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- PDB-5vkl: SPT6 tSH2-RPB1 1476-1500 pS1493 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vkl
タイトルSPT6 tSH2-RPB1 1476-1500 pS1493
要素
  • DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
  • Transcription elongation factor SPT6
キーワードTRANSCRIPTION / SH2 domain phosphoserine histone chaperone transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleosome organization / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex ...carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleosome organization / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Estrogen-dependent gene expression / nucleosome binding / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / RNA polymerase II, core complex / transcription elongation factor complex / transcription antitermination / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / transcription by RNA polymerase II / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Spt6, S1/OB domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 ...: / Spt6, S1/OB domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / Tex central region-like / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / RuvA domain 2-like / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / SH2 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Transcription elongation factor SPT6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.198 Å
データ登録者Sdano, M.A. / Whitby, F.G. / Hill, C.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM116560 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: A novel SH2 recognition mechanism recruits Spt6 to the doubly phosphorylated RNA polymerase II linker at sites of transcription.
著者: Sdano, M.A. / Fulcher, J.M. / Palani, S. / Chandrasekharan, M.B. / Parnell, T.J. / Whitby, F.G. / Formosa, T. / Hill, C.P.
履歴
登録2017年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor SPT6
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6402
ポリマ－27,6402
非ポリマー00
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Fluorescence polarization and far western were used to validate assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.014, 103.540, 115.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1501-

HOH

21A-1540-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcription elongation factor SPT6 / Chromatin elongation factor SPT6


分子量: 25065.430 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1247-1451 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPT6, CRE2, SSN20, YGR116W, G6169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23615
#2: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II ...RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit B220


分子量: 2574.727 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1476-1498 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 40% ethanol, 100 mM Tris pH 7.0 / Temp details: constant temp

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→40 Å / Num. obs: 12637 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 24.7 % / Biso Wilson estimate: 31.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.28170.4450.9770.1060.4582.11284.7
2.28-2.3721.60.3180.990.0670.3260.92786
2.37-2.4824.10.1970.9940.0390.2010.92486.2
2.48-2.6125.40.1540.9950.0290.1570.91586.8
2.61-2.7723.10.1230.9970.0240.1260.98192.7
2.77-2.9922.80.0860.9980.0170.0880.9698.6
2.99-3.2924.40.0590.9990.0120.0610.92299
3.29-3.7624.80.0620.9990.0120.0631.03496.1
3.76-4.7430.30.03910.0070.0391.04399.6
4.74-4030.90.03510.0060.0351.11199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.23 Å27.64 Å
Translation3.23 Å27.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PSJ

3psj


解像度: 2.198→27.644 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 1214 9.97 %
Rwork0.1767 --
obs0.1835 12178 89.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.04 Å2 / Biso mean: 45.2319 Å2 / Biso min: 16.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.198→27.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1859 0 0 83 1942
Biso mean---41.57 -
残基数----222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8782569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3541140
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1977-2.28570.6222860.584381189760
2.2857-2.38960.30611200.27031101122183
2.3896-2.51550.30321300.19811157128786
2.5155-2.6730.2751320.18681198133089
2.673-2.87920.25151420.19281281142396
2.8792-3.16860.28221470.1931321146899
3.1686-3.62620.22361460.16791304145096
3.6262-4.56530.22191510.13941351150298
4.5653-27.64630.171600.126114401600100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -73.2578 Å / Origin y: 119.164 Å / Origin z: 1.2542 Å
111213212223313233
T0.189 Å2-0.0077 Å20.0051 Å2-0.1949 Å2-0.0171 Å2--0.2443 Å2
L0.8683 °20.1093 °20.2469 °2-0.8207 °2-0.2069 °2--0.7922 °2
S-0.126 Å °0.0043 Å °-0.235 Å °-0.0876 Å °0.0133 Å °-0.0245 Å °0.0862 Å °-0.0067 Å °-0.0009 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1250 - 1451
2X-RAY DIFFRACTION1allB1479 - 1498
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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