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- PDB-5vph: CRYSTAL STRUCTURE OF DER P 1 COMPLEXED WITH FAB 4C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vph
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DER P 1 COMPLEXED WITH FAB 4C1
要素
  • Der p 1 allergen
  • FAB 4C1 - HEAVY CHAIN
  • FAB 4C1 - LIGHT CHAIN
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / DER P 1 / ALLERGEN-ANTIBODY COMPLEX / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase 1 (mite) / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidase 1 / Der p 1 allergen
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chruszcz, M. / Vailes, L.D. / Chapman, M.D. / Pomes, A. / Minor, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Molecular Determinants For Antibody Binding On Group 1 House Dust Mite Allergens.
著者: Chruszcz, M. / Pomes, A. / Glesner, J. / Vailes, L.D. / Osinski, T. / Porebski, P.J. / Majorek, K.A. / Heymann, P.W. / Platts-Mills, T.A. / Minor, W. / Chapman, M.D.
履歴
登録2017年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年5月24日ID: 3RVX
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Der p 1 allergen
C: FAB 4C1 - LIGHT CHAIN
D: FAB 4C1 - HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7325
ポリマ－76,6303
非ポリマー1022
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.109, 59.377, 236.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Der p 1 allergen


分子量: 25014.805 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 81-302 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ) / 参照: UniProt: Q3HWZ5, UniProt: P08176*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 CD

#2: 抗体 FAB 4C1 - LIGHT CHAIN


分子量: 23937.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 FAB 4C1 - HEAVY CHAIN


分子量: 27677.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 202分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, 10% W/V PEG4000, 0.05M GLYGLYGLY, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 23380 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 55.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.596 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F5V, 3RVV

3f5v

3rvv
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 20.939 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1194 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 22108 91.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 55.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å20 Å2
2--1.84 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5038 0 5 200 5243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.9417062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88538282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8545643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92623.913230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.41815794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0351528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5641.53220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.131.51303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05425218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86931956
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9034.51844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 81 -
Rwork0.231 1344 -
obs--79.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6668-0.13160.30921.2921-0.47041.8687-0.073-0.0856-0.16160.08260.0903-0.00480.21770.0574-0.01730.06120.05210.03770.16420.13910.0994-21.4220.3428.172
22.7335-0.99740.23022.2875-0.22776.46630.08510.1792-0.0724-0.2931-0.04970.0298-0.2216-0.7183-0.03540.0739-0.0406-0.01250.21820.06850.0343-32.6479.255-28.774
38.0026-2.7068-1.5693.36471.24254.13540.11250.9450.1781-0.40530.109-0.11650.119-0.0349-0.22150.2533-0.07990.00910.230.0604-0.0067-22.96812.656-63.837
42.36870.1943-0.47491.24750.33953.36160.07090.0109-0.2309-0.0485-0.0045-0.0770.26270.1799-0.06640.09090.0026-0.00050.06930.04930.0549-13.7561.141-25.821
52.9663-1.91910.40257.0337-2.30784.01990.10630.36020.5551-0.13370.0588-0.5792-0.13950.3549-0.16520.0894-0.09080.05610.1483-0.00820.1612-9.40614.611-54.473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 222
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3C105 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5D120 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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