[日本語] English
万見
- PDB-5via: Crystal structural of Leishmania major pseudoperoxidase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5via
タイトルCrystal structural of Leishmania major pseudoperoxidase
要素Pseudoperoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme protein / peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Plant heme peroxidase family profile domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.764 Å
データ登録者Chreifi, G. / Dejam, D. / Poulos, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM57353 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and functional analysis of Leishmania major pseudoperoxidase.
著者: Chreifi, G. / Dejam, D. / Poulos, T.L.
履歴
登録2017年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pseudoperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6832
ポリマ－33,0661
非ポリマー6161
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.680, 63.680, 152.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-757-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Pseudoperoxidase / Uncharacterized protein


分子量: 33066.293 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 49-341 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LMJF_21_1567 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QC30
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14 mg/mL protein, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol, 10% polyethylene glycol 6000, and 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.18076 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→48.88 Å / Num. obs: 31236 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 34.91 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 73.11
反射 シェル解像度: 1.76→1.83 Å / 冗長度: 16.5 % / Num. unique obs: 3100 / CC1/2: 0.297 / % possible all: 94.03

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.764→48.875 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.28
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 1522 4.86 %Random selection
Rwork0.1957 ---
obs0.1969 31200 98.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.764→48.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2205 0 43 181 2429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0483149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.239844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.764-1.79450.42221340.40082632X-RAY DIFFRACTION95
1.7945-1.82710.37191680.37532635X-RAY DIFFRACTION94
1.8271-1.86220.34451270.3712672X-RAY DIFFRACTION95
1.8622-1.90030.33751570.34172658X-RAY DIFFRACTION95
1.9003-1.94160.382860.3312763X-RAY DIFFRACTION97
1.9416-1.98670.29361370.31082764X-RAY DIFFRACTION97
1.9867-2.03640.28621210.28172735X-RAY DIFFRACTION97
2.0364-2.09150.29971280.26432774X-RAY DIFFRACTION98
2.0915-2.1530.28841730.24282728X-RAY DIFFRACTION99
2.153-2.22250.26581610.23532756X-RAY DIFFRACTION99
2.2225-2.3020.29911460.22912788X-RAY DIFFRACTION100
2.302-2.39410.20231380.21732805X-RAY DIFFRACTION100
2.3941-2.50310.26551310.20012816X-RAY DIFFRACTION100
2.5031-2.6350.17041450.17982800X-RAY DIFFRACTION100
2.635-2.80010.23081300.18012825X-RAY DIFFRACTION100
2.8001-3.01630.19861440.17782812X-RAY DIFFRACTION100
3.0163-3.31980.23271360.17062808X-RAY DIFFRACTION100
3.3198-3.80.16071440.15662799X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.78690.17381650.15112787X-RAY DIFFRACTION100
4.7869-48.89410.20971470.18742798X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.8372 Å / Origin y: 41.2282 Å / Origin z: 60.1489 Å
111213212223313233
T0.1681 Å20.0055 Å2-0.0109 Å2-0.2404 Å20.0527 Å2--0.1655 Å2
L2.6912 °20.1807 °20.6496 °2-1.7126 °20.3026 °2--2.4513 °2
S-0.0276 Å °0.311 Å °0.1501 Å °-0.1645 Å °0.0506 Å °0.0278 Å °0.1125 Å °0.0848 Å °-0.0224 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resid 56:333)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る