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- PDB-5vtp: X-ray diffraction data of DNA Polymerase Eta (RAD30) of Saccharom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vtp
タイトルX-ray diffraction data of DNA Polymerase Eta (RAD30) of Saccharomyces cerevisiae with a single magnesium bound in absence of DNA and incoming dNTP
要素DNA polymerase eta
キーワードTRANSFERASE / Rad30 / DNA Polymerase Eta / DNA Transferase / Catalytic Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA replication ...Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrion / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. ...DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Powers, K.T. / Washington, M.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM081433 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: The C-terminal region of translesion synthesis DNA polymerase eta is partially unstructured and has high conformational flexibility.
著者: Powers, K.T. / Elcock, A.H. / Washington, M.T.
履歴
登録2017年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase eta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8563
ポリマ－60,8081
非ポリマー492
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DNA polymerase eta
ヘテロ分子

A: DNA polymerase eta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,7136
ポリマ－121,6152
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area1250 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area46080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.681, 130.681, 93.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase eta / Radiation-sensitive protein 30


分子量: 60807.742 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain fragment (UNP residues 1-528) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD30, DBH1, YDR419W / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04049, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.16 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% v/v Glycerin (Additive), 14.4% w/v PEG 8000 (Precipitant), 0.08 M NaCac 6.5 pH (Buffer), 0.16 M Ca(OAc)2 (Salt)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月18日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→56.587 Å / Num. all: 23171 / Num. obs: 23171 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 69.23 Å2 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 6 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 245725
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.8-2.9510.71.0240.80.3431.1261.024100
2.95-3.1310.50.6071.30.2050.6680.607100
3.13-3.35100.3182.30.1110.3520.318100
3.35-3.6110.10.1694.40.0580.1870.169100
3.61-3.9610.90.1116.60.0360.120.111100
3.96-4.4311.10.0739.60.0240.0790.073100
4.43-5.1111.10.0611.20.0190.0650.06100
5.11-6.2610.90.05910.90.020.0650.059100
6.26-8.8510.70.04911.30.0160.0530.049100
8.85-56.5879.80.04711.40.0160.0510.04799.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSNovember 1, 2016データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.8.6.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JIH

1jih


解像度: 2.8→43.37 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 27.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 2264 5.12 %
Rwork0.2208 --
obs0.2223 23171 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 292.33 Å2 / Biso mean: 79.644 Å2 / Biso min: 35.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→43.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3957 0 2 23 3982
Biso mean--94.17 58.89 -
残基数----510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6195470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1392434
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8-2.86090.41521320.358326352767
2.8609-2.92740.34061720.31826122784
2.9274-3.00060.28561040.301126292733
3.0006-3.08170.3081260.285426252751
3.0817-3.17240.35191280.295226722800
3.1724-3.27480.3031500.272826132763
3.2748-3.39180.31561660.266125432709
3.3918-3.52750.26291560.235926262782
3.5275-3.6880.23371280.223826162744
3.688-3.88230.25371620.209626132775
3.8823-4.12540.2031680.194826012769
4.1254-4.44360.22121820.178725822764
4.4436-4.89020.18891420.165526172759
4.8902-5.59660.2271300.183526202750
5.5966-7.04620.25691140.223726542768
7.0462-43.37470.24051040.218226552759

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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