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- PDB-5vu2: Electron cryo-microscopy of "immature" Chikungunya VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vu2
タイトルElectron cryo-microscopy of "immature" Chikungunya VLP
要素
  • (E1 envelope glycoprotein) x 2
  • E2 envelope glycoprotein
  • E3 envelope glycoprotein
  • capsid protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Chikungunya / virus / immature
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Rossmann, M.G. / Yap, M.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI095366 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Structural studies of Chikungunya virus maturation.
著者: Moh Lan Yap / Thomas Klose / Akane Urakami / S Saif Hasan / Wataru Akahata / Michael G Rossmann /
要旨: Cleavage of the alphavirus precursor glycoprotein p62 into the E2 and E3 glycoproteins before assembly with the nucleocapsid is the key to producing fusion-competent mature spikes on alphaviruses. ...Cleavage of the alphavirus precursor glycoprotein p62 into the E2 and E3 glycoproteins before assembly with the nucleocapsid is the key to producing fusion-competent mature spikes on alphaviruses. Here we present a cryo-EM, 6.8-Å resolution structure of an "immature" Chikungunya virus in which the cleavage site has been mutated to inhibit proteolysis. The spikes in the immature virus have a larger radius and are less compact than in the mature virus. Furthermore, domains B on the E2 glycoproteins have less freedom of movement in the immature virus, keeping the fusion loops protected under domain B. In addition, the nucleocapsid of the immature virus is more compact than in the mature virus, protecting a conserved ribosome-binding site in the capsid protein from exposure. These differences suggest that the posttranslational processing of the spikes and nucleocapsid is necessary to produce infectious virus.
履歴
登録2017年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8734
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8734
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: E1 envelope glycoprotein
A: E1 envelope glycoprotein
U: E3 envelope glycoprotein
V: E3 envelope glycoprotein
B: E1 envelope glycoprotein
N: E1 envelope glycoprotein
W: E3 envelope glycoprotein
C: E1 envelope glycoprotein
O: E1 envelope glycoprotein
X: E3 envelope glycoprotein
D: E1 envelope glycoprotein
P: E1 envelope glycoprotein
I: capsid protein
J: capsid protein
K: capsid protein
L: capsid protein
E: E1 envelope glycoprotein
Q: E2 envelope glycoprotein
F: E1 envelope glycoprotein
R: E2 envelope glycoprotein
G: E1 envelope glycoprotein
S: E2 envelope glycoprotein
H: E1 envelope glycoprotein
T: E2 envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)911,44424
ポリマ－911,44424
非ポリマー00
水00
1
M: E1 envelope glycoprotein
A: E1 envelope glycoprotein
U: E3 envelope glycoprotein
V: E3 envelope glycoprotein
B: E1 envelope glycoprotein
N: E1 envelope glycoprotein
W: E3 envelope glycoprotein
C: E1 envelope glycoprotein
O: E1 envelope glycoprotein
X: E3 envelope glycoprotein
D: E1 envelope glycoprotein
P: E1 envelope glycoprotein
I: capsid protein
J: capsid protein
K: capsid protein
L: capsid protein
E: E1 envelope glycoprotein
Q: E2 envelope glycoprotein
F: E1 envelope glycoprotein
R: E2 envelope glycoprotein
G: E1 envelope glycoprotein
S: E2 envelope glycoprotein
H: E1 envelope glycoprotein
T: E2 envelope glycoprotein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,686,6421440
ポリマ－54,686,6421440
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: E1 envelope glycoprotein
A: E1 envelope glycoprotein
U: E3 envelope glycoprotein
V: E3 envelope glycoprotein
B: E1 envelope glycoprotein
N: E1 envelope glycoprotein
W: E3 envelope glycoprotein
C: E1 envelope glycoprotein
O: E1 envelope glycoprotein
X: E3 envelope glycoprotein
D: E1 envelope glycoprotein
P: E1 envelope glycoprotein
I: capsid protein
J: capsid protein
K: capsid protein
L: capsid protein
E: E1 envelope glycoprotein
Q: E2 envelope glycoprotein
F: E1 envelope glycoprotein
R: E2 envelope glycoprotein
G: E1 envelope glycoprotein
S: E2 envelope glycoprotein
H: E1 envelope glycoprotein
T: E2 envelope glycoprotein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 4.56 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,557,220120
ポリマ－4,557,220120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
M: E1 envelope glycoprotein
A: E1 envelope glycoprotein
U: E3 envelope glycoprotein
V: E3 envelope glycoprotein
B: E1 envelope glycoprotein
N: E1 envelope glycoprotein
W: E3 envelope glycoprotein
C: E1 envelope glycoprotein
O: E1 envelope glycoprotein
X: E3 envelope glycoprotein
D: E1 envelope glycoprotein
P: E1 envelope glycoprotein
I: capsid protein
J: capsid protein
K: capsid protein
L: capsid protein
E: E1 envelope glycoprotein
Q: E2 envelope glycoprotein
F: E1 envelope glycoprotein
R: E2 envelope glycoprotein
G: E1 envelope glycoprotein
S: E2 envelope glycoprotein
H: E1 envelope glycoprotein
T: E2 envelope glycoprotein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 5.47 MDa, 144 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,468,664144
ポリマ－5,468,664144
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
E1 envelope glycoprotein


分子量: 95538.164 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 326-1191 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
株: 37997 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0H4CWF2
#2: タンパク質
E3 envelope glycoprotein


分子量: 6926.990 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 266-324 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
株: 37997 / 遺伝子: CHIKVgp2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C7S7A1, UniProt: Q5XXP3*PLUS
#3: タンパク質
capsid protein


分子量: 16229.508 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 113-261 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus (strain 37997) (ウイルス)
株: 37997 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3
#4: タンパク質・ペプチド
E1 envelope glycoprotein


分子量: 4810.723 Da / 分子数: 4 / 断片: transmembrane helix (UNP residues 1203-1248) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
株: 37997 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3
#5: タンパク質
E2 envelope glycoprotein


分子量: 8817.458 Da / 分子数: 4 / 断片: transmembrane helix (UNP residues 668-748) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
株: 37997 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chikungunya virus strain Senegal 37997 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Human embryonic kidney / プラスミド: pUC119
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 36 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
7EMfitモデルフィッティング
13jspr３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72944 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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