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- PDB-3g6k: Crystal Structure of Candida glabrata FMN Adenylyltransferase in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g6k
タイトルCrystal Structure of Candida glabrata FMN Adenylyltransferase in complex with FAD and Inorganic Pyrophosphate
要素FMN adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / FAD binding / FAD biosynthesis / alpha/beta protein / Rossmann-like fold / extended loop region
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoadenosine phosphosulphate reductase / Phosphoadenosine phosphosulfate reductase domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PYROPHOSPHATE 2- / FAD synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Huerta, C. / Machius, M. / Zhang, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and mechanism of a eukaryotic FMN adenylyltransferase.
著者: Huerta, C. / Borek, D. / Machius, M. / Grishin, N.V. / Zhang, H.
履歴
登録2009年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN adenylyltransferase
B: FMN adenylyltransferase
C: FMN adenylyltransferase
D: FMN adenylyltransferase
E: FMN adenylyltransferase
F: FMN adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,56436
ポリマ－215,9146
非ポリマー6,64930
水33,6881870
1
A: FMN adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0206
ポリマ－35,9861
非ポリマー1,0345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FMN adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2968
ポリマ－35,9861
非ポリマー1,3117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: FMN adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9724
ポリマ－35,9861
非ポリマー9863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: FMN adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1646
ポリマ－35,9861
非ポリマー1,1785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: FMN adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9724
ポリマ－35,9861
非ポリマー9863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: FMN adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1418
ポリマ－35,9861
非ポリマー1,1557
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.583, 81.481, 136.603
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1194-

HOH

21D-755-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABCDEF

#1: タンパク質
FMN adenylyltransferase


分子量: 35985.723 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 株: NCYC / 遺伝子: CAGL0K01397g, FAD1 / プラスミド: pHIS parallel / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6FNA9, FAD synthase
#6: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 1899分子

#2: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 22% (w/v) PEG MME 2000, 0.2 M Magnesium sulfate, 0.1 M Sodium acetate, pH 4.8, Temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97874 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97874 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 380943 / Num. obs: 380943 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rsym value: 0.077 / Χ2: 1.295 / Net I/σ(I): 35.939
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 37824 / Rsym value: 0.551 / Χ2: 0.731 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FWK

3fwk


解像度: 1.35→32.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 1.479 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 19043 5 %RANDOM
Rwork0.153 ---
all0.15491 380480 --
obs0.155 380480 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.36 Å2 / Biso mean: 18.537 Å2 / Biso min: 6.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20.17 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→32.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14968 0 417 1870 17255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02215808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.99121586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.57751793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92724.498787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.298152711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8991579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.22333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211907
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.37606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.511029
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.52868
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0210.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.3259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.5201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.01929236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.811314778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14127948
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.88536801
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.509312293
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.062384
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.737311025
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 1367 -
Rwork0.209 26619 -
all-27986 -
obs-27986 99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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