+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z3w | ||||||||||||||||||
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Title | Malate dehydrogenase binds silver at C113 | ||||||||||||||||||
Components | Malate dehydrogenase | ||||||||||||||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Silver / MDH / inhibition | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity ...malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Escherichia coli K12 (bacteria) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.29 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Wang, H. / Wang, M. / Sun, H. | ||||||||||||||||||
Funding support | Hong Kong, China, 5items
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Citation | Journal: Chem Sci / Year: 2020 Title: Atomic differentiation of silver binding preference in protein targets: Escherichia coli malate dehydrogenase as a paradigm Authors: Wang, H. / Yang, X. / Wang, M. / Hu, M. / Xu, X. / Yan, A. / Hao, Q. / Li, H. / Sun, H. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5z3w.cif.gz | 436.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5z3w.ent.gz | 361.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5z3w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5z3w_validation.pdf.gz | 444.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5z3w_full_validation.pdf.gz | 448.4 KB | Display | |
Data in XML | 5z3w_validation.xml.gz | 38.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5z3w_validation.cif.gz | 53.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/5z3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/5z3w | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1ib6S 5z3h S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32238.012 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K12 (bacteria) / Strain: K12 / Gene: mdh, b3236, JW3205 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P61889, malate dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-AG / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.94 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: Tris-HCl 0.1M pH 8.5, MgCl2 0.1M, PEG3350 22% / PH range: 8.0-8.5 / Temp details: room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen flow | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97914 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 22, 2017 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Graphite Filter / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97914 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.29→124.56 Å / Num. obs: 50974 / % possible obs: 87.4 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 24.39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 12.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1IB6 Resolution: 2.29→53.565 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 23.53 Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.99 Å2 / Biso mean: 28.3116 Å2 / Biso min: 10.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.29→53.565 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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