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Yorodumi- PDB-4e2g: Crystal structure of Cupin fold protein Sthe2323 from Sphaerobact... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4e2g | ||||||
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Title | Crystal structure of Cupin fold protein Sthe2323 from Sphaerobacter thermophilus | ||||||
Components | Cupin 2 conserved barrel domain protein | ||||||
Keywords | Structural Genomics / Unknown Function / MCSG / PSI-biology / GEBA / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Sphaerobacter thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.86 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Cupin fold protein Sthe2323 from Sphaerobacter thermophilus Authors: Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4e2g.cif.gz | 408.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4e2g.ent.gz | 354 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4e2g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4e2g_validation.pdf.gz | 486.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4e2g_full_validation.pdf.gz | 494.2 KB | Display | |
Data in XML | 4e2g_validation.xml.gz | 41.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4e2g_validation.cif.gz | 59.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e2g | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14463.205 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sphaerobacter thermophilus (bacteria) / Strain: DSM 20745 / S 6022 / Gene: Sthe_2323 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: D1C798 #2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, 20% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97929 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 2, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97929 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.86→50 Å / Num. all: 92501 / Num. obs: 91471 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 25.38 |
Reflection shell | Resolution: 1.86→1.88 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique all: 2146 / % possible all: 93.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.86→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 6.63 / SU ML: 0.087 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.124 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.6 Å2 / Biso mean: 31.6264 Å2 / Biso min: 13.52 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.86→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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