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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vf4
タイトルThermus aquaticus variable protein (TaqVP) from diversity-generating retroelements (DGR)
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CLec-fold / Thermostable / DNA diversification
機能・相同性Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1 / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold / ACETATE ION / FGE-sulfatase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermus aquaticus Y51MC23 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Handa, S. / Ghosh, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI096838 米国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of a Thermus aquaticus diversity-generating retroelement variable protein.
著者: Handa, S. / Shaw, K.L. / Ghosh, P.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,00442
ポリマ－163,9124
非ポリマー2,09238
水2,954164
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3538
ポリマ－40,9781
非ポリマー3757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,58912
ポリマ－40,9781
非ポリマー61211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,98419
ポリマ－40,9781
非ポリマー1,00618
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0773
ポリマ－40,9781
非ポリマー992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.039, 155.039, 202.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 40977.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus aquaticus Y51MC23 (バクテリア)
遺伝子: TaqDRAFT_4799, TaqDRAFT_5434 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7A5T1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物...
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% (w/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 20 mm CaCl2, 100 mM Sodium Acetate (pH 4.6)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→134.27 Å / Num. obs: 132418 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 12.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.81→80.814 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 3829 2.89 %
Rwork0.1778 --
obs0.1793 128585 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→80.814 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11381 0 128 164 11673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22416014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0724130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511733
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062128
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.81-2.91040.3743800.31491279412794
2.9104-3.0270.32783690.286612910
3.027-3.16470.31253860.258512900
3.1647-3.33160.26933840.23512784
3.3316-3.54030.27723950.207312921
3.5403-3.81370.22143910.172412834
3.8137-4.19750.2063780.144212897
4.1975-4.80480.16513800.122712843
4.8048-6.05320.17983970.130312798
6.0532-80.84740.2063690.158312893
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 55.5268 Å / Origin y: 74.5398 Å / Origin z: 74.1778 Å
111213212223313233
T0.221 Å20.1117 Å2-0.0358 Å2-0.1913 Å20.03 Å2--0.1848 Å2
L0.1834 °20.0271 °20.0453 °2-0.133 °20.0805 °2--0.2578 °2
S-0.0038 Å °0.0435 Å °0.0045 Å °-0.1562 Å °-0.0589 Å °0.0038 Å °-0.1481 Å °0.1487 Å °-0.0014 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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