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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vkx | ||||||
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タイトル | Coordination Chemistry within a Protein Host: Regulation of the Secondary Coordination Sphere | ||||||
要素 | Streptavidin | ||||||
キーワード | BIOTIN BINDING PROTEIN / streptavidin / biotin / copper / azide / secondary coordination sphere / hydrogen bond | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å | ||||||
データ登録者 | Mann, S.I. / Heinisch, T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2018 タイトル: Coordination chemistry within a protein host: regulation of the secondary coordination sphere. 著者: Mann, S.I. / Heinisch, T. / Ward, T.R. / Borovik, A.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vkx.cif.gz | 44.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vkx.ent.gz | 29.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vkx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vkx_validation.pdf.gz | 749 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vkx_full_validation.pdf.gz | 756.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5vkx_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vkx_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vkx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16570.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629 |
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#2: 化合物 | ChemComp-S18 / [ |
#3: 化合物 | ChemComp-CU / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 26 mg/mL protein, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月8日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→37.4 Å / Num. obs: 33187 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.1 % / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.4 Å / 冗長度: 7.7 % / Num. unique obs: 1457 / % possible all: 90.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→37.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.823 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.589 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→37.4 Å
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拘束条件 |
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