51A-544-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer contained in the asymmetric unit using the following transformations: x, y, z; -y, x-y, z; and -x+y, -x, z.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative tail fiber protein


分子量: 17107.078 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain residues 108-271 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter bacteriophage AP22 (ファージ)
遺伝子: ORF53 / プラスミド: pEE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: I2GUG0

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非ポリマー , 6種, 176分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 24% PEG 4000, 0.225M lithium sulphate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月29日
放射モノクロメーター: Bartels monochromator based on Si (111) crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→49.99 Å / Num. all: 62274 / Num. obs: 62273 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 9.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 33.3
反射 シェル解像度: 1.37→1.44 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHELXC/D/Eモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXC/D/E位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.368→19.719 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 10.42 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Br K-edge SAD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1317 1592 4.99 %Random
Rwork0.0993 ---
obs0.1009 31894 96.48 %-
all-33079 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.368→19.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1013 0 39 149 1201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3171499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.347393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.368-1.41210.20071300.15172472X-RAY DIFFRACTION88
1.4121-1.46260.15491330.11732627X-RAY DIFFRACTION93
1.4626-1.52110.14271360.09192649X-RAY DIFFRACTION94
1.5211-1.59030.14761450.08652710X-RAY DIFFRACTION96
1.5903-1.67410.11691450.07832703X-RAY DIFFRACTION97
1.6741-1.7790.10791460.07252750X-RAY DIFFRACTION97
1.779-1.91620.11421470.07022773X-RAY DIFFRACTION98
1.9162-2.10890.10711490.06832819X-RAY DIFFRACTION99
2.1089-2.41360.09341510.0762853X-RAY DIFFRACTION99
2.4136-3.0390.11961510.10842900X-RAY DIFFRACTION100
3.039-19.72140.16631590.13363046X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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