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- PDB-5vex: Structure of the human GLP-1 receptor complex with NNC0640 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vex
タイトルStructure of the human GLP-1 receptor complex with NNC0640
要素Glucagon-like peptide 1 receptor, Endolysin chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / class B / 7TM domain / treatment of type 2 diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / peptidoglycan catabolic process / cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. ...: / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-97V / Endolysin / Glucagon-like peptide 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Song, G. / Yang, D. / Wang, Y. / Graaf, C.D. / Zhou, Q. / Jiang, S. / Liu, K. / Cai, X. / Dai, A. / Lin, G. ...Song, G. / Yang, D. / Wang, Y. / Graaf, C.D. / Zhou, Q. / Jiang, S. / Liu, K. / Cai, X. / Dai, A. / Lin, G. / Liu, D. / Wu, F. / Wu, Y. / Zhao, S. / Ye, L. / Han, G.W. / Lau, J. / Wu, B. / Hanson, M.A. / Liu, Z.-J. / Wang, M.-W. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Human GLP-1 receptor transmembrane domain structure in complex with allosteric modulators.
著者: Song, G. / Yang, D. / Wang, Y. / de Graaf, C. / Zhou, Q. / Jiang, S. / Liu, K. / Cai, X. / Dai, A. / Lin, G. / Liu, D. / Wu, F. / Wu, Y. / Zhao, S. / Ye, L. / Han, G.W. / Lau, J. / Wu, B. / ...著者: Song, G. / Yang, D. / Wang, Y. / de Graaf, C. / Zhou, Q. / Jiang, S. / Liu, K. / Cai, X. / Dai, A. / Lin, G. / Liu, D. / Wu, F. / Wu, Y. / Zhao, S. / Ye, L. / Han, G.W. / Lau, J. / Wu, B. / Hanson, M.A. / Liu, Z.J. / Wang, M.W. / Stevens, R.C.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon-like peptide 1 receptor, Endolysin chimera
B: Glucagon-like peptide 1 receptor, Endolysin chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3224
ポリマ－105,1752
非ポリマー1,1472
水00
1
A: Glucagon-like peptide 1 receptor, Endolysin chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1612
ポリマ－52,5871
非ポリマー5741
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glucagon-like peptide 1 receptor, Endolysin chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1612
ポリマ－52,5871
非ポリマー5741
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.810, 67.510, 83.660
Angle α, β, γ (deg.)91.55, 89.88, 107.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Glucagon-like peptide 1 receptor, Endolysin chimera / GLP-1R / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 52587.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: GLP1R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43220, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-97V / 4-{[(4-cyclohexylphenyl){[3-(methylsulfonyl)phenyl]carbamoyl}amino]methyl}-N-(1H-tetrazol-5-yl)benzamide


分子量: 573.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O4S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.4-0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0-5.8, 38-40% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 24745 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 92.82 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / CC1/2: 0.66 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 5ee7 and 212L

5ee7

212l


解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.389
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1060 4.29 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.234 24728 91.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 111.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.7226 Å2-1.9677 Å2-0.6183 Å2
2---27.3262 Å23.1345 Å2
3---15.6036 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6609 0 98 0 6707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016877HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.869372HARMONIC2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3056SINUSOIDAL15
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes111HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1015HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6877HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion1.38
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion910SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8120SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 135 4.6 %
Rwork0.243 2801 -
all0.245 2936 -
obs--87.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46190.1438-0.37741.0720.21664.49360.2313-0.2453-0.03920.07610.00780.120.54380.0765-0.2391-0.3862-0.0781-0.01650.1968-0.0359-0.39966.2031-22.8618-27.7299
21.9858-0.03050.98911.22240.20774.07450.19150.18550.2117-0.0524-0.0660.1148-0.47030.0496-0.1255-0.43680.00890.06450.228-0.0246-0.382838.558-10.2411-58.0396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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