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万見
- PDB-4hqi: Structure of O6-Benzyl-2'-deoxyguanosine opposite perimidinone-de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hqi
タイトルStructure of O6-Benzyl-2'-deoxyguanosine opposite perimidinone-derived synthetic nucleoside in DNA duplex
要素Short modified nucleic acids
キーワードDNA / B-form DNA / O6-Benzyl-2'-deoxyguanosine / dPer / Perimidinone-Derived Nucleoside / Dickerson-Drew Dodecamer
機能・相同性SPERMINE / STRONTIUM ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kowal, E.A. / Lad, R. / Pallan, P.S. / Muffly, E. / Wawrzak, Z. / Egli, M. / Sturla, S.J. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Recognition of O6-benzyl-2'-deoxyguanosine by a perimidinone-derived synthetic nucleoside: a DNA interstrand stacking interaction.
著者: Kowal, E.A. / Lad, R.R. / Pallan, P.S. / Dhummakupt, E. / Wawrzak, Z. / Egli, M. / Sturla, S.J. / Stone, M.P.
履歴
登録2012年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short modified nucleic acids
B: Short modified nucleic acids
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9434
ポリマ－7,6532
非ポリマー2902
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area4860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.384, 36.774, 77.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 Short modified nucleic acids


分子量: 3826.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized modified oligonucleotides / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.4650.02
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911蒸気拡散法, ハンギングドロップ法720 mM sodium cacodylate (pH 7.0), 6 mM spermine tetra-HCl, 20 mM LiCl, 40 mM SrCl2 and 5% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
2912蒸気拡散法, ハンギングドロップ法720 mM sodium cacodylate (pH 7.0), 6 mM spermine tetra-HCl, 40 mM KCl, 10 mM BaCl2 and 5% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D11.60499
シンクロトロンAPS 21-ID-G20.97857
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2009年7月17日Si(111)
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2008年7月18日C(111)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2C(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.604991
20.978571
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 8811 / Num. obs: 8236 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 52.33
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 5.65 / Num. unique all: 524

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2diffractometer software from EMBL (with LS-CAT developed extensions)データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→20.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.224 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29823 734 8.9 %RANDOM
Rwork0.25885 ---
obs0.26227 7486 93.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.33 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.38 Å20 Å2
3----4.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 481 15 49 545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.013554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.578833
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.02260
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 36 -
Rwork0.336 338 -
obs--57.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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