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- PDB-5vsl: Crystal structure of viperin with bound [4Fe-4S] cluster and S-ad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vsl
タイトルCrystal structure of viperin with bound [4Fe-4S] cluster and S-adenosylhomocysteine (SAH)
要素Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / radical / S-adenosylmethionine / iron-sulfur cluster / antiviral response
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell activation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類 / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of viral genome replication / regulation of ossification / negative regulation of protein secretion / ossification ...CD4-positive, alpha-beta T cell activation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類 / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of viral genome replication / regulation of ossification / negative regulation of protein secretion / ossification / lipid droplet / response to virus / fibrillar center / positive regulation of immune response / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / lyase activity / mitochondrial inner membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / 4Fe-4S single cluster domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / IRON/SULFUR CLUSTER / S-adenosylmethionine-dependent nucleotide dehydratase RSAD2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.972 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Li, Y. / Cresswell, P. / Modis, Y. / Ealick, S.E.
資金援助 米国, 英国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK067081 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102869 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103403 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Wellcome Trust101908/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural studies of viperin, an antiviral radical SAM enzyme.
著者: Fenwick, M.K. / Li, Y. / Cresswell, P. / Modis, Y. / Ealick, S.E.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2
B: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0946
ポリマ－73,6222
非ポリマー1,4724
水7,242402
1
A: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5473
ポリマ－36,8111
非ポリマー7362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5473
ポリマ－36,8111
非ポリマー7362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.934, 73.854, 141.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2 / Viperin / Virus inhibitory protein / endoplasmic reticulum-associated / interferon-inducible


分子量: 36810.766 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rsad2, Vig1 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8CBB9
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES, pH 6.8 - 7.6, 10 - 30 % (w/v) PEG MME 2000, and 5 mM SAH
PH範囲: 6.8 - 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 42331 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/av σ(I): 17.1 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4223 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: 000)精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
SHELXD位相決定
PHENIX(1.11.1_2575: 000)位相決定
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.972→46.065 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 2110 4.99 %
Rwork0.1549 --
obs0.1571 42302 95.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.972→46.065 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4175 0 68 402 4645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0085954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6942675
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005763
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9716-2.01750.27091500.22932645X-RAY DIFFRACTION96
2.0175-2.06790.28851330.21272696X-RAY DIFFRACTION97
2.0679-2.12390.24131650.19612668X-RAY DIFFRACTION97
2.1239-2.18630.23851390.18052727X-RAY DIFFRACTION97
2.1863-2.25690.21331530.17282656X-RAY DIFFRACTION97
2.2569-2.33760.20571160.16232729X-RAY DIFFRACTION97
2.3376-2.43120.22151300.15982705X-RAY DIFFRACTION97
2.4312-2.54180.19621360.1622727X-RAY DIFFRACTION97
2.5418-2.67580.22751500.16042697X-RAY DIFFRACTION97
2.6758-2.84340.22841420.15742665X-RAY DIFFRACTION95
2.8434-3.06290.21121370.15762679X-RAY DIFFRACTION96
3.0629-3.37110.19341460.14862659X-RAY DIFFRACTION94
3.3711-3.85870.20821410.13872643X-RAY DIFFRACTION93
3.8587-4.86070.16671340.12582680X-RAY DIFFRACTION93
4.8607-46.07760.15031380.152616X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9958-0.80160.24161.3066-0.54592.61380.0189-0.0152-0.0671-0.114-0.2571-0.29580.56550.550.1560.29340.06930.04420.23350.0980.320118.008423.665840.0725
21.23890.5946-0.76112.602-2.89625.2899-0.04050.1920.0038-0.11070.05920.02360.1178-0.2732-0.02210.1950.008-0.00920.15360.00140.20844.505135.414434.967
32.8921-1.98611.67597.1472-2.84233.6853-0.0554-0.10220.3390.43620.05010.2023-0.9233-0.14-0.01230.42940.0681-0.0250.15670.00380.30725.142349.272139.1605
47.9232-3.68470.50832.61840.33470.6888-0.065-0.04720.6973-0.3391-0.2109-0.8672-0.04140.68370.20160.3350.00430.0750.59970.19140.533428.642534.980134.6497
53.72861.8872-1.3253.7035-0.25740.5576-0.34360.5593-0.4324-0.05570.27570.01440.5862-0.4030.01920.4118-0.16270.02890.3325-0.05440.24424.821635.3837-4.6101
62.83660.079-0.00253.5824-0.46881.3115-0.1697-0.0373-0.35760.15120.14350.3380.6811-0.488-0.05310.3265-0.1260.06470.3010.01450.2674-0.92536.01588.7134
73.0643-0.023-1.61561.10.18773.5491-0.06370.31820.2698-0.01870.05840.0208-0.0522-0.14070.0030.1144-0.0058-0.00950.18560.05090.227813.191150.56322.4938
83.4943-0.3696-0.36071.98140.23095.5169-0.20220.3516-0.313-0.1951-0.0223-0.13030.65410.40260.10950.240.0020.06240.31740.00780.257222.355841.1869-5.3237
96.16135.12482.19484.30771.45173.24540.20080.21-0.9718-0.1638-0.108-0.56140.83040.2417-0.25490.6833-0.02260.10360.231-0.04750.532112.859328.0292-0.1018
103.87173.80150.27895.4444-0.58120.4536-0.26950.648-0.9942-0.74580.4209-1.05340.98640.0013-0.14761.1472-0.13250.11620.3774-0.12970.75698.340518.73220.7539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 72 through 173 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 174 through 273 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 274 through 294 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 295 through 337 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 74 through 102 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 103 through 173 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 174 through 250 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 251 through 294 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 295 through 311 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 312 through 335 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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