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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vjb | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Guanidine-II riboswitch P2 hairpin dimer with 5-bromoU substitution from Pseudomonas aeruginosa | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / guanidine / riboswitch / kissing loop / hairpin | 機能・相同性 | GUANIDINE / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Reiss, C.W. / Strobel, S.A. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Structural basis for ligand binding to the guanidine-II riboswitch. 著者: Reiss, C.W. / Strobel, S.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5246.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GAI / #3: 化合物 | ChemComp-SPM / #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 % |
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結晶化 | 温度: 296.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: 1:1 ratio of 200uM RNA in crystallization buffer (10 mM MgCl2, 10 mM KCl, 10 mM HEPES-KOH, pH 7.5, and 40 mM guanidine) and crystallization reagent (45% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 4 mM NaCl, 40 ...詳細: 1:1 ratio of 200uM RNA in crystallization buffer (10 mM MgCl2, 10 mM KCl, 10 mM HEPES-KOH, pH 7.5, and 40 mM guanidine) and crystallization reagent (45% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 4 mM NaCl, 40 mM KCl, and 12 mM spermine) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9193 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 25445 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.46 Å2 / Biso mean: 40.534 Å2 / Biso min: 29.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.07→2.124 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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