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- PDB-5vf2: scFv 2D10 re-refined as a complex with trehalose replacing the or... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vf2
タイトルscFv 2D10 re-refined as a complex with trehalose replacing the original alpha-1,6-mannobiose
要素scFv 2D10
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM RE-REFINEMENT
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / trehalose
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Porebski, P.J. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Minor, W. / Stanfield, R. / Jaskolski, M. / Pozharski, E. / Weichenberger, C.X. / Rupp, B.
資金援助 米国, オーストリア, ポーランド, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01HG008424, R01GM117080, R01GM117325 米国
Austrian Science FundP28395-B26 オーストリア
Polish National Science Centre2013/10/M/NZ1/00251 ポーランド
引用ジャーナル: Chemistryselect / 年: 2016
タイトル: Antibodies Can Exploit Molecular Crowding to Bind New Antigens at Noncanonical Paratope Positions
著者: Vashisht, S. / Kumar, A. / Kaur, K.J. / Salunke, D.M.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月21日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_comp_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年4月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 0THIS ENTRY 5VF2 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 5I4F, DETERMINED BY S. ...THIS ENTRY 5VF2 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 5I4F, DETERMINED BY S.VASHISHT,A.KUMAR,K.J.KAUR,D.M.SALUNKE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv 2D10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,79946
ポリマ－26,8951
非ポリマー90445
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.093, 81.093, 74.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2-

GLC

21A-569-

HOH

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要素

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抗体 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: 抗体 scFv 2D10


分子量: 26894.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 323分子

#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 41 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 5I4F
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES 6.5, Magnesium sulphate (1.5 M), potassium sodium tartrate tetrahydrate (0.1M).

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データ収集

回折平均測定温度: 173.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.549→50 Å / Num. obs: 41534 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 39.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5I4F

5i4f


解像度: 1.55→35.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.486 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18039 4100 10 %RANDOM
Rwork0.15284 ---
obs0.15561 37096 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20.23 Å20 Å2
2--0.46 Å2-0 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→35.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1818 0 100 280 2198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022029
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.9822775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9543.0014219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.225.038265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5324.4379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.2215331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.792156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0471.54991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0471.541990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7662.3031246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7662.3031247
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4491.7441038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4491.7441038
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2632.5571519
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.52720.7912288
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.24519.7182237
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 291 -
Rwork0.23 2722 -
obs--99.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8018-0.32180.79590.8388-0.13774.59130.0103-0.04210.06680.10730.01880.0606-0.4106-0.2053-0.02920.07510.01640.01730.04410.01790.067725.58713.6548.982
23.6579-0.59350.43452.6749-0.75943.22-0.0039-0.1935-0.22080.08640.09640.03770.0993-0.1857-0.09240.0608-0.01320.01390.03320.02120.049326.3184.2159.834
31.44670.2947-0.56090.9722-0.17415.02840.0652-0.2412-0.04040.17550.03950.0783-0.1771-0.0019-0.10460.04860.0083-0.00230.05050.01610.041230.4659.65713.508
41.62041.30920.91242.15291.2451.26260.03170.0305-0.05850.01650.005-0.0406-0.00260.0709-0.03670.0282-0.0068-0.00990.00990.00130.021247.9739.143.814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2A42 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3A83 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4A138 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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